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- PDB-8ugz: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ugz | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant | ||||||||||||
![]() | Group 1 truncated hemoglobin | ||||||||||||
![]() | HEME-BINDING PROTEIN / ![]() | ||||||||||||
Function / homology | ![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Schultz, T.D. / Martinez, J.E. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant Authors: Schultz, T.D. / Martinez, J.E. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 202.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 163.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12838.427 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C51S, C71S Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: First residue of reference sequence A9DF82 (Met) is cleaved by E. coli; first residue of sample (Ser) is numbered 2. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-HEM / ![]() #3: Chemical | ChemComp-CYN / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 42.2 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 23% PEG MME 2000, 100mM Bis-Tris pH 5.5, 10mM KCN, Excluded from light PH range: 5.5-6.5 / Temp details: Room Temp |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: Agilent SuperNova / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: AGILENT ATLAS CCD / Detector: CCD / Date: Aug 31, 2022 / Details: NULL |
Radiation | Monochromator: Mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→24.33 Å / Num. obs: 41957 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 36.82 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.87 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 8.08 / Num. unique obs: 4202 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→23.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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