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万見
- PDB-8th4: Structure of AT118-L Nanobody Antagonist in Complex with the Angi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8th4
タイトルStructure of AT118-L Nanobody Antagonist in Complex with the Angiotensin II Type I Receptor and Losartan
要素
  • AT118-L Nanobody
  • BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain
  • BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain
  • Type-1 angiotensin II receptor Soluble cytochrome b562 complex
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / G protein-coupled receptor / nanobody / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of CoA-transferase activity / low-density lipoprotein particle remodeling / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / Rho protein signal transduction / regulation of vasoconstriction / positive regulation of protein metabolic process / blood vessel diameter maintenance / Peptide ligand-binding receptors / cell chemotaxis / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / calcium-mediated signaling / electron transport chain / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell population proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of inflammatory response / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / inflammatory response / iron ion binding / symbiont entry into host cell / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LSN / Soluble cytochrome b562 / Type-1 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Skiba, M.A. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD021345 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HD101596 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA260415 米国
The Vallee Foundation Inc. 米国
Richard and Susan Smith Family Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS088566 米国
The Pew Charitable Trusts 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Antibodies expand the scope of angiotensin receptor pharmacology.
著者: Meredith A Skiba / Sarah M Sterling / Shaun Rawson / Shuhao Zhang / Huixin Xu / Haoran Jiang / Genevieve R Nemeth / Morgan S A Gilman / Joseph D Hurley / Pengxiang Shen / Dean P Staus / Jihee ...著者: Meredith A Skiba / Sarah M Sterling / Shaun Rawson / Shuhao Zhang / Huixin Xu / Haoran Jiang / Genevieve R Nemeth / Morgan S A Gilman / Joseph D Hurley / Pengxiang Shen / Dean P Staus / Jihee Kim / Conor McMahon / Maria K Lehtinen / Howard A Rockman / Patrick Barth / Laura M Wingler / Andrew C Kruse /
要旨: G-protein-coupled receptors (GPCRs) are key regulators of human physiology and are the targets of many small-molecule research compounds and therapeutic drugs. While most of these ligands bind to ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are key regulators of human physiology and are the targets of many small-molecule research compounds and therapeutic drugs. While most of these ligands bind to their target GPCR with high affinity, selectivity is often limited at the receptor, tissue and cellular levels. Antibodies have the potential to address these limitations but their properties as GPCR ligands remain poorly characterized. Here, using protein engineering, pharmacological assays and structural studies, we develop maternally selective heavy-chain-only antibody ('nanobody') antagonists against the angiotensin II type I receptor and uncover the unusual molecular basis of their receptor antagonism. We further show that our nanobodies can simultaneously bind to angiotensin II type I receptor with specific small-molecule antagonists and demonstrate that ligand selectivity can be readily tuned. Our work illustrates that antibody fragments can exhibit rich and evolvable pharmacology, attesting to their potential as next-generation GPCR modulators.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-1 angiotensin II receptor Soluble cytochrome b562 complex
C: BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain
D: BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain
B: AT118-L Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3505
ポリマ－112,9274
非ポリマー4231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Type-1 angiotensin II receptor Soluble cytochrome b562 complex / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1 receptor / Cytochrome b-562


分子量: 49501.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: AGTR1, AGTR1A, AGTR1B, AT2R1, AT2R1B, cybC / Cell (発現宿主): Expi293 Tet-R / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30556, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 BAG2 Anti-BRIL Fab Heavy Chain


分子量: 24539.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 BAG2 Anti-BRIL Fab Light Chain


分子量: 23541.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 AT118-L Nanobody


分子量: 15345.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: 化合物 ChemComp-LSN / [2-butyl-5-chloranyl-3-[[4-[2-(2H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]phenyl]methyl]imidazol-4-yl]methanol / Losartan / ロサルタン


分子量: 422.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23ClN6O / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AT118-L Nanobody Antagonist in Complex with the Angiotensin II Type I Receptor BRIL Fusion protein, Anti-BRIL Fab, Anti-Fab Nanobody, and Losartan
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293 Tet-R
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.05% GDN, 0.005% CHS
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3粒子像選択
2SerialEM4.0.5画像取得
4cryoSPARC3CTF補正
9cryoSPARC3初期オイラー角割当
10cryoSPARC3最終オイラー角割当
12cryoSPARC3３次元再構成
13PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 405950
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238621 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 83.12 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315841
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53167932
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0384889
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0047993
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.846819

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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