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万見
- PDB-8tb9: PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tb9
タイトルPRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome
要素
  • (DNA (226-MER)) x 2
  • (Polycomb protein ...) x 2
  • Histone H1.0
  • Histone H2A type 1
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • Histone-binding protein RBBP4
  • Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
  • Protein Jumonji
  • Zinc finger protein AEBP2
キーワードGENE REGULATION / Histone methyl transferase / gene repression / epigenetics / chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to pericentric heterochromatin / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / CAF-1 complex ...protein localization to pericentric heterochromatin / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / CAF-1 complex / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cerebellar cortex development / primary miRNA binding / random inactivation of X chromosome / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / histone H3K27 methyltransferase activity / sex chromatin / ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / NuRD complex / NURF complex / facultative heterochromatin formation / regulation of cell fate specification / negative regulation of DNA recombination / negative regulation of stem cell population maintenance / genomic imprinting / DNA replication-dependent chromatin assembly / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / ESC/E(Z) complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / regulation of stem cell differentiation / RSC-type complex / negative regulation of stem cell differentiation / protein-lysine N-methyltransferase activity / Polo-like kinase mediated events / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / chromatin silencing complex / histone H3K9me2/3 reader activity / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / pronucleus / chromosome condensation / G1 to G0 transition / positive regulation of dendrite development / histone H3 methyltransferase activity / nucleosomal DNA binding / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / histone methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ATPase complex / spinal cord development / lncRNA binding / negative regulation of gene expression, epigenetic / synaptic transmission, GABAergic / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / positive regulation of MAP kinase activity / histone methyltransferase complex / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / pericentric heterochromatin / oligodendrocyte differentiation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / G0 and Early G1 / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / subtelomeric heterochromatin formation / ribonucleoprotein complex binding / Cyclin E associated events during G1/S transition / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / nucleosome binding / keratinocyte differentiation / spleen development / protein localization to chromatin / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / transcription repressor complex / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / liver regeneration / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / thymus development / cellular response to leukemia inhibitory factor / B cell differentiation / Regulation of PTEN gene transcription / ubiquitin binding
類似検索 - 分子機能
: / Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 ...: / Polycomb protein SUZ12-like, Zn domain / EZH2, SET domain / Polycomb protein, VEFS-Box / VEFS-Box of polycomb protein / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / Linker histone H1/H5 / : / linker histone H1 and H5 family / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / jmjN domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / JmjC domain, hydroxylase / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Polycomb protein EED / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H1.0 / Histone H4 / Histone H3.2 ...S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Polycomb protein EED / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H1.0 / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone-binding protein RBBP4 / Polycomb protein SUZ12 / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / Zinc finger protein AEBP2 / Protein Jumonji
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Sauer, P.V. / Cookis, T. / Pavlenko, E. / Nogales, E. / Poepsel, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Activation of automethylated PRC2 by dimerization on chromatin.
著者: Paul V Sauer / Egor Pavlenko / Trinity Cookis / Linda C Zirden / Juliane Renn / Ankush Singhal / Pascal Hunold / Michaela N Hoehne-Wiechmann / Olivia van Ray / Farnusch Kaschani / Markus ...著者: Paul V Sauer / Egor Pavlenko / Trinity Cookis / Linda C Zirden / Juliane Renn / Ankush Singhal / Pascal Hunold / Michaela N Hoehne-Wiechmann / Olivia van Ray / Farnusch Kaschani / Markus Kaiser / Robert Hänsel-Hertsch / Karissa Y Sanbonmatsu / Eva Nogales / Simon Poepsel /
要旨: Polycomb repressive complex 2 (PRC2) is an epigenetic regulator that trimethylates lysine 27 of histone 3 (H3K27me3) and is essential for embryonic development and cellular differentiation. H3K27me3 ...Polycomb repressive complex 2 (PRC2) is an epigenetic regulator that trimethylates lysine 27 of histone 3 (H3K27me3) and is essential for embryonic development and cellular differentiation. H3K27me3 is associated with transcriptionally repressed chromatin and is established when PRC2 is allosterically activated upon methyl-lysine binding by the regulatory subunit EED. Automethylation of the catalytic subunit enhancer of zeste homolog 2 (EZH2) stimulates its activity by an unknown mechanism. Here, we show that human PRC2 forms a dimer on chromatin in which an inactive, automethylated PRC2 protomer is the allosteric activator of a second PRC2 that is poised to methylate H3 of a substrate nucleosome. Functional assays support our model of allosteric trans-autoactivation via EED, suggesting a previously unknown mechanism mediating context-dependent activation of PRC2. Our work showcases the molecular mechanism of auto-modification-coupled dimerization in the regulation of chromatin-modifying complexes.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin ...citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H1.0
B: Protein Jumonji
D: Polycomb protein SUZ12
E: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
G: Polycomb protein EED
H: DNA (226-MER)
I: Histone H3.2
J: Histone H4
O: Histone-binding protein RBBP4
R: Histone H2A type 1
S: Histone H2B 1.1
T: DNA (226-MER)
U: Histone H2A type 1
V: Histone H2B 1.1
W: Histone H3.2
X: Histone H4
Y: Zinc finger protein AEBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)591,03718
ポリマ－590,65317
非ポリマー3841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 9種, 13分子 ABEIWJXORUSVY

#1: タンパク質 Histone H1.0 / Histone H1' / Histone H1(0)


分子量: 21209.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H1-0, H1F0, H1FV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07305
#2: タンパク質 Protein Jumonji / Jumonji/ARID domain-containing protein 2


分子量: 36251.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JARID2, JMJ / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92833
#4: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / ENX-1 / Enhancer of zeste homolog 2 / Lysine N-methyltransferase 6


分子量: 86174.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EZH2, KMT6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q15910, [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase
#7: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#8: タンパク質 Histone H4


分子量: 11625.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#9: タンパク質 Histone-binding protein RBBP4 / Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / ...Chromatin assembly factor 1 subunit C / CAF-1 subunit C / Chromatin assembly factor I p48 subunit / CAF-I 48 kDa subunit / CAF-I p48 / Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP48 / Retinoblastoma-binding protein 4 / RBBP-4 / Retinoblastoma-binding protein p48


分子量: 47709.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP4, RBAP48 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q09028
#10: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 14355.659 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897
#11: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13655.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
#13: タンパク質 Zinc finger protein AEBP2 / Adipocyte enhancer-binding protein 2 / AE-binding protein 2


分子量: 34183.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AEBP2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6ZN18

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Polycomb protein ... , 2種, 2分子 DG

#3: タンパク質 Polycomb protein SUZ12 / Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor ...Chromatin precipitated E2F target 9 protein / ChET 9 protein / Joined to JAZF1 protein / Suppressor of zeste 12 protein homolog


分子量: 72266.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUZ12, CHET9, JJAZ1, KIAA0160 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15022
#5: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 50267.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75530

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 HT

#6: DNA鎖 DNA (226-MER)


分子量: 66539.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#12: DNA鎖 DNA (226-MER)


分子量: 65905.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#14: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosomeCOMPLEX#1-#130RECOMBINANT
2NucleosomeCOMPLEX#1, #6-#121RECOMBINANT
3PRC2COMPLEX#2-#5, #9, #131RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.55 MDaNO
210.26 MDaNO
310.29 MDaNO
410.29 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7ISOLDE1.6モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55918 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00431663
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63344128
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d28.2756941
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0394615
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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