PDB-8td1: Structure of PYCR1 complexed with 3-(6-Oxa-9-azaspiro(4.5)decane-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td1

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 3-(6-Oxa-9-azaspiro(4.5)decane-9-carbonyl)benzoic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography.
著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td1.cif.gz	510.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td1.ent.gz	420.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcuC 8tcvC 8tcwC 8tcxC 8tcyC 8tczC 8td0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

170 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
339 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.677, 180.247, 87.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-559- HOH
2	1	A-570- HOH
3	1	E-510- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-ZRZ / 3-(6-oxa-9-azaspiro[4.5]decane-9-carbonyl)benzoic acid 分子量: 289.326 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₉NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 3-(6-Oxa-9-azaspiro[4.5]decane-9-carbonyl)benzoic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 3-(6-Oxa-9-azaspiro[4.5]decane-9-carbonyl)benzoic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 25 mM 3-(6-Oxa-9-azaspiro[4.5]decane-9-carbonyl)benzoic acid

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.98 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 3-(6-Oxa-9-azaspiro[4.5]decane-9-carbonyl)benzoic acid. Crystal was soaked in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→91.41 Å / Num. obs: 131474 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 602723
反射シェル	解像度: 1.88→1.91 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.896 / Num. measured all: 28771 / Num. unique obs: 6533 / CC_1/2: 0.254 / R_pim(I) all: 0.994 / R_rim(I) all: 2.152 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.88→91.41 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2052	6490	4.95 %
R_work	0.1819	-	-
obs	0.183	131203	98.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→91.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9908	0	132	425	10465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10231
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.92	13921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.878	3595
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1792

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.9	0.3659	203	0.3472	4051	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9-1.92	0.3381	210	0.3276	4138	X-RAY DIFFRACTION	97
1.92-1.95	0.3169	218	0.3024	4114	X-RAY DIFFRACTION	98
1.95-1.97	0.3283	206	0.2952	4158	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-2	0.3111	219	0.2752	4148	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.02	0.2884	214	0.2605	4162	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.05	0.2705	213	0.2529	4073	X-RAY DIFFRACTION	97
2.05-2.08	0.2725	206	0.2384	4111	X-RAY DIFFRACTION	97
2.08-2.12	0.2582	228	0.2224	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.274	233	0.2228	4167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.227	230	0.2133	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.23	0.2517	225	0.2057	4176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2235	211	0.1897	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2188	249	0.1809	4158	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.37	0.2329	223	0.1768	4202	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2154	205	0.1853	4169	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.48	0.1945	192	0.1763	4228	X-RAY DIFFRACTION	99
2.48-2.55	0.2201	224	0.1713	4167	X-RAY DIFFRACTION	99
2.55-2.63	0.2055	224	0.1847	4168	X-RAY DIFFRACTION	99
2.63-2.71	0.223	219	0.1824	4167	X-RAY DIFFRACTION	99
2.71-2.81	0.2301	212	0.2008	4147	X-RAY DIFFRACTION	99
2.81-2.92	0.2599	217	0.2235	4112	X-RAY DIFFRACTION	97
2.92-3.05	0.2218	204	0.2052	4070	X-RAY DIFFRACTION	97
3.05-3.21	0.2141	247	0.1864	4163	X-RAY DIFFRACTION	99
3.21-3.42	0.2241	209	0.1894	4222	X-RAY DIFFRACTION	99
3.42-3.68	0.2072	210	0.1774	4211	X-RAY DIFFRACTION	99
3.68-4.05	0.1567	196	0.1535	4189	X-RAY DIFFRACTION	99
4.05-4.64	0.1656	211	0.1346	4198	X-RAY DIFFRACTION	99
4.64-5.84	0.1794	195	0.1633	4089	X-RAY DIFFRACTION	96
5.84-91.41	0.1466	237	0.1514	4190	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6445	0.1206	0.4653	0.3744	-0.007	2.3145	0.0789	-0.1657	-0.008	0.1374	-0.0312	-0.0346	0.1467	0.1807	-0.0487	0.246	0.0119	-0.0264	0.3144	-0.0291	0.2937	26.6487	174.0409	24.335
2	0.821	0.2284	-0.8005	0.3217	-0.1787	1.7975	0.0716	-0.0628	0.0381	-0.0497	-0.0186	-0.0934	-0.2024	0.3618	-0.0436	0.2693	-0.0164	-0.0106	0.3571	-0.0337	0.332	32.9359	183.2624	-5.9191
3	0.5317	-0.144	-0.2786	1.0124	-0.5099	1.9817	-0.0982	-0.1583	-0.1308	0.1551	0.0012	0.0187	0.3712	0.0304	0.1142	0.4271	0.0541	-0.0053	0.2919	0.0105	0.3388	10.368	139.4617	18.7134
4	1.0579	-0.3586	-0.8181	0.7037	0.1141	2.0008	-0.0343	0.0071	-0.1007	-0.1652	-0.0314	-0.1499	0.325	0.4515	0.079	0.4038	0.115	-0.0102	0.3388	-0.0063	0.351	26.3616	144.8613	-7.9706
5	0.4721	-0.0502	-0.4168	0.8791	0.4936	2.0217	0.0536	-0.1735	0.1162	0.1385	0.0013	0.0105	-0.2241	0.1436	-0.0518	0.2861	-0.0205	0.0102	0.2882	-0.0176	0.3781	0.1545	201.0164	15.9657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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