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万見
- PDB-8us2: P22121 Crystal structure of TamA from Pseudomonas aeruginosa at 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8us2
タイトルP22121 Crystal structure of TamA from Pseudomonas aeruginosa at 3.95 Ang
要素Translocation and assembly module subunit TamA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Omp85 / protein translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


TAM protein secretion complex / protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
TamA, POTRA domain 1 / POTRA domain TamA domain 1 / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Translocation and assembly module subunit TamA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.955 Å
データ登録者Mellouk, A. / Moraes, T.F. / Calmettes, C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: POTRA domains of the TamA insertase interact with the outer membrane and modulate membrane properties
著者: Mellouk, A. / Jaouen, P.L. / Ruel, L.J. / Le, M. / Martini, C. / Moraes, T.F. / El Bakkouri, M. / Lague, P. / Boisselier, E. / Calmettes, C.
履歴
登録2023年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocation and assembly module subunit TamA
B: Translocation and assembly module subunit TamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,3042
ポリマ－123,3042
非ポリマー00
水00
1
A: Translocation and assembly module subunit TamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6521
ポリマ－61,6521
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Translocation and assembly module subunit TamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6521
ポリマ－61,6521
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.050, 155.502, 157.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Translocation and assembly module subunit TamA / Autotransporter assembly factor TamA


分子量: 61651.949 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature TamA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA2543 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9I0U1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 12% peg 4K, 50 mM MgCl2, 70 mM Hepes pH 7.2, 4% isopropanol, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97910 Ang
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.955→44.063 Å / Num. all: 16231 / Num. obs: 16231 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 123.22 Å2 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.309 / Rsym value: 0.222 / Net I/av σ(I): 2.739 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 62873
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRsym value% possible all
3.955-4.1740.8710.835070.590.87199.7
4.17-4.423.90.618130040.4290.61899.8
4.42-4.7340.4451.423150.3130.44599.9
4.73-5.113.90.3891.620030.2720.38999.8
5.11-5.593.90.3941.616050.2690.39499.9
5.59-6.253.90.3391.97840.2260.33999.8
6.25-7.223.80.2232.824290.1510.22399.7
7.22-8.843.60.0946.88160.0650.09499.9
8.84-12.513.60.03914.88360.0250.03999.9
12.51-44.0633.30.03113.58700.0220.03194.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS3.3.20データ削減
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.955→39.255 Å / SU ML: 0.87 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3813 806 4.99 %
Rwork0.3021 15335 -
obs0.306 16141 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 550 Å2 / Biso mean: 159.9052 Å2 / Biso min: 6.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.955→39.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8008 0 0 0 8008
残基数----1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39911089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3413037
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.955-4.20210.44581340.37572492X-RAY DIFFRACTION99
4.2021-4.52610.40021350.31162498X-RAY DIFFRACTION99
4.5261-4.98070.35351330.28742524X-RAY DIFFRACTION100
4.9807-5.69960.38541280.29172554X-RAY DIFFRACTION100
5.6996-7.17370.3991360.32532578X-RAY DIFFRACTION100
7.1737-39.2550.35931400.27862689X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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