PDB-8tda: Structure of Bacteroides thetaiotaomicron 3-Keto-2-hydroxy-glucal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tda

タイトル

Structure of Bacteroides thetaiotaomicron 3-Keto-2-hydroxy-glucal-hydratase BT2

要素

Probable secreted glycosyl hydrolase

キーワード

ISOMERASE / Hydratase / GH16-like

機能・相同性

alpha-3'-ketoglucosidase / 3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-disaccharide hydrolase / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / plasma membrane / : / 3-keto-disaccharide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Lazarski, A.C. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: An alternative broad-specificity pathway for glycan breakdown in bacteria.
著者: Nasseri, S.A. / Lazarski, A.C. / Lemmer, I.L. / Zhang, C.Y. / Brencher, E. / Chen, H.M. / Sim, L. / Panwar, D. / Betschart, L. / Worrall, L.J. / Brumer, H. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tda.cif.gz	238.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tda.ent.gz	188.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tda.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tda_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tda_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	8tda_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	8tda_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8tda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8tda	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcdC 8tcrC 8tcsC 8tctC 8tdeC 8tdfC 8tdhC 8tdiC 8v31C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable secreted glycosyl hydrolase

B: Probable secreted glycosyl hydrolase

ヘテロ分子

63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.939, 80.018, 103.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable secreted glycosyl hydrolase 分子量: 31460.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 遺伝子: BT_2157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A5T1
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Citrate 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1808 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1808 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→61.15 Å / Num. obs: 109389 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 9.04
反射シェル	解像度: 1.46→1.512 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 1.223 / Num. unique obs: 10839 / CC_1/2: 0.561 / R_pim(I) all: 0.549 / R_rim(I) all: 1.343

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.46→61.15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	-	-
R_work	0.1757	-	-
obs	-	109389	99.87 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→61.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4054	0	4	547	4605

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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