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- PDB-8tq4: Crystal structure of Fab M142 in complex with MHC-I (H2-Dd) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tq4
タイトルCrystal structure of Fab M142 in complex with MHC-I (H2-Dd)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Fab M142 Heavy Chain
  • Fab M142 Light Chain
  • H2 class I histocompatibility antigen D-d alpha chain (H2-Dd)
  • HV1: HIV-1 P18-I10
キーワードIMMUNE SYSTEM / histocompatibility complex class I / MHC-I / immune response / immune system Fab / antibody / anti-MHC antibody / cancer tumor
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Jiang, J. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fab M142 in complex with MHC-I (H2-Dd)
著者: Jiang, J. / Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
履歴
登録2023年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H2 class I histocompatibility antigen D-d alpha chain (H2-Dd)
B: Beta-2-microglobulin
C: Fab M142 Heavy Chain
D: Fab M142 Light Chain
E: H2 class I histocompatibility antigen D-d alpha chain (H2-Dd)
F: Beta-2-microglobulin
G: HV1: HIV-1 P18-I10
H: Fab M142 Heavy Chain
L: Fab M142 Light Chain
P: HV1: HIV-1 P18-I10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,46910
ポリマ－183,46910
非ポリマー00
水00
1
A: H2 class I histocompatibility antigen D-d alpha chain (H2-Dd)
B: Beta-2-microglobulin
H: Fab M142 Heavy Chain
L: Fab M142 Light Chain
P: HV1: HIV-1 P18-I10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7355
ポリマ－91,7355
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fab M142 Heavy Chain
D: Fab M142 Light Chain
E: H2 class I histocompatibility antigen D-d alpha chain (H2-Dd)
F: Beta-2-microglobulin
G: HV1: HIV-1 P18-I10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7355
ポリマ－91,7355
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.552, 121.552, 327.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4

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要素

#1: タンパク質 H2 class I histocompatibility antigen D-d alpha chain (H2-Dd) / MHC-I (H2-Dd)


分子量: 31819.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11529.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: 抗体 Fab M142 Heavy Chain


分子量: 23754.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pCDNA3.1 / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fab M142 Light Chain


分子量: 23555.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pCDNA3.1 / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質・ペプチド HV1: HIV-1 P18-I10


分子量: 1075.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→97.57 Å / Num. obs: 28062 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 91.75 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.424 / Rpim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.59→3.72 Å / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2728 / CC1/2: 0.803 / CC star: 0.803 / Rpim(I) all: 0.613

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5WEU

5weu


解像度: 3.59→97.57 Å / SU ML: 0.4882 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.2926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 1402 5 %
Rwork0.221 26653 -
obs0.2234 28055 95.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.59→97.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12671 0 0 0 12671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003813006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81617725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05771932
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00552286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.38354643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.59-3.720.31811360.27812592X-RAY DIFFRACTION95.45
3.72-3.870.33091390.26892643X-RAY DIFFRACTION96.36
3.87-4.050.31591390.25622649X-RAY DIFFRACTION95.77
4.05-4.260.31931380.24192610X-RAY DIFFRACTION95.45
4.26-4.530.25611400.20882670X-RAY DIFFRACTION95.48
4.53-4.880.24921390.18922643X-RAY DIFFRACTION95.67
4.88-5.370.25911410.2022675X-RAY DIFFRACTION95.55
5.37-6.140.29041420.22062687X-RAY DIFFRACTION95.25
6.14-7.740.28771410.23762684X-RAY DIFFRACTION93.92
7.75-97.570.20091470.19412800X-RAY DIFFRACTION91.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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