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- PDB-8u48: Crystal structure of Bacteroides thetaiotamicron BT1285 D161A-E16... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u48
タイトルCrystal structure of Bacteroides thetaiotamicron BT1285 D161A-E163A inactive Endoglycosidase in complex with high-mannose N-glycan (Man9GlcNAc2) substrate
要素Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
キーワードCARBOHYDRATE / Inactive Endoglycosidase / Artificial Lectin / High-Mannose specific / Bacteroides / GH18 family
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sastre, D.E. / Sultana, N. / Navarro, M.V.A.S. / Sundberg, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM148075-01A1 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Human gut microbes express functionally distinct endoglycosidases to metabolize the same N-glycan substrate.
著者: Sastre, D.E. / Sultana, N. / V A S Navarro, M. / Huliciak, M. / Du, J. / Cifuente, J.O. / Flowers, M. / Liu, X. / Lollar, P. / Trastoy, B. / Guerin, M.E. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2023年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8548
ポリマ－60,7072
非ポリマー4,1476
水11,620645
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.919, 71.260, 80.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endo-beta-N-acetylglucosaminidase


分子量: 30353.545 Da / 分子数: 2 / 変異: D161A, E163A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_1285 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A889
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-j1_h2-i1_j2-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.97 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.056 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 49043 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.238 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 2458 / CC1/2: 0.636 / CC star: 0.882 / Rpim(I) all: 0.443 / Rrim(I) all: 0.886 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→28.87 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 2526 5.16 %
Rwork0.1888 --
obs0.1905 48955 96.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4016 0 276 645 4937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2981637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.2871150.22392020X-RAY DIFFRACTION77
1.94-1.980.29981460.22382640X-RAY DIFFRACTION99
1.98-2.020.25411560.21522573X-RAY DIFFRACTION99
2.02-2.070.27441560.212641X-RAY DIFFRACTION99
2.07-2.120.26631500.20132599X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.170.23271640.19992613X-RAY DIFFRACTION99
2.18-2.240.23181540.19422624X-RAY DIFFRACTION99
2.24-2.310.25781340.19442632X-RAY DIFFRACTION99
2.31-2.390.26811240.19242611X-RAY DIFFRACTION98
2.39-2.490.23491420.18472608X-RAY DIFFRACTION98
2.49-2.60.21871270.18362481X-RAY DIFFRACTION93
2.6-2.740.21061480.17152629X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.910.21621330.17372647X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.140.21751390.17412688X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.450.18041370.16772658X-RAY DIFFRACTION99
3.45-3.950.16941440.16812626X-RAY DIFFRACTION98
3.95-4.970.21151270.16812494X-RAY DIFFRACTION92
4.97-28.870.23011300.23242645X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8944-0.1498-5.34413.1241-1.484.4190.0375-0.66650.4450.72720.028-0.3807-0.36460.85790.00690.22580.0006-0.0590.1827-0.02120.214.645-14.47113.04
21.2936-0.0293-0.72141.93990.17692.4512-0.03050.18610.0296-0.14790.05660.00350.03440.06860.0070.1903-0.0103-0.00860.19690.01680.1646-1.698-10.304-2.817
36.1824-2.0835-0.50146.61621.19585.6718-0.0386-0.750.6080.55420.0846-0.0326-0.44260.46350.03110.2084-0.03750.01940.194-0.01350.17010.241-7.06311.092
41.7381-0.8747-0.5411.73851.00280.99980.03540.01250.1255-0.1726-0.00730.0205-0.03810.0987-0.05390.24530.01870.03480.18150.02490.164210.097-14.047-12.553
52.9499-1.3920.00345.67320.40152.95470.0633-0.23260.51830.0640.0596-0.3395-0.4116-0.0245-0.05320.18-0.01290.04010.1578-0.00190.2277.343-4.816-0.506
60.5782-0.4133-0.23032.07910.92070.41130.04310.02080.1306-0.0151-0.0497-0.0966-0.0022-0.0230.00480.2171-0.01660.02440.22040.00220.182916.388-20.539-8.234
73.01361.20830.55333.98231.84254.51340.0229-0.15750.0492-0.0615-0.2119-0.01210.0957-0.11950.15850.12250.03060.03010.12640.02640.145819.045-26.755-6.41
82.1081-0.348-0.39791.08790.01731.1436-0.0989-0.0929-0.06350.07520.07460.09150.00530.0510.03030.1741-0.00950.00430.1173-0.00720.1233.146-23.4647.946
94.0169-1.53181.59034.6512-2.45312.7035-0.0162-0.13940.30960.1340.0973-0.2746-0.19590.0207-0.06260.20880.00650.05590.17070.00150.2042-8.693-10.12611.669
106.2454-5.7178-5.30328.1116.68025.66110.55610.57440.2579-0.7193-0.3935-0.3504-0.6566-0.34-0.15560.26180.01150.02970.30540.04960.2647-5.206-3.137-7.222
112.2446-2.32850.13176.9536-1.26974.03670.09090.8753-0.4051-0.04030.01020.2702-0.007-0.504-0.05310.160.0237-0.00070.192-0.04920.067116.506-35.9838.479
120.63420.3015-0.93771.7348-0.78232.0663-0.03330.0445-0.04090.0338-0.0184-0.10470.12720.04390.08580.19860.0114-0.0050.1569-0.01020.151129.479-39.45333.993
137.5851-1.26530.3055.3072-0.8423.3352-0.02520.1572-0.7651-0.21810.02680.35510.5471-0.1208-0.00610.2775-0.0170.02720.1643-0.020.167923.737-47.37133.335
141.17520.8019-0.71991.97370.25331.16310.0058-0.01870.0464-0.1055-0.05040.11650.00240.07680.0890.16530.00090.0090.1261-0.01320.128132.116-24.59521.965
154.67153.9153-3.37854.0366-3.98815.4663-0.1522-0.2294-0.2136-1.0484-0.1469-0.22770.53510.10580.22650.27180.00020.00660.1993-0.0420.167228.622-36.73417.892
163.23750.36340.1513.9253-1.76810.91920.1701-0.28450.28190.12840.0469-0.1478-0.00730.1585-0.19750.299-0.00730.01880.2476-0.04510.189724.595-38.47326.852
173.09360.6077-2.42092.68-1.24664.01540.2011-0.26770.1166-0.0397-0.2033-0.3036-0.21310.3546-0.04270.1958-0.02550.01340.14990.01280.198234.813-18.9525.538
183.00143.0220.8967.19131.65422.38510.03330.1092-0.18940.02070.19780.14580.1829-0.1892-0.15780.17940.0226-0.03280.2258-0.00410.130521.171-28.37418.316
191.10480.1059-0.74981.5575-0.36681.93810.01420.0642-0.01770.13820.07610.1039-0.0671-0.0387-0.09460.18320.01090.01220.1369-0.0160.148916.732-26.6737.155
200.9245-0.04050.4931.7643-0.75430.9459-0.0447-0.034-0.13880.14360.03580.04190.08860.02330.00090.2688-0.01150.05010.1524-0.00870.144419.814-38.8146.973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 44:49 )A44 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 50:65 )A50 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 66:75 )A66 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 76:105 )A76 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 106:123 )A106 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 124:166 )A124 - 166
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 167:193 )A167 - 193
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 194:277 )A194 - 277
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 278:299 )A278 - 299
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 300:306 )A300 - 306
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 44:52 )B44 - 52
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 53:105 )B53 - 105
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 106:121 )B106 - 121
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 122:140 )B122 - 140
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 141:153 )B141 - 153
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 154:161 )B154 - 161
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 162:177 )B162 - 177
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 178:192 )B178 - 192
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 193:260 )B193 - 260
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 261:306 )B261 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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