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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v31 | ||||||
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タイトル | Structure of Alistipes sp. 3-Keto-2-hydroxy-glucal-hydratase AL2 | ||||||
要素 | Glycosyl hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Hydratase / GH16-like | ||||||
機能・相同性 | 3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-disaccharide hydrolase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / hydrolase activity / Glycosyl hydrolase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Alistipes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Lazarski, A.C. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: An alternative broad-specificity pathway for glycan breakdown in bacteria 著者: Nasseri, S.A. / Lazarski, A.C. / Lemmer, I.L. / Zhang, C.Y. / Brencher, E. / Chen, H. / Sim, L. / Panwar, D. / Betschart, L. / Worrall, L.J. / Brumer, H. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v31.cif.gz | 117.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8v31.ent.gz | 87 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v31.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8v31_validation.pdf.gz | 450.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8v31_full_validation.pdf.gz | 458.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8v31_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8v31_validation.cif.gz | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/8v31 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30959.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alistipes (バクテリア) / 遺伝子: A3BBH6_04590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y1WGD9 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 25% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris methane pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18085 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月19日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.18085 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.65→47.54 Å / Num. obs: 24911 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 22.9 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→47.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 11.308 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.222 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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