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- PDB-8tdf: Structure of Alistipes sp. Glucoside-3-dehydrogenase AL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tdf
タイトルStructure of Alistipes sp. Glucoside-3-dehydrogenase AL3
要素Dehydrogenase
キーワードISOMERASE / Oxidoreductase / Dehydrogenase
機能・相同性Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, bacterial type, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Alistipes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lazarski, A.C. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: An alternative broad-specificity pathway for glycan breakdown in bacteria.
著者: Nasseri, S.A. / Lazarski, A.C. / Lemmer, I.L. / Zhang, C.Y. / Brencher, E. / Chen, H.M. / Sim, L. / Panwar, D. / Betschart, L. / Worrall, L.J. / Brumer, H. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.
履歴
登録2023年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydrogenase
B: Dehydrogenase
C: Dehydrogenase
D: Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,6978
ポリマ－210,0434
非ポリマー2,6544
水7,458414
1
A: Dehydrogenase
B: Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3484
ポリマ－105,0222
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area34310 Å2
手法PISA
2
C: Dehydrogenase
D: Dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3484
ポリマ－105,0222
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area34120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.635, 56.751, 220.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質
Dehydrogenase


分子量: 52510.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alistipes (バクテリア) / 遺伝子: A3BBH6_04580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y1WH70
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M Sodium Malonate 19% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48 Å / Num. obs: 123819 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 822967
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.619 / Num. measured all: 41507 / Num. unique obs: 6021 / CC1/2: 0.513 / Rpim(I) all: 0.659 / Rrim(I) all: 1.75 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 13.269 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23265 6343 5.1 %RANDOM
Rwork0.19848 ---
obs0.20027 117468 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.38 Å20 Å2-0.91 Å2
2--1.88 Å2-0 Å2
3----2.95 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14249 0 176 414 14839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01214837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01613735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0651.66320188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6711.58831698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.55651804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.65596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.571102395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.22132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0831.5217228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.081.5217228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2192.7189028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2192.7199029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.981.7987609
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9791.7987610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5043.14511161
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.93515.2916739
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.93315.2416679
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 442 -
Rwork0.297 8578 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49070.0966-0.33140.7608-0.13431.8858-0.0325-0.02690.00610.0635-0.03280.05030.1195-0.20840.06530.0969-0.0137-0.01230.0344-0.0210.331523.141-2.23931.182
21.33990.1865-0.13170.8571-0.00681.1163-0.0837-0.2322-0.11920.0803-0.0219-0.21590.13230.7020.10560.14790.1051-0.01220.49020.07350.416364.853-6.2730.172
30.8906-0.15620.04850.8517-0.40631.8349-0.00320.26980.18020.0303-0.03090.0291-0.6504-0.21730.03410.5195-0.1056-0.07010.32530.04770.405825.143-27.861-22.965
41.1662-0.1145-0.07740.7127-0.17561.14150.07640.2717-0.0028-0.1187-0.15-0.2094-0.04020.37890.07360.4004-0.288-0.03740.60630.09330.495665.179-39.493-27.109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 490
2X-RAY DIFFRACTION1A501
3X-RAY DIFFRACTION2B39 - 490
4X-RAY DIFFRACTION2B501
5X-RAY DIFFRACTION3C39 - 490
6X-RAY DIFFRACTION3C501
7X-RAY DIFFRACTION4D39 - 490
8X-RAY DIFFRACTION4D501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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