PDB-8tcs: Structure of trehalose bound Alistipes sp. 3-Keto-beta-glucopyran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcs

タイトル

Structure of trehalose bound Alistipes sp. 3-Keto-beta-glucopyranoside-1,2-Lyase AL1

要素

Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

キーワード

ISOMERASE / Sugar Phosphate Isomerase

機能・相同性

Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / trehalose / ACETATE ION / : / Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Alistipes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lazarski, A.C. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: An alternative broad-specificity pathway for glycan breakdown in bacteria.
著者: Nasseri, S.A. / Lazarski, A.C. / Lemmer, I.L. / Zhang, C.Y. / Brencher, E. / Chen, H.M. / Sim, L. / Panwar, D. / Betschart, L. / Worrall, L.J. / Brumer, H. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcs.cif.gz	253.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcs.ent.gz	196.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcs_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcs_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8tcs_validation.xml.gz	48.7 KB	表示
CIF形式データ	8tcs_validation.cif.gz	71.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcdC 8tcrC 8tctC 8tdaC 8tdeC 8tdfC 8tdhC 8tdiC 8v31 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

C: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

A: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

B: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

A: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

B: Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.994, 113.549, 212.442
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein

分子量: 30761.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Alistipes (バクテリア) / 遺伝子: BN590_01572 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R6XSE3

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose

#3: 化合物

ChemComp-CO / COBALT (II) ION

分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co

#4: 化合物

ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン

分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.44 M Ammonium Chloride 21% PEG 6000 0.1 M Sodium Acetate pH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→48.11 Å / Num. obs: 186241 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.327 / Num. unique obs: 18379 / CC_1/2: 0.543 / R_pim(I) all: 0.844 / R_rim(I) all: 1.578

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→44.335 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.175 / SU B: 1.661 / SU ML: 0.059 / Average fsc free: 0.9608 / Average fsc work: 0.9691 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2051	9367	5.033 %	RANDOM
R_work	0.1735	176754	-	-
all	0.175	-	-	-
obs	-	186121	99.826 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.249 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.672 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.577 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.335 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8610	0	100	867	9577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	9009
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.441	1.838	12163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.644	1.767	19097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.468	5	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.241	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.253	10	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.945	10	424
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	10356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	7374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	4358
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.24	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.264	2.426	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.258	2.426	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.098	4.359	5447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.099	4.359	5448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.929	2.823	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.928	2.823	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.481	4.995	6704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.48	4.995	6705
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.776	30.031	10365
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.776	30.03	10366

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.315	671	0.297	12917	0.298	13589	0.921	0.925	99.9926	0.295
1.539-1.581	0.293	685	0.278	12606	0.279	13300	0.929	0.936	99.9323	0.273
1.581-1.627	0.281	667	0.259	12229	0.26	12902	0.94	0.947	99.9535	0.251
1.627-1.677	0.261	670	0.234	11881	0.236	12558	0.952	0.959	99.9443	0.223
1.677-1.732	0.262	586	0.224	11628	0.226	12215	0.955	0.966	99.9918	0.211
1.732-1.792	0.243	576	0.2	11212	0.203	11796	0.962	0.974	99.9322	0.184
1.792-1.86	0.226	599	0.192	10819	0.193	11420	0.967	0.977	99.9825	0.174
1.86-1.936	0.222	542	0.19	10436	0.192	10989	0.968	0.977	99.8999	0.173
1.936-2.022	0.225	563	0.18	9967	0.182	10540	0.969	0.98	99.9051	0.163
2.022-2.12	0.215	512	0.172	9565	0.174	10081	0.971	0.981	99.9603	0.159
2.12-2.235	0.221	461	0.166	9168	0.168	9636	0.97	0.983	99.9274	0.154
2.235-2.37	0.191	446	0.161	8669	0.162	9122	0.979	0.984	99.9233	0.153
2.37-2.533	0.198	407	0.16	8201	0.162	8621	0.975	0.984	99.8492	0.157
2.533-2.735	0.218	396	0.163	7554	0.166	7973	0.97	0.983	99.7115	0.164
2.735-2.995	0.19	363	0.161	7057	0.162	7446	0.977	0.984	99.6508	0.166
2.995-3.346	0.196	333	0.168	6339	0.17	6707	0.977	0.983	99.4782	0.177
3.346-3.86	0.171	295	0.162	5649	0.162	5975	0.984	0.986	99.4812	0.176
3.86-4.719	0.16	262	0.137	4817	0.138	5134	0.987	0.99	98.9287	0.159
4.719-6.636	0.199	194	0.165	3791	0.166	4028	0.984	0.988	98.9325	0.186
6.636-44.335	0.208	139	0.178	2249	0.179	2404	0.98	0.982	99.3344	0.216

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