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- PDB-8tr8: Cryo-EM structure of the rat P2X7 receptor in complex with the al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tr8
タイトルCryo-EM structure of the rat P2X7 receptor in complex with the allosteric antagonist AZD9056
要素P2X purinoceptor 7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / Ligand-gate Ion Channel / P2X Receptor / Allosteric Antagonist / High-Affinity Agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet homeostasis / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / phagolysosome assembly / phospholipid transfer to membrane / positive regulation of cytoskeleton organization ...Platelet homeostasis / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / phagolysosome assembly / phospholipid transfer to membrane / positive regulation of cytoskeleton organization / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / plasma membrane organization / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of interleukin-1 alpha production / purinergic nucleotide receptor activity / ATP export / collagen metabolic process / pore complex assembly / positive regulation of prostaglandin secretion / negative regulation of cell volume / plasma membrane phospholipid scrambling / bleb assembly / vesicle budding from membrane / positive regulation of T cell apoptotic process / bleb / response to fluid shear stress / programmed cell death / positive regulation of ossification / cellular response to dsRNA / cell volume homeostasis / negative regulation of bone resorption / ceramide biosynthetic process / positive regulation of glutamate secretion / skeletal system morphogenesis / positive regulation of macrophage cytokine production / phospholipid translocation / response to zinc ion / sodium channel activity / protein homotrimerization / response to ATP / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of mitochondrial depolarization / T cell homeostasis / membrane protein ectodomain proteolysis / response to electrical stimulus / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / synaptic vesicle exocytosis / membrane depolarization / T cell proliferation / monoatomic cation transport / positive regulation of bone mineralization / potassium channel activity / response to mechanical stimulus / neuronal action potential / regulation of sodium ion transport / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of MAPK cascade / release of sequestered calcium ion into cytosol / reactive oxygen species metabolic process / sensory perception of pain / homeostasis of number of cells within a tissue / establishment of localization in cell / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of protein secretion / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein serine/threonine kinase activator activity / protein catabolic process / response to bacterium / apoptotic signaling pathway / neuromuscular junction / mitochondrion organization / lipopolysaccharide binding / protein processing / response to calcium ion / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / calcium ion transmembrane transport / cell morphogenesis / terminal bouton / cell-cell junction / calcium ion transport / nuclear envelope / channel activity / signaling receptor activity / scaffold protein binding / response to lipopolysaccharide / gene expression / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / postsynapse / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / copper ion binding / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能
P2X purinoreceptor 7, intracellular domain / P2X purinoreceptor 7 intracellular domain / P2X7 purinoceptor / : / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / PALMITIC ACID / P2X purinoceptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus (ネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Oken, A.C. / Ditter, I.A. / Lisi, N.E. / Krishnamurthy, I. / McCarthy, A.E. / Godsey, M.H. / Mansoor, S.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R00HL138129 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM149551 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: P2X receptors exhibit at least three modes of allosteric antagonism.
著者: Adam C Oken / Ismayn A Ditter / Nicolas E Lisi / Ipsita Krishnamurthy / Michael H Godsey / Steven E Mansoor /
要旨: P2X receptors are trimeric ion channels activated by adenosine triphosphate (ATP) that contribute to pathophysiological processes ranging from asthma to neuropathic pain and neurodegeneration. A ...P2X receptors are trimeric ion channels activated by adenosine triphosphate (ATP) that contribute to pathophysiological processes ranging from asthma to neuropathic pain and neurodegeneration. A number of small-molecule antagonists have been identified for these important pharmaceutical targets. However, the molecular pharmacology of P2X receptors is poorly understood because of the chemically disparate nature of antagonists and their differential actions on the seven constituent subtypes. Here, we report high-resolution cryo-electron microscopy structures of the homomeric rat P2X receptor bound to five previously known small-molecule allosteric antagonists and a sixth antagonist that we identify. Our structural, biophysical, and electrophysiological data define the molecular determinants of allosteric antagonism in this pharmacologically relevant receptor, revealing three distinct classes of antagonists that we call shallow, deep, and starfish. Starfish binders, exemplified by the previously unidentified antagonist methyl blue, represent a unique class of inhibitors with distinct functional properties that could be exploited to develop potent P2X ligands with substantial clinical impact.
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor 7
B: P2X purinoceptor 7
C: P2X purinoceptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,59337
ポリマ－205,4173
非ポリマー8,17634
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 ABC

#1: タンパク質 P2X purinoceptor 7


分子量: 68472.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / 遺伝子: P2rx7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q64663
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 380分子

#2: 化合物 ChemComp-KEI / N-{[(3s,5s,7s)-adamantan-1-yl]methyl}-2-chloro-5-{3-[(3-hydroxypropyl)amino]propyl}benzamide


分子量: 419.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H35ClN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H32O2 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Membrane protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus (ネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 GNTI-
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 10745
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 481019 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00614013
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65418972
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.012022
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432022
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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