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Yorodumi- PDB-8ugo: Structure of the complex between Human LIAS and H-protein in the ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8ugo | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the complex between Human LIAS and H-protein in the presence of 5'-deoxyadenosine | ||||||||||||
Components |
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Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Lipoyl synthase / LIAS | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationlipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress ...lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / mitochondrial matrix / inflammatory response / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||||||||
Authors | Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J. | ||||||||||||
| Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Structural basis for the mechanism of the human lipoyl synthase (LIAS) and its complex with the H-protein Authors: Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8ugo.cif.gz | 532.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8ugo.ent.gz | 438.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8ugo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/8ugo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/8ugo | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8trwC ![]() 8tskC ![]() 8v0jC ![]() 9c19C C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ABDECF
| #1: Protein | Mass: 41457.461 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LIAS, LAS, HUSSY-01 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 18902.498 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GCSH / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 11 types, 216 molecules 


















| #3: Chemical | | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Chemical | #9: Chemical | Mass: 176.276 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Formula: C8H16O2S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #10: Chemical | ChemComp-2PE / | #11: Chemical | ChemComp-PGE / | #12: Chemical | ChemComp-PO4 / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.32 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M Potassium phosphate pH8.0, 0.2 M potassium chloride, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 17, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 320427 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 7.78 |
| Reflection shell | Resolution: 2.45→2.53 Å / Num. unique obs: 4299 / CC1/2: 0.348 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45→38.06 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.68 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→38.06 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 3items
Citation



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