PDB-8tcw: Structure of PYCR1 complexed with 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcw

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography.
著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcw.cif.gz	514.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcw.ent.gz	423.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcw_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcw_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8tcw_validation.xml.gz	52 KB	表示
CIF形式データ	8tcw_validation.cif.gz	72.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcuC 8tcvC 8tcxC 8tcyC 8tczC 8td0C 8td1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

169 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
339 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.013, 178.781, 87.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-551- HOH
2	1	A-578- HOH
3	1	E-515- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-ZR6 / 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid 分子量: 220.225 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 125 mM 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid.

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.32 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. Crystal was soaked in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→90.78 Å / Num. obs: 117909 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 553724
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.901 / Num. measured all: 25739 / Num. unique obs: 5797 / CC_1/2: 0.696 / R_pim(I) all: 0.474 / R_rim(I) all: 1.022 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.94→61.22 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	5844	4.96 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1741	117828	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→61.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10001	0	110	465	10576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.85	13998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.822	3601
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1687
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1805

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.96	0.2948	174	0.2838	3689	X-RAY DIFFRACTION	98
1.96-1.99	0.2956	190	0.2672	3715	X-RAY DIFFRACTION	98
1.99-2.01	0.291	203	0.2521	3603	X-RAY DIFFRACTION	96
2.01-2.04	0.2656	197	0.238	3752	X-RAY DIFFRACTION	99
2.04-2.06	0.261	179	0.235	3752	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.09	0.2439	187	0.2092	3780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.12	0.2489	207	0.2046	3717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.15	0.2548	199	0.2002	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2194	184	0.1906	3749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.19-2.22	0.2201	185	0.1805	3737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.26	0.2154	189	0.1891	3781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.26-2.3	0.21	193	0.1812	3735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.35	0.2215	193	0.1817	3734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.35-2.39	0.2061	193	0.1859	3756	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.45	0.2331	220	0.1857	3751	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.5	0.2101	186	0.181	3752	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.56	0.2046	195	0.171	3742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.56-2.63	0.212	186	0.1788	3732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.63-2.71	0.1892	203	0.1734	3729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.71-2.8	0.2139	207	0.187	3663	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8-2.9	0.2359	190	0.2018	3573	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9-3.02	0.2606	211	0.2007	3738	X-RAY DIFFRACTION	99
3.02-3.15	0.2104	199	0.1833	3755	X-RAY DIFFRACTION	99
3.15-3.32	0.1878	185	0.1821	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.53	0.2107	212	0.1811	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.8	0.1609	204	0.1584	3766	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8-4.18	0.161	216	0.1452	3742	X-RAY DIFFRACTION	99
4.18-4.79	0.1391	180	0.1292	3772	X-RAY DIFFRACTION	99
4.79-6.03	0.1931	184	0.1665	3631	X-RAY DIFFRACTION	95
6.03-61.22	0.1424	193	0.1378	3835	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4528	0.0822	0.4757	0.2178	-0.0237	2.1237	0.0354	-0.1086	0.0028	0.088	-0.0207	-0.0546	0.0769	0.1056	-0.0136	0.2296	-0.0001	-0.0351	0.2884	-0.0083	0.2972	26.3679	173.8497	24.6433
2	1.0992	0.3469	-1.041	0.2854	-0.3482	1.9552	0.0744	-0.0275	0.0357	-0.0479	-0.036	-0.0967	-0.2124	0.2318	-0.0422	0.2657	-0.0074	-0.0229	0.2874	-0.0149	0.3108	32.8889	183.3178	-5.9554
3	0.3934	-0.0722	-0.3942	0.8855	-0.6045	2.5878	-0.0775	-0.1089	-0.1142	0.1731	-0.0185	0.0165	0.4085	0.0023	0.0999	0.3628	0.0209	-0.0185	0.2402	-0.0032	0.2945	10.2249	139.417	18.9849
4	1.1462	-0.4671	-1.2585	0.7287	0.3739	2.7302	-0.0346	-0.0231	-0.0965	-0.1516	0.02	-0.1374	0.2125	0.4744	0.0153	0.3143	0.0493	-0.0151	0.3101	-0.0134	0.3141	26.354	145.1103	-8.0311
5	0.5185	0.0044	-0.5642	0.9717	0.7183	2.5977	0.0812	-0.236	0.1264	0.1414	-0.0205	0.0411	-0.2927	0.1812	-0.0647	0.2703	-0.0216	-0.008	0.289	-0.0196	0.3233	-0.003	200.9077	16.1288

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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