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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ua4 | ||||||
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タイトル | Structure of eastern equine encephalitis virus VLP in complex with VLDLR LA1 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / Alphaviruses / Receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 reelin receptor activity / VLDL clearance / glycoprotein transport / ventral spinal cord development / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / Reelin signalling pathway / very-low-density lipoprotein particle binding / reelin-mediated signaling pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle clearance ...reelin receptor activity / VLDL clearance / glycoprotein transport / ventral spinal cord development / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / Reelin signalling pathway / very-low-density lipoprotein particle binding / reelin-mediated signaling pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle clearance / togavirin / very-low-density lipoprotein particle / positive regulation of dendrite development / T=4 icosahedral viral capsid / dendrite morphogenesis / cargo receptor activity / lipid transport / apolipoprotein binding / clathrin-coated pit / VLDLR internalisation and degradation / cholesterol metabolic process / receptor-mediated endocytosis / memory / symbiont-mediated suppression of host gene expression / calcium-dependent protein binding / nervous system development / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / receptor complex / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / signal transduction / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | ||||||
データ登録者 | Abraham, J. / Yang, P. / Li, W. / Fan, X. / Pan, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for VLDLR recognition by eastern equine encephalitis virus 著者: Abraham, J. / Yang, P. / Li, W. / Fan, X. / Pan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ua4.cif.gz | 826.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ua4.ent.gz | 671.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ua4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ua4_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ua4_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ua4_validation.xml.gz | 109.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ua4_validation.cif.gz | 174.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/8ua4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/8ua4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKMNOP
#1: タンパク質 | 分子量: 47984.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Eastern equine encephalitis virus strain PE6 mature envelope glycoprotein E1 由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) 株: PE6 / 遺伝子: E1 / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q88678 #2: タンパク質 | 分子量: 47047.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Eastern equine encephalitis virus strain PE6 mature envelope glycoprotein E2 由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) 株: PE6 / 遺伝子: E2 / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q88678, togavirin #4: タンパク質 | 分子量: 7219.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) 株: PE6 / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08768 |
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-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 4種, 18分子 CFILR
#3: タンパク質 | 分子量: 29178.846 Da / 分子数: 4 / Mutation: K67N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Eastern equine encephalitis virus mature capsid protein K67N mutant 由来: (組換発現) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) 株: PE6 / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q88678 #5: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4015.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: human very low-density lipoprotein receptor (VLDLR) LA1 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VLDLR / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P98155 #6: 糖 | ChemComp-NAG / #7: 化合物 | ChemComp-CA / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
天然宿主 |
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緩衝液 | pH: 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185420 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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