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Yorodumi- PDB-8tca: Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tca | ||||||
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Title | Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) targeting N6-methyladenosine (m6A), an RNA modification, no ligand | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / IgG / Fab / m6A / RNA | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.02 Å | ||||||
Authors | Angelo, M.C. / Aoki, S.T. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) targeting N6-methyladenosine (m6A), an RNA modification Authors: Angelo, M.C. / Aoki, S.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tca.cif.gz | 203.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tca.ent.gz | 144.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tca.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8tca_validation.pdf.gz | 433.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8tca_full_validation.pdf.gz | 433.9 KB | Display | |
Data in XML | 8tca_validation.xml.gz | 20 KB | Display | |
Data in CIF | 8tca_validation.cif.gz | 29.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tca | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24023.018 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): HEK293 / Organ (production host): KIDNEY / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
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#2: Antibody | Mass: 23042.525 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): HEK293 / Organ (production host): KIDNEY / Production host: Homo sapiens (human) | ||||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: PEG 2K [20% (v/v)], MgCl2 [0.2 M], Tris pH 8.0 [0.1 M], glycerol [5-15% (v/v)] |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 31, 2023 |
Radiation | Monochromator: Kohzu HLD-15 Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.02→70 Å / Num. obs: 31198 / % possible obs: 98.24 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 27.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.84 / Rmerge(I) obs: 0.2183 / Rpim(I) all: 0.08188 / Rrim(I) all: 0.2341 / Net I/σ(I): 9.71 |
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.092 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 2.29 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 2999 / CC1/2: 0.546 / CC star: 0.84 / Rpim(I) all: 0.8885 / Rrim(I) all: 2.466 / % possible all: 96.71 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.02→70 Å / SU ML: 0.2588 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.3211 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→70 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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