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- PDB-8tsk: Structure of human LIAS in the presence of 5'-deoxyadenosine and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tsk
タイトルStructure of human LIAS in the presence of 5'-deoxyadenosine and octanoyl-modified peptide
要素Lipoyl synthase, mitochondrial
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Lipoyl synthase / LIAS
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / mitochondrial matrix / inflammatory response ...lipoyl synthase / lipoate synthase activity / lipoate biosynthetic process / Protein lipoylation / neural tube closure / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / mitochondrial matrix / inflammatory response / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipoyl synthase, N-terminal / N-terminal domain of lipoyl synthase of Radical_SAM family / Lipoyl synthase / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / LYSINE / METHIONINE / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / IRON/SULFUR CLUSTER / Lipoyl synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-122595 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1716686 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)SJB 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the mechanism of the human lipoyl synthase (LIAS) and its complex with the H-protein
著者: Esakova, O.A. / Warui, D.M. / Neti, S.S. / Alumasa, J.N. / Booker, S.J.
履歴
登録2023年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoyl synthase, mitochondrial
B: Lipoyl synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,27911
ポリマ－83,0312
非ポリマー2,2489
水11,169620
1
A: Lipoyl synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3684
ポリマ－41,5161
非ポリマー8523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipoyl synthase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9117
ポリマ－41,5161
非ポリマー1,3956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.536, 69.025, 93.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lipoyl synthase, mitochondrial


分子量: 41515.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIAS / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: O43766

-
非ポリマー , 6種, 629分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M sodium sulfate, 30% (w/v) PEG 3350, 3% (w/v) D-(+)-trehalose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 586767 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / Num. unique obs: 3623 / CC1/2: 0.653 / % possible all: 86.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→27.77 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 3156 2.78 %
Rwork0.1778 --
obs0.1788 113483 68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→27.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4579 0 52 620 5251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7696533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6361812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073733
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.60.3153320.27241105X-RAY DIFFRACTION20
1.6-1.630.3276360.24791449X-RAY DIFFRACTION20
1.63-1.650.25530.24081742X-RAY DIFFRACTION25
1.65-1.680.2684560.24792078X-RAY DIFFRACTION29
1.68-1.710.2847710.23352254X-RAY DIFFRACTION32
1.71-1.750.2464770.23672605X-RAY DIFFRACTION37
1.75-1.780.2257860.22962836X-RAY DIFFRACTION41
1.78-1.820.2391850.21743319X-RAY DIFFRACTION47
1.82-1.860.20171190.20553807X-RAY DIFFRACTION54
1.86-1.910.22651340.19394298X-RAY DIFFRACTION61
1.91-1.960.20891210.19534820X-RAY DIFFRACTION68
1.96-2.020.24991540.18795278X-RAY DIFFRACTION75
2.02-2.080.20941560.18275722X-RAY DIFFRACTION81
2.08-2.160.22271900.17826256X-RAY DIFFRACTION89
2.16-2.240.18321840.17526597X-RAY DIFFRACTION94
2.24-2.350.22891940.17826897X-RAY DIFFRACTION97
2.35-2.470.20862090.18087021X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.620.2421920.18717060X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.830.21562110.18697062X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.110.21811830.18187033X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.560.20672120.16497027X-RAY DIFFRACTION100
3.56-4.480.18392030.15227070X-RAY DIFFRACTION100
4.48-27.770.18861980.16076991X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.8901 Å / Origin y: 2.136 Å / Origin z: -26.0227 Å
111213212223313233
T0.076 Å20.0012 Å20.0071 Å2-0.0962 Å2-0.0356 Å2--0.0939 Å2
L0.5066 °2-0.0914 °20.1467 °2-1.3232 °2-0.8752 °2--1.1118 °2
S0.027 Å °0.0203 Å °-0.0325 Å °0.0674 Å °-0.0525 Å °-0.0313 Å °0.0582 Å °0.0952 Å °0.0222 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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