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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tcr | ||||||
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タイトル | Structure of glucose bound Alistipes sp. 3-Keto-beta-glucopyranoside-1,2-Lyase AL1 | ||||||
![]() | Sugar phosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Sugar Phosphate Isomerase | ||||||
機能・相同性 | : / alpha-D-glucopyranose / MALONATE ION / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lazarski, A.C. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An alternative broad-specificity pathway for glycan breakdown in bacteria. 著者: Nasseri, S.A. / Lazarski, A.C. / Lemmer, I.L. / Zhang, C.Y. / Brencher, E. / Chen, H.M. / Sim, L. / Panwar, D. / Betschart, L. / Worrall, L.J. / Brumer, H. / Strynadka, N.C.J. / Withers, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 185.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32738.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MLI / | #3: 糖 | ChemComp-GLC / #4: 化合物 | ChemComp-CO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 1500 0.13 M MIB pH 5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1808 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→47.4 Å / Num. obs: 68867 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 130468 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.13 Å / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. measured all: 8537 / Num. unique obs: 4460 / CC1/2: 0.566 / Rpim(I) all: 0.53 / Rrim(I) all: 0.749 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.288 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.08→47.4 Å
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拘束条件 |
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