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- PDB-8vev: Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vev
タイトルStructure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) targeting N6-methyladenosine (m6A), an RNA modification, m6A nucleoside ligand
要素(N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG Fab / N6-methyladenosine (m6A) / RNA binding protein (RBP) / modified RNA / small molecule ligand
機能・相同性N-methyladenosine / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Aoki, S.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a mouse IgG antibody antigen-binding fragment (Fab) targeting N6-methyladenosine (m6A), an RNA modification, m6A nucleoside ligand
著者: Aoki, S.T.
履歴
登録2023年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, heavy chain
B: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, light chain
C: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, heavy chain
D: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, light chain
H: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, heavy chain
L: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,05322
ポリマ－141,1976
非ポリマー1,85716
水90150
1
A: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, heavy chain
B: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3645
ポリマ－47,0662
非ポリマー2983
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
2
C: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, heavy chain
D: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7317
ポリマ－47,0662
非ポリマー6665
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
3
H: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, heavy chain
L: N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,95910
ポリマ－47,0662
非ポリマー8938
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.640, 128.377, 150.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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抗体 , 2種, 6分子 ACHBDL

#1: 抗体 N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, heavy chain


分子量: 24023.018 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 N6-methyladenosine (m6A) binding IgG Fab, light chain


分子量: 23042.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 66分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-6MD / N-methyladenosine / N6-メチルアデノシン


分子量: 281.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.17 M Ammonium sulfate; 25,5 %(w/v) PEG 4000; 15 %(v/v) Glycerol, 0.2 mM m6A nucleoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→48.23 Å / Num. obs: 31244 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 70.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.06-3.186.80.416433990.9630.1720.451100
3.18-3.336.60.2835.634280.9760.1190.308100
3.33-3.56.40.1928.134270.9880.0820.20999.9
3.5-3.726.90.14211.334220.9940.0580.154100
3.72-4.016.80.11214.634570.9950.0460.121100
4.01-4.416.70.07920.834630.9970.0330.086100
4.41-5.056.40.06125.234690.9970.0260.067100
5.05-6.3660.05925.335170.9970.0260.06599.9
6.36-43.236.10.0434.836620.9980.0170.04499.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5109精密化
autoPROCdata processing
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.06→48.23 Å / SU ML: 0.3566 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.269
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Data anisotropic, eventually chose cut refinement cut off based on the "estimates of resolution limits in reciprocal lattice direction" by aimless where CC(1/2) > 0.3 in the anisotropic direction
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 1307 4.19 %0.2744
Rwork0.2238 29901 --
obs0.225 31208 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→48.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9649 0 108 50 9807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00329989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.559513653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04421567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.08833458
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.180.311420.31563249X-RAY DIFFRACTION99.76
3.18-3.330.31691430.27833279X-RAY DIFFRACTION99.77
3.33-3.50.30781440.25053277X-RAY DIFFRACTION99.74
3.5-3.720.28291420.24563272X-RAY DIFFRACTION99.77
3.72-4.010.32331460.24143306X-RAY DIFFRACTION99.88
4.01-4.410.21561440.19793318X-RAY DIFFRACTION99.97
4.41-5.050.17841450.1843325X-RAY DIFFRACTION100
5.05-6.360.23241470.21363372X-RAY DIFFRACTION99.91
6.36-48.230.26071540.2213503X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8444296661990.451027437220.2132151482151.269845110310.986431943541.821170216240.2312126584380.0993379209159-0.28859402365-0.54955551469-0.1404015166030.02025188509340.09003455404850.16020582165-1.42057475725E-81.196907506140.07376806880360.251738502950.889984747876-0.05274768479660.82962097445618.1395012405-38.61903534540.0829437505274
20.2232158558520.701998527882-0.5069260925971.370341749730.07240721470981.41441164264-0.10856123623-0.302127059156-0.108079383463-0.15370469759-0.056245715437-0.2923139091560.06440456897690.0574837267177-1.59283901546E-80.8805737454270.06936447292590.1199973040420.7601572712160.01664197098920.77502218962717.5357653701-2.023831069579.53313408837
31.324283156040.754811770007-0.7451778489661.374201089960.1586803140532.23274861897-0.1988415041870.01430121345230.0996311011964-0.171094510446-0.05930907602850.01165359419370.09244513772240.0956408998262-3.15982774307E-90.724190483601-0.03207002987520.08443541918360.658707144767-0.02824227140910.5862321198196.72685012562-38.348657753518.2075915028
41.267135273920.013642925964-0.4346247605031.05884140962-0.08278734448210.96306196143-0.1037116968170.0288617514870.0226561734656-0.13612043024-0.02168101345060.2110438725390.119187520782-0.193427351977-3.67278325159E-90.827763352975-0.03475714459820.05603178765910.783197094470.01352213980560.7302717473112.87528281665-4.9771296181813.9784371421
51.53556714302-0.60784411914-0.1118791692931.3999623834-0.685778890151.61599829465-0.170603169142-0.217214609296-0.06284168716440.3647191236450.1944712629040.510979336947-0.118199884769-0.0231977086219-7.5867412391E-100.7266307960040.03767433660490.1003905141680.7197118550290.0360213187560.71825715426419.444437467641.2695570344-9.56365432219
60.7990690670610.0695736569437-0.1402214179130.37405016320.4143960169981.62111406552-0.1621487709110.3503459321170.6980432024070.09472810814070.0338831073126-0.398957769480.393559173270.01404512448274.02867730366E-90.957760255039-0.0441488830370.2211851557540.7608317513390.08445627223590.98464663756729.35671218845.63792328255-8.06628870659
72.14484503729-1.11066476832-1.67600427151.059885699990.1440489190041.160682399490.1103174301950.0505322468140.00993365651537-0.08897571222630.04987433244810.0664931326438-0.08370454388650.007644516600996.59603730837E-90.605793573426-0.0537526206966-0.02910725329540.6211767646650.001189698507350.65973035628229.116183330139.2556518466-28.6977466977
80.235196713337-0.2261836571640.6192485620050.488915629510.135050006720.8168047943950.29017778448-0.4813342214790.141426695015-0.537748523513-0.3848010311370.0006162271633520.259450865887-0.242494556984-2.13287876445E-81.24231280826-0.1210593357540.144777700881.16506497879-0.02593043793771.0356047741727.51370303325.75080066833-24.5662401669
92.430446939950.6353273663141.753338122331.39930000718-0.9132824708481.150331743610.116874197417-0.0921560523256-0.200394314478-0.009314972918130.1327683395290.2229649929940.0132768510734-0.103377038346-3.56618635193E-90.6003214012380.03407837580760.05836236410380.7816333663870.002690363770310.8791713899525.72842759782-21.0607684594-37.6412531456
101.51749392177-0.2305929305650.07030756948760.9091091834240.4552625141680.567174005864-0.502801556762-0.238928107450.1575410762570.3252732107020.178326638330.4173143612470.0457835855817-0.04626811854282.68779520505E-90.9831232429880.115128951991-0.005201735655050.8348311204880.03001007184220.8834246131844.01342250804-50.5395021471-25.5979578649
112.36189178719-0.3807831451340.9230159439080.623382184985-0.7589316396771.281675642130.08109743041030.0208383904203-0.08979552802580.030664430606-0.06240416382650.02276934971140.07312043830170.1571534447787.20223155369E-90.5919345089930.02686103604370.02959844329410.652870304412-0.02872033139750.64992468763527.3452780597-23.7735352403-37.3006795418
121.250685081090.0782616398958-0.02874067441691.19847041877-0.2976939620530.905842640389-0.02018281275690.164059881564-0.2158235838890.218911665244-0.159223719851-0.257023425325-0.2179503046760.1219378098571.32816840618E-80.848951778583-0.01895281720670.01222186729140.807025279080.09778531558360.85227374474816.1178659369-59.1876906167-31.5656112414
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 116 )AA1 - 1161 - 116
22chain 'A' and (resid 117 through 218 )AA117 - 218117 - 218
33chain 'B' and (resid 1 through 109 )BD1 - 1091 - 109
44chain 'B' and (resid 110 through 213 )BD110 - 213110 - 213
55chain 'C' and (resid 1 through 116 )CH1 - 1161 - 116
66chain 'C' and (resid 117 through 218 )CH117 - 218117 - 211
77chain 'D' and (resid 1 through 109 )DL1 - 1091 - 109
88chain 'D' and (resid 110 through 210 )DL110 - 210110 - 200
99chain 'H' and (resid 1 through 116 )HQ1 - 1161 - 116
1010chain 'H' and (resid 117 through 217 )HQ117 - 217117 - 214
1111chain 'L' and (resid 2 through 109 )LX2 - 1091 - 108
1212chain 'L' and (resid 110 through 212 )LX110 - 212109 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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