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- PDB-8tq5: Crystal structure of Fab DX17 in complex with MHC-I (HLA-B*44:05) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tq5
タイトルCrystal structure of Fab DX17 in complex with MHC-I (HLA-B*44:05)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Fab DX17 H-chain
  • Fab DX17 L-chain
  • HLA class I histocompatibility antigen B alpha chain (HLA-B*44:05)
  • MHC class II antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / histocompatibility complex class I / MHC-I / immune response / immune system Fab / antibody / anti-MHC antibody / cancer tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway ...antigen processing and presentation / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen / MHC class II antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jiang, J. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fab DX17 in complex with MHC-I (HLA-B*44:05)
著者: Jiang, J. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
履歴
登録2023年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen B alpha chain (HLA-B*44:05)
B: Beta-2-microglobulin
P: MHC class II antigen
H: Fab DX17 H-chain
L: Fab DX17 L-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4666
ポリマ－92,2455
非ポリマー2211
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10100 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area36420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.115, 104.427, 131.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen B alpha chain (HLA-B*44:05)


分子量: 31802.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q860B7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#4: 抗体 Fab DX17 H-chain


分子量: 23629.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Fab DX17 L-chain


分子量: 23843.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pCDNA3.1 / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 3種, 199分子 P

#3: タンパク質・ペプチド MHC class II antigen


分子量: 1090.165 Da / 分子数: 1
Fragment: HLA-DPA1*02:01 derived peptide 77-85 (UNP residues 36-44)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9TQB0
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 12% PEG20000, 0.1 M MES, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.24 Å / Num. obs: 46944 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 39.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4508 / CC1/2: 0.61 / CC star: 0.87 / Rpim(I) all: 0.509 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7TUE

7tue


解像度: 2.3→43.24 Å / SU ML: 0.2773 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2344 2000 4.26 %
Rwork0.1927 44941 -
obs0.1945 46941 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6380 0 14 197 6591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00346583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65318973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0488977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431164
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.51342366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.3411360.29423053X-RAY DIFFRACTION94.66
2.36-2.420.32031420.26453182X-RAY DIFFRACTION97.82
2.42-2.490.27021410.2483171X-RAY DIFFRACTION98.63
2.49-2.570.31521420.2513189X-RAY DIFFRACTION98.67
2.57-2.670.3081430.23953221X-RAY DIFFRACTION99.17
2.67-2.770.28581420.22613195X-RAY DIFFRACTION98.87
2.77-2.90.26691430.22173209X-RAY DIFFRACTION99.03
2.9-3.050.24721370.2193084X-RAY DIFFRACTION94.35
3.05-3.240.27571440.21853219X-RAY DIFFRACTION99.2
3.24-3.490.26491440.20093259X-RAY DIFFRACTION99.3
3.49-3.840.26431460.18883260X-RAY DIFFRACTION99.45
3.84-4.40.18731410.15653171X-RAY DIFFRACTION96.11
4.4-5.540.15621480.13863324X-RAY DIFFRACTION99.54
5.54-43.240.191510.17083404X-RAY DIFFRACTION97.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.179310489480.227774782763-1.925896276713.14632922593-1.375830999826.13101748109-0.101391910715-0.090178321471-0.565008579805-0.369963439784-0.0931966492228-0.1270972726761.39121131880.263627395380.2182825702270.791721440341-0.0112945814469-0.09898554892710.358337991057-0.02982960402730.50915578156123.2003422718-2.2237905842719.3604887996
21.928297890020.599914426156-0.6956021329152.96613156771-3.200827101875.40177555015-0.2748702064150.396318532998-0.84655961279-1.330026937610.271925286573-0.1328950071241.8863838975-0.2153759136680.05206789428771.29589180752-0.0604388791444-0.03337210026410.512216765453-0.1935088035620.66809943192221.6298427673-5.879209865438.03626002149
31.836144489620.3752860017060.7739245063581.26909786109-0.8817220549123.37832958370.008135688422820.185633000961-0.196973490972-0.5275791688930.2030717637990.3340255223210.744443957589-0.709742101969-0.1290631695190.816963989285-0.201040672672-0.1881745494310.503650085071-0.04574579239160.58503515241711.32678017784.664640308999.73224779961
42.03943474601-0.1272134022880.6632867287086.841332856862.148695888232.33505834959-0.2967426460170.3785845751530.0195982627814-0.2209172041680.7184945971990.01286965364230.215823918918-0.0030434612739-0.3666403473770.332466593521-0.05274762138290.04202296254760.5268884120910.01576931073610.23699715340422.140253603217.301870679442.0880066183
51.42314706395-2.04377134658-0.2781375451617.582459533062.94660438794.340729984890.177452227322-0.1641424009850.00254581378463-0.471865416058-0.0184528163410.179439589323-0.144220098182-0.300780648586-0.1802924567030.20513532011-0.03719472744370.02528949018030.3287746677050.02495232047630.26855619623320.300200243424.049059705938.8052454992
63.37000566169-1.184211629851.131999061523.27888369339-3.303041760766.000892951740.1741245579740.287234662501-0.196477675391-0.4625022970930.0503248795848-0.02582858588521.134567379760.432209864212-0.2385946425080.3930405048330.03579101464310.004652683821020.295291020689-0.00814564594510.33171139401631.454142789917.360854382721.2929625748
74.096888812991.19249399398-0.4681864289887.73083805254-1.453558037225.805793564850.541147654466-0.801151752472-0.7010604559370.9379898673260.451794683493-0.002672732760810.609655041418-0.233509133109-1.18895508560.3923254248660.0643956266978-0.05444957369620.6362064545950.05635636158950.41850233081834.583832708510.052416474744.8506882859
83.88739617325-0.5071182027354.49542347591.85438576578-1.398632047835.441482769720.2263420125180.449670493255-0.218461432123-0.3186065064690.0232541695243-0.06027251002770.4518304923670.602308823714-0.1030823122280.4586240863930.0921267489942-0.02410531327250.316138473474-0.02598314403620.31269378784835.594698566210.733953272525.3721840641
98.083806637045.888735161953.333236409384.599956951581.633974012093.45461204520.234571436487-0.10738240778-1.64514549061-0.49757023363-0.151315822261-0.5889922607560.5812041937920.5158446892260.005674202327070.6780395873490.269272395902-0.04818063492210.608378841748-0.09589863342880.64315458994243.41366815195.5842786166329.189672001
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 56 )AA1 - 561 - 56
22chain 'A' and (resid 57 through 84 )AA57 - 8457 - 84
33chain 'A' and (resid 85 through 174 )AA85 - 17485 - 174
44chain 'A' and (resid 175 through 197 )AA175 - 197175 - 197
55chain 'A' and (resid 198 through 267 )AA198 - 267198 - 267
66chain 'B' and (resid 0 through 11 )BB0 - 111 - 12
77chain 'B' and (resid 12 through 19 )BB12 - 1913 - 20
88chain 'B' and (resid 20 through 41 )BB20 - 4121 - 42
99chain 'B' and (resid 42 through 51 )BB42 - 5143 - 52
1010chain 'B' and (resid 52 through 71 )BB52 - 7153 - 72
1111chain 'B' and (resid 72 through 77 )BB72 - 7773 - 78
1212chain 'B' and (resid 78 through 90 )BB78 - 9079 - 91
1313chain 'B' and (resid 91 through 99 )BB91 - 9992 - 100
1414chain 'P' and (resid 1 through 9 )PC1 - 91 - 9
1515chain 'H' and (resid 1 through 82 )HD1 - 821 - 82
1616chain 'H' and (resid 83 through 116 )HD83 - 11683 - 116
1717chain 'H' and (resid 117 through 141 )HD117 - 141117 - 141
1818chain 'H' and (resid 142 through 164 )HD142 - 164142 - 164
1919chain 'H' and (resid 165 through 209 )HD165 - 209165 - 209
2020chain 'H' and (resid 210 through 221 )HD210 - 221210 - 221
2121chain 'L' and (resid 1 through 90 )LF1 - 901 - 90
2222chain 'L' and (resid 91 through 144 )LF91 - 14491 - 144
2323chain 'L' and (resid 145 through 213 )LF145 - 213145 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る