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- PDB-8tim: TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tim
タイトルTRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE
要素TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / GLYCOLYSIS / GLUCONEOGENESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycolysis / Glycolysis / Gluconeogenesis / Gluconeogenesis / methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / canonical glycolysis ...Glycolysis / Glycolysis / Gluconeogenesis / Gluconeogenesis / methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / canonical glycolysis / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / ubiquitin protein ligase binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Artymiuk, P.J. / Taylor, W.R. / Phillips, D.C.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Triose Phosphate Isomerase
著者: Artymiuk, P.J. / Taylor, W.R. / Phillips, D.C.
#1: ジャーナル: Am.J.Hum.Genet. / 年: 1993
タイトル: Human Triosephosphate Isomerase Deficiency Resulting from Mutation of Phe-240
著者: Chang, M.L. / Artymiuk, P.J. / Wu, X. / Hollan, S. / Lammi, A. / Maquat, L.E.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986
タイトル: Human Triose-Phosphate Isomerase Deficiency: A Single Amino Acid Substitution Results in a Thermolabile Enzyme
著者: Daar, I.O. / Artymiuk, P.J. / Phillips, D.C. / Maquat, L.E.
#3: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1981
タイトル: On the Three-Dimensional Structure and Catalytic Mechanism of Triose Phosphate Isomerase
著者: Alber, T. / Banner, D.W. / Bloomer, A.C. / Petsko, G.A. / Phillips, D. / Rivers, P.S. / Wilson, I.A.
#4: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1976
タイトル: Atomic Coordinates for Triose Phosphate Isomerase from Chicken Muscle
著者: Banner, D.W. / Bloomer, A.C. / Petsko, G.A. / Phillips, D.C. / Wilson, I.A.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Studies of the Histidine Residues of Triose Phosphate Isomerase by Proton Magnetic Resonance and X-Ray Crystallography
著者: Browne, C.A. / Campbell, I.D. / Kiener, P.A. / Phillips, D.C. / Waley, S.G. / Wilson, I.A.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Structure of Chicken Muscle Triose Phosphate Isomerase Determined Crystallographically at 2.5 Angstrom Resolution Using Amino Acid Sequence Data
著者: Banner, D.W. / Bloomer, A.C. / Petsko, G.A. / Phillips, D.C. / Pogson, C.I. / Wilson, I.A. / Corran, P.H. / Furth, A.J. / Milman, J.D. / Offord, R.E. / Priddle, J.D. / Waley, S.G.
#9: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: Crystallographic Studies of Chicken Triose Phosphate Isomerase
著者: Banner, D.W. / Bloomer, A.C. / Petsko, G.A. / Phillips, D.C. / Pogson, C.I.
#6: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#7: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1976
履歴
登録1998年8月25日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE
B: TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2734
ポリマ－53,0812
非ポリマー1922
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.010, 74.760, 61.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.72691, 0.09842, -0.67964), (0.10101, -0.99424, -0.03594), (-0.67926, -0.04253, -0.73266)
ベクター: 6.66288, 88.10081, 29.74523)

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要素

#1: タンパク質 TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE


分子量: 26540.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞株: 293 / 器官: BREAST / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00940, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHICKEN TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE HAS 247 AMINO ACID RESIDUES. THEY ARE NUMBERED 2-248 FOR EASE OF ...CHICKEN TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE HAS 247 AMINO ACID RESIDUES. THEY ARE NUMBERED 2-248 FOR EASE OF COMPARISON WITH THE SEQUENCE OF RABBIT TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: HILGER-WATTS / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1975年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 17023

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
all0.177 --
obs-17023 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 10 34 3778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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