PDB-8tyv: Crystal structure of the SPX domain of XPR1 in complex with IP8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tyv

タイトル

Crystal structure of the SPX domain of XPR1 in complex with IP8

要素

Solute carrier family 53 member 1

キーワード

TRANSFERASE / Inositol diphosphoinositol pentakisphosphate kinase / Analog methylenebisphosphonate / PPIP5K ATP-grasp / Pyrophosphate Diphosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / inositol hexakisphosphate binding / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / virus receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Homeostatic coordination of cellular phosphate uptake and efflux requires an organelle-based receptor for the inositol pyrophosphate IP8.
著者: Li, X. / Kirkpatrick, R.B. / Wang, X. / Tucker, C.J. / Shukla, A. / Jessen, H.J. / Wang, H. / Shears, S.B. / Gu, C.

履歴

登録	2023年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月25日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tyv.cif.gz	162.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tyv.ent.gz	127 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tyv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tyv_validation.pdf.gz	919.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tyv_full_validation.pdf.gz	927.8 KB	表示
XML形式データ	8tyv_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	8tyv_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tyuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Solute carrier family 53 member 1

A: Solute carrier family 53 member 1

ヘテロ分子

42.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Solute carrier family 53 member 1

登録者が定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Solute carrier family 53 member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.712, 47.754, 70.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Solute carrier family 53 member 1 / Phosphate exporter SLC53A1 / Protein SYG1 homolog / Xenotropic and polytropic murine leukemia virus ...Phosphate exporter SLC53A1 / Protein SYG1 homolog / Xenotropic and polytropic murine leukemia virus receptor X3 / X-receptor / Xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1 分子量: 20988.633 Da / 分子数: 2 / 断片: SPX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPR1, SLC53A1, SYG1, X3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBH6
#2: 化合物	ChemComp-I8P / (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] / 1D-myo-inositol 1,5-bisdiphosphate 2,3,4,6-tetrakisphosphate / D-myo-イノシト-ル2,3,4,6-テトラキスりん酸1,5-ビス二りん酸分子量: 819.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₂₀O₃₀P₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2mM IP8 soaked into crystals grown under 6% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M Sodium Citrate, 0.1 M MgCl2, pH 6.0 for 3 Days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 30876 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.05 / Χ²: 0.922 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 225578

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	5.5	0.611	1310	0.827	0.951	0.268	0.67	0.905	85.1
1.88-1.92	6.3	0.629	1441	0.88	0.968	0.26	0.682	0.888	92
1.92-1.95	6.6	0.535	1518	0.917	0.978	0.219	0.58	0.844	96.6
1.95-1.99	6.9	0.488	1513	0.94	0.984	0.195	0.526	0.897	98.9
1.99-2.04	7.2	0.375	1545	0.97	0.992	0.149	0.404	0.927	99.6
2.04-2.08	7.4	0.278	1572	0.983	0.996	0.109	0.299	0.93	99.7
2.08-2.14	7.5	0.211	1571	0.989	0.997	0.082	0.227	0.939	99.8
2.14-2.19	7.6	0.173	1560	0.99	0.997	0.067	0.185	0.96	99.9
2.19-2.26	7.6	0.147	1546	0.992	0.998	0.057	0.158	0.96	100
2.26-2.33	7.6	0.119	1551	0.994	0.999	0.046	0.128	0.968	100
2.33-2.41	7.6	0.098	1591	0.995	0.999	0.038	0.106	0.992	100
2.41-2.51	7.6	0.087	1564	0.996	0.999	0.034	0.094	1.058	100
2.51-2.63	7.6	0.075	1570	0.996	0.999	0.029	0.08	1.085	100
2.63-2.76	7.6	0.063	1564	0.997	0.999	0.025	0.068	0.994	100
2.76-2.94	7.6	0.056	1578	0.997	0.999	0.022	0.06	0.955	100
2.94-3.16	7.6	0.05	1591	0.998	0.999	0.019	0.054	0.904	100
3.16-3.48	7.6	0.053	1558	0.997	0.999	0.02	0.057	1.063	100
3.48-3.99	7.6	0.046	1604	0.998	1	0.018	0.049	0.938	100
3.99-5.02	7.5	0.039	1581	0.998	1	0.015	0.042	0.679	99.3
5.02-50	7.1	0.032	1548	0.999	1	0.013	0.035	0.488	93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→36.05 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2705	1446	5.09 %
R_work	0.2358	-	-
obs	0.2376	28427	90.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2828	0	44	224	3096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.922	3962
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.356	388
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	496

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.92	0.3676	72	0.2865	1610	X-RAY DIFFRACTION	54
1.92-1.99	0.3515	90	0.2885	2099	X-RAY DIFFRACTION	71
1.99-2.08	0.2831	131	0.2586	2530	X-RAY DIFFRACTION	85
2.08-2.19	0.2887	155	0.2484	2896	X-RAY DIFFRACTION	97
2.19-2.33	0.2905	174	0.2457	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.51	0.2527	158	0.2422	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.76	0.2383	164	0.2288	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-3.16	0.2781	164	0.2439	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.98	0.2406	172	0.2117	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-36.05	0.2827	166	0.2267	2962	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1177	-0.4746	0.0884	2.5738	-0.4028	2.2323	0.0371	0.1608	-0.0711	0.1922	-0.2077	-0.1037	-0.1275	-0.2389	0.103	0.1738	0.1325	-0.0401	0.0032	-0.1298	0.0865	-28.022	7.42	58.822
2	2.6826	-0.3313	0.0139	2.0086	-0.3136	2.683	-0.0956	0.2293	0.3387	0.547	0.5439	0.4017	-0.4316	-0.7069	-0.2559	0.3559	0.1471	0.2158	0.289	0.2975	0.2373	2.735	24.073	43.094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:205 )	A	2 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 2:205 )	B	2 - 205

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関連情報:EMDBヘッダ

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