[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8tyu: High-resolution crystal structure of the SPX domain of XPR1 at 1.... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tyu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | High-resolution crystal structure of the SPX domain of XPR1 at 1.4 angstroms | ||||||
Components | Solute carrier family 53 member 1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Inositol diphosphoinositol pentakisphosphate kinase / Analog methylenebisphosphonate / PPIP5K ATP-grasp / Pyrophosphate Diphosphate | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / trans-Golgi network / virus receptor activity ...: / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / trans-Golgi network / virus receptor activity / Golgi apparatus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Wang, H. / Shears, S.B. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Co-ordination of cellular phosphate uptake and efflux requires an organelle-based receptor for the inositol pyrophosphate, IP8 Authors: wang, H. / Shears, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tyu.cif.gz | 169.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8tyu.ent.gz | 132.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tyu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8tyu_validation.pdf.gz | 441 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8tyu_full_validation.pdf.gz | 444.4 KB | Display | |
Data in XML | 8tyu_validation.xml.gz | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8tyu_validation.cif.gz | 26.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8tyu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8tyvC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 20988.633 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SPX domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: XPR1, SLC53A1, SYG1, X3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9UBH6 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 43.97 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 6% PEG 3350, 30% Ethylene Glycol, 0.1 M Sodium Citrate, 0.1 M MgCl2, pH 6.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 13, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→50 Å / Num. obs: 87185 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 5.3 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.906 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 465906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4→35.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.301 / SU ML: 0.04 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.061 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.496 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.4→35.75 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|