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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tcw | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Structure of PYCR1 complexed with 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid | ||||||
要素 | Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Tanner, J.J. / Meeks, K.R. | ||||||
| 資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography. 著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 8tcw.cif.gz | 514.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb8tcw.ent.gz | 423.6 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 8tcw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 8tcw_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 8tcw_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 8tcw_validation.xml.gz | 52 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 8tcw_validation.cif.gz | 72.7 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZR6 / 分子量: 220.225 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 125 mM 2-methyl-3-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月25日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.94→90.78 Å / Num. obs: 117909 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 553724 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.94→1.97 Å / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.901 / Num. measured all: 25739 / Num. unique obs: 5797 / CC1/2: 0.696 / Rpim(I) all: 0.474 / Rrim(I) all: 1.022 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.94→61.22 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→61.22 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
米国, 1件
引用






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