PDB-8td0: Structure of PYCR1 complexed with 5-oxo-7a-phenyl-hexahydropyrrol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td0

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 5-oxo-7a-phenyl-hexahydropyrrolo[2,1-b][1,3]thiazole-3-carboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography.
著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td0.cif.gz	498.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td0.ent.gz	410.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8td0_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8td0_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8td0_validation.xml.gz	47.6 KB	表示
CIF形式データ	8td0_validation.cif.gz	65.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcuC 8tcvC 8tcwC 8tcxC 8tcyC 8tczC 8td1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

169 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
337 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.349, 179.119, 87.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-515- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZS5 / (3R,4S,7aR)-5-oxo-7a-phenylhexahydropyrrolo[2,1-b][1,3]thiazole-3-carboxylic acid 分子量: 263.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 450 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 5-oxo-7a-phenyl-hexahydropyrrolo[2,1-b][1,3]thiazole-3-carboxylic acid. ...詳細: Reservoir contained 450 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 5-oxo-7a-phenyl-hexahydropyrrolo[2,1-b][1,3]thiazole-3-carboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 25 mM 5-oxo-7a-phenyl-hexahydropyrrolo[2,1-b][1,3]thiazole-3-carboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 450 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 5-oxo-7a-phenyl-hexahydropyrrolo[2,1-b][1,3]thiazole-3-carboxylic acid. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→90.37 Å / Num. obs: 80789 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.188 / R_pim(I) all: 0.101 / R_rim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 373849
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 1.721 / Num. measured all: 21086 / Num. unique obs: 4437 / CC_1/2: 0.463 / R_pim(I) all: 0.878 / R_rim(I) all: 1.937 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.2→90.37 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 30.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	3873	4.82 %
R_work	0.2218	-	-
obs	0.2236	80335	98.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→90.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9706	0	56	99	9861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9917
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.058	13512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.715	3380
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1651
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1756

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3637	122	0.3829	2614	X-RAY DIFFRACTION	94
2.23-2.26	0.4437	132	0.3621	2708	X-RAY DIFFRACTION	97
2.26-2.29	0.38	162	0.3598	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
2.29-2.32	0.4182	145	0.346	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
2.32-2.35	0.3475	139	0.3368	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
2.35-2.39	0.3695	136	0.323	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.42	0.3453	139	0.3242	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.46	0.3763	145	0.3106	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.5	0.3343	127	0.2934	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.55	0.3625	151	0.2834	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.6	0.3204	150	0.2832	2731	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6-2.65	0.2915	143	0.2777	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.71	0.2985	127	0.2605	2773	X-RAY DIFFRACTION	99
2.71-2.77	0.3161	139	0.2575	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-2.84	0.3086	122	0.2605	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
2.84-2.92	0.3132	135	0.253	2714	X-RAY DIFFRACTION	98
2.92-3.01	0.2903	141	0.2703	2682	X-RAY DIFFRACTION	97
3.01-3.1	0.3299	146	0.2577	2629	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1-3.21	0.2895	138	0.2352	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
3.21-3.34	0.2653	134	0.2351	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
3.34-3.49	0.2575	150	0.2186	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
3.49-3.68	0.2435	158	0.2145	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
3.68-3.91	0.2576	139	0.1999	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
3.91-4.21	0.2235	131	0.1823	2770	X-RAY DIFFRACTION	99
4.21-4.63	0.1824	134	0.1681	2738	X-RAY DIFFRACTION	98
4.63-5.3	0.2245	124	0.1838	2751	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3-6.68	0.2364	137	0.2062	2706	X-RAY DIFFRACTION	96
6.68-90.37	0.1607	127	0.1517	2791	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9282	-0.0679	1.4507	0.2143	-0.347	4.1083	0.0301	-0.2732	0.02	0.0781	-0.0049	-0.0501	0.1047	0.1239	-0.0077	0.296	-0.0143	-0.0555	0.5888	-0.0224	0.4858	26.1532	173.7948	24.4638
2	2.8267	1.0498	-2.6749	0.4616	-0.5815	4.2687	0.13	0.1305	-0.0146	-0.102	-0.0055	-0.116	-0.3925	0.2394	-0.1326	0.326	0.0379	-0.0368	0.5042	-0.0293	0.4362	32.7363	183.2622	-5.969
3	0.5751	-0.4623	-0.5427	1.2311	-0.3884	5.4861	-0.2102	-0.2292	-0.1261	0.2788	-0.0315	0.0789	1.0719	-0.0143	0.2374	0.5544	0.0367	0.0106	0.4511	-0.0246	0.4809	10.2881	139.8336	18.8498
4	1.4886	-0.693	-1.102	1.2012	1.0233	3.2043	0.029	-0.0315	-0.0639	-0.2238	0.0924	-0.2689	0.1264	0.8835	-0.0895	0.402	0.0726	-0.0174	0.6439	0.012	0.483	25.9967	145.4267	-7.7554
5	1.2512	0.1992	-1.3466	1.6459	0.6847	3.6655	0.2786	-0.4802	0.2469	0.2575	-0.0869	0.0663	-0.7042	0.4597	-0.1711	0.4327	-0.0859	-0.0114	0.5528	-0.0184	0.4927	-0.1625	200.8623	15.5441

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)