PDB-8v0j: Structure of the complex between Human LIAS and H-protein in the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8v0j

タイトル

Structure of the complex between Human LIAS and H-protein in the presence of s-adenosyl-l-methionine

要素

Glycine cleavage system H protein, mitochondrial
Lipoyl synthase, mitochondrial

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Lipoyl synthase / LIAS

機能・相同性

機能・相同性情報

lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-122595	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB1716686	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)	SJB	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the mechanism of the human lipoyl synthase (LIAS) and its complex with the H-protein
著者: Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8v0j.cif.gz	491.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8v0j.ent.gz	406.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8v0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8v0j_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8v0j_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8v0j_validation.xml.gz	49 KB	表示
CIF形式データ	8v0j_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/8v0j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8trwC 8tskC 8ugoC 9c19C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (5)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (6)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Lipoyl synthase, mitochondrial

A: Lipoyl synthase, mitochondrial

B: Lipoyl synthase, mitochondrial

F: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

D: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

E: Glycine cleavage system H protein, mitochondrial

ヘテロ分子

185 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.260, 171.377, 196.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 6分子 CABFDE

#1: タンパク質	Lipoyl synthase, mitochondrial 分子量: 41515.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIAS / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: O43766
#2: タンパク質	Glycine cleavage system H protein, mitochondrial / Lipoic acid-containing protein 分子量: 18902.498 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCSH / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: P23434

-
非ポリマー , 6種, 117分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-YVI / 6-THIOOCTANOIC ACID / 6-sulfanyloctanoic acid 分子量: 176.276 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM potassium phosphate, 200 mM potassium chloride, 35% (w/v) PEG 3350, 1 mM s-adenosyl-l-methionine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 53713 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.58→2.62 Å / Num. unique obs: 2928 / CC_1/2: 0.506

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.58→38.28 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	2969	4 %
R_work	0.1975	-	-
obs	0.1991	49103	73.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→38.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9177	0	133	103	9413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9507
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.519	12893
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.202	3594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.58-2.62	0.3411	46	0.2947	1190	X-RAY DIFFRACTION	26
2.62-2.66	0.3663	62	0.2798	1461	X-RAY DIFFRACTION	32
2.66-2.71	0.3648	71	0.2908	1781	X-RAY DIFFRACTION	38
2.71-2.76	0.2948	88	0.2735	2023	X-RAY DIFFRACTION	44
2.76-2.82	0.3035	94	0.2833	2226	X-RAY DIFFRACTION	48
2.82-2.88	0.2778	111	0.2721	2554	X-RAY DIFFRACTION	55
2.88-2.95	0.2846	109	0.2702	2641	X-RAY DIFFRACTION	58
2.95-3.02	0.3067	122	0.2625	2839	X-RAY DIFFRACTION	61
3.02-3.1	0.3144	129	0.2515	3094	X-RAY DIFFRACTION	67
3.1-3.19	0.2815	146	0.2438	3273	X-RAY DIFFRACTION	71
3.19-3.3	0.2854	155	0.244	3661	X-RAY DIFFRACTION	78
3.3-3.42	0.2941	155	0.2193	3772	X-RAY DIFFRACTION	82
3.42-3.55	0.2789	178	0.2086	4235	X-RAY DIFFRACTION	90
3.55-3.71	0.2511	185	0.1929	4418	X-RAY DIFFRACTION	95
3.71-3.91	0.2336	182	0.1834	4493	X-RAY DIFFRACTION	98
3.91-4.15	0.1923	189	0.1737	4652	X-RAY DIFFRACTION	99
4.15-4.47	0.2085	185	0.1617	4656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-4.92	0.1793	193	0.1491	4616	X-RAY DIFFRACTION	99
4.92-5.63	0.2151	194	0.1692	4562	X-RAY DIFFRACTION	99
5.64-7.09	0.2077	191	0.193	4623	X-RAY DIFFRACTION	99
7.09-38.28	0.1882	184	0.183	4564	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3666	0.0349	-7.3846	2.0403	-4.263	9.2245	-1.3665	0.2446	-2.911	-1.8257	-0.2334	1.0441	3.1824	-0.1518	1.427	1.0916	-0.0388	0.2647	0.7891	0.0557	1.0482	12.3341	93.7648	83.416
2	2.5844	-0.1757	-5.3193	4.8592	1.451	4.2405	-0.6084	0.7256	-1.3121	-0.5616	0.1109	-0.0201	0.3976	-0.2153	0.3779	0.3329	0.0192	-0.0368	0.4052	-0.06	0.3338	23.7075	102.0215	69.5114
3	3.941	0.0055	2.0398	3.3095	0.3747	3.3651	0.301	0.7162	-0.4942	-0.3293	-0.1698	-0.0865	0.4461	0.2852	-0.0944	0.2843	0.0192	0.0275	0.3024	-0.1278	0.324	39.38	108.207	72.7947
4	6.761	-9.4378	8.6779	2.0487	1.9447	1.9876	1.4734	0.6491	0.5666	-2.6361	-0.407	0.7784	2.5192	2.8236	-1.2699	0.9242	0.0412	-0.0866	0.6169	-0.1244	0.591	32.104	119.7198	61.6937
5	4.1111	0.8589	0.6918	1.214	0.6879	5.3256	-0.0684	-0.2007	-0.8408	0.0789	0.0328	-0.1303	0.4641	0.3811	0.0104	0.2215	0.0421	0.0266	0.1973	-0.0012	0.3651	37.375	105.9577	86.2628
6	4.6102	-2.3329	3.7692	6.2168	-3.8746	3.6888	0.176	0.2652	-0.1673	-0.0615	-0.1534	-0.1508	0.232	0.1458	-0.0343	0.2856	-0.041	0.0125	0.3695	-0.1203	0.2892	48.171	113.7551	81.2335
7	5.361	-3.3886	3.6395	6.7629	-7.683	2.6951	-0.1168	0.0124	0.054	0.2032	-0.4839	-0.4986	-0.5489	0.4897	0.8757	0.3742	0.0675	-0.0549	0.2692	-0.0299	0.3006	40.4959	114.4414	87.6217
8	2.4498	0.1747	-8.3896	4.6491	-3.0546	9.1628	0.3649	-0.5113	0.0195	0.7046	0.1213	-0.4801	-1.1286	1.0516	-0.286	0.2423	-0.0543	-0.0629	0.353	-0.0472	0.3334	46.6034	120.5318	87.8915
9	5.3293	2.1893	-0.327	4.7491	-1.9722	2.9907	-0.122	-0.0655	-0.1634	0.0886	-0.0711	-0.4708	-0.3109	0.4791	0.2139	0.2821	-0.0025	-0.0496	0.2382	-0.0749	0.244	40.2327	122.6347	88.6167
10	5.5808	4.4277	-0.9821	6.849	-0.8837	2.5087	-0.1017	-0.4164	-0.1642	0.212	0.0003	-0.142	-0.1334	0.0255	0.0813	0.2006	0.0546	-0.0208	0.2756	-0.0344	0.1769	29.1928	116.6705	94.7853
11	2.1818	9.521	7.1865	2.074	8.1312	9.9275	-0.1145	0.4919	0.7439	0.3867	0.1864	-0.1358	-0.1401	0.8571	-0.0268	0.3551	0.0015	-0.026	0.289	-0.0596	0.3071	31.1988	129.0818	88.5342
12	5.3505	0.2122	0.0789	8.3712	0.3806	5.0229	-0.0473	-0.2823	-0.0536	0.0913	0.2364	0.498	-0.0058	-0.5648	-0.1852	0.1851	-0.0113	0.0017	0.2896	0.0299	0.1739	16.3612	115.0951	91.3378
13	6.2945	-0.067	1.0827	9.7126	2.5503	5.423	0.2021	0.0255	-0.637	-0.4204	-0.1337	0.4952	0.5149	0.0354	-0.0582	0.1548	-0.018	0.0407	0.2408	-0.0118	0.1371	22.6214	105.252	84.5481
14	2.6144	0.8958	0.1786	6.793	0.1675	1.4784	-0.0644	0.5087	0.1211	-0.3942	-0.073	0.363	-0.0457	-0.1876	0.136	0.2165	0.0296	-0.0231	0.3281	-0.013	0.1712	17.1132	117.6382	80.341
15	2.3621	0.2226	2.3211	8.7453	-9.139	10.096	0.0671	0.6483	0.661	0.8576	-0.0348	0.8178	-1.2244	-0.2151	-0.1495	0.3323	-0.0157	0.0195	0.3466	0.0182	0.3809	25.4051	130.9846	78.3693
16	8.2342	-5.9726	4.4395	6.6892	-7.1928	9.1004	0.7408	1.4539	-0.0591	-2.2995	-0.8239	-1.1252	0.5255	3.0034	0.2603	1.329	-0.1946	0.2144	1.4367	-0.0025	0.6813	45.0282	139.5728	38.3879
17	3.1687	1.44	-2.0787	3.4693	-0.3169	3.5934	-0.2436	0.2946	-0.5786	-0.177	0.1028	0.1284	0.7545	-0.1739	0.1498	0.4587	-0.0207	-0.0535	0.4016	0.033	0.3356	23.1957	129.4302	52.2568
18	3.8512	4.821	-4.3793	5.9504	-5.4903	4.9901	1.3024	1.0422	-0.8456	-0.443	1.3725	1.0582	1.7506	-1.0633	-2.4871	1.4455	0.228	-0.3339	1.1257	0.2217	1.5929	21.8044	122.4953	67.9069
19	4.4989	-0.4837	-1.521	8.6269	-0.3085	6.0554	0.1294	1.0296	-0.0245	-0.5151	-0.0243	0.633	0.1064	0.0537	-0.1193	0.2665	-0.0174	-0.0653	0.4655	0.0639	0.3417	19.7124	143.4038	50.0777
20	2.0162	9.4556	-1.1446	7.4359	-1.4464	1.991	0.1183	1.2527	1.8848	-0.4948	1.4679	1.1782	-1.0712	0.2079	-1.6616	0.4863	-0.0028	0.1685	0.7391	0.15	0.6979	10.1618	150.425	44.385
21	8.8594	1.0975	0.0462	9.2748	-3.4769	6.9363	0.1378	-0.1169	-0.0611	0.2344	0.2657	0.8209	0.0374	-0.7289	-0.4096	0.2247	0.0039	-0.0156	0.3522	-0.0074	0.2877	11.6598	143.0617	61.7063
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64	2.0241	-0.6515	-0.9665	8.0915	-2.3844	2.0368	0.7264	-0.3142	-0.9164	0.3011	-0.9947	1.8927	1.2059	-0.3933	0.2434	1.114	-0.201	0.249	0.6288	-0.1424	0.7893	15.1793	114.2925	45.8753
65	2.0195	9.9266	8.5435	7.006	4.5311	1.9966	1.4912	0.4978	-2.0834	2.3389	0.3922	-0.3547	2.7444	-2.1978	-1.6937	1.4925	-0.3048	0.2832	0.9731	-0.1574	1.1228	11.9404	113.7957	52.7685
66	0.2076	0.9061	-0.9468	7.1632	-2.1421	5.0265	-0.3665	-0.8389	-1.0132	0.3203	1.3292	-1.103	0.8366	-1.6909	-1.1559	1.1235	-0.0394	-0.1107	1.6723	0.0122	0.8168	42.8985	62.906	87.6445
67	0.7003	-1.2566	0.8372	4.1976	-4.4517	5.5332	0.4507	-0.1549	0.718	-1.9333	-2.1929	-0.446	1.4225	0.1195	1.4309	0.7355	-0.2133	-0.0293	1.0638	0.0146	0.7952	36.0384	68.8187	96.3661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 64:73)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 74:88)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 89:119)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 120:125)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 126:149)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 150:172)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 173:186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 187:200)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 201:225)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 226:268)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 269:275)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 276:299)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 300:322)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 323:355)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 356:368)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 65:72)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 73:119)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 120:125)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 126:148)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 149:154)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 155:201)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 202:224)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 225:283)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 284:300)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 301:322)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 323:355)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 356:365)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 71:91)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 92:102)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 103:149)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 150:164)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 165:174)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 175:189)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 190:220)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 221:256)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 257:272)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain C and resid 273:309)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain C and resid 310:340)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain C and resid 341:365)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 48:56)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid 57:63)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 64:76)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 77:82)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 83:91)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 92:99)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 100:109)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 110:119)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 120:127)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain D and resid 128:135)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain D and resid 136:141)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain D and resid 142:159)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain D and resid 160:171)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain E and resid 48:52)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain E and resid 53:63)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain E and resid 64:75)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain E and resid 76:90)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain E and resid 91:100)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain E and resid 101:110)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain E and resid 111:117)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain E and resid 118:136)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain E and resid 137:141)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain E and resid 142:149)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain E and resid 150:161)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain E and resid 162:168)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain E and resid 169:173)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(chain F and resid 71:82)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(chain F and resid 105:107)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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