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- PDB-8tar: APC/C-CDH1-UBE2C-Ubiquitin-CyclinB-NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tar
タイトルAPC/C-CDH1-UBE2C-Ubiquitin-CyclinB-NTD
要素
  • (Anaphase-promoting complex subunit ...) x 11
  • (Cell division cycle protein ...) x 3
  • Fizzy-related protein homolog
  • G2/mitotic-specific cyclin-B1
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C
キーワードTRANSFERASE / E3 RING Ligase / Ubiquitin Ligase / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / G2/M DNA replication checkpoint / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / MASTL Facilitates Mitotic Progression / positive regulation of exit from mitosis ...cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / G2/M DNA replication checkpoint / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / MASTL Facilitates Mitotic Progression / positive regulation of exit from mitosis / regulation of meiotic nuclear division / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / Phosphorylation of Emi1 / patched binding / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of synaptic plasticity / lens fiber cell differentiation / Transcriptional regulation by RUNX2 / Phosphorylation of the APC/C / regulation of exit from mitosis / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / anaphase-promoting complex binding / outer kinetochore / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Polo-like kinase mediated events / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / protein K11-linked ubiquitination / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Condensation of Prometaphase Chromosomes / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / exit from mitosis / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / microtubule organizing center / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin-like protein ligase binding / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of cellular senescence / ubiquitin ligase complex / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of axon extension / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / heterochromatin / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / protein K48-linked ubiquitination / intercellular bridge / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / positive regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / nuclear periphery / regulation of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / mitotic spindle organization / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / kinetochore / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of fibroblast proliferation / protein polyubiquitination / spindle pole / neuron projection development / ubiquitin-protein transferase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic spindle
類似検索 - 分子機能
: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal ...: / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / CDC20/Fizzy WD40 domain / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / : / Cyclin, C-terminal domain / Tetratricopeptide repeat / : / Cyclins signature. / Cyclin / : / : / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / G2/mitotic-specific cyclin-B1 / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 ...Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / G2/mitotic-specific cyclin-B1 / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Fizzy-related protein homolog / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Bodrug, T. / Welsh, K.A. / Bolhuis, D.L. / Paulakonis, E. / Martinez-Chacin, R.C. / Liu, B. / Pinkin, N. / Bonacci, T. / Cui, L. / Xu, P. ...Bodrug, T. / Welsh, K.A. / Bolhuis, D.L. / Paulakonis, E. / Martinez-Chacin, R.C. / Liu, B. / Pinkin, N. / Bonacci, T. / Cui, L. / Xu, P. / Roscow, O. / Amann, S.J. / Grishkovskaya, I. / Emanuele, M.J. / Harrison, J.S. / Steimel, J.P. / Hahn, K.M. / Zhang, W. / Zhong, E. / Haselbach, D. / Brown, N.G.
資金援助 米国, オーストリア, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)T32GM008570 米国
Vienna Science and Technology Fund (WWTF)WWTF-LS19-029 オーストリア
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R35GM128855 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1650116 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Time-resolved cryo-EM (TR-EM) analysis of substrate polyubiquitination by the RING E3 anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C).
著者: Tatyana Bodrug / Kaeli A Welsh / Derek L Bolhuis / Ethan Paulаkonis / Raquel C Martinez-Chacin / Bei Liu / Nicholas Pinkin / Thomas Bonacci / Liying Cui / Pengning Xu / Olivia Roscow / ...著者: Tatyana Bodrug / Kaeli A Welsh / Derek L Bolhuis / Ethan Paulаkonis / Raquel C Martinez-Chacin / Bei Liu / Nicholas Pinkin / Thomas Bonacci / Liying Cui / Pengning Xu / Olivia Roscow / Sascha Josef Amann / Irina Grishkovskaya / Michael J Emanuele / Joseph S Harrison / Joshua P Steimel / Klaus M Hahn / Wei Zhang / Ellen D Zhong / David Haselbach / Nicholas G Brown /
要旨: Substrate polyubiquitination drives a myriad of cellular processes, including the cell cycle, apoptosis and immune responses. Polyubiquitination is highly dynamic, and obtaining mechanistic insight ...Substrate polyubiquitination drives a myriad of cellular processes, including the cell cycle, apoptosis and immune responses. Polyubiquitination is highly dynamic, and obtaining mechanistic insight has thus far required artificially trapped structures to stabilize specific steps along the enzymatic process. So far, how any ubiquitin ligase builds a proteasomal degradation signal, which is canonically regarded as four or more ubiquitins, remains unclear. Here we present time-resolved cryogenic electron microscopy studies of the 1.2 MDa E3 ubiquitin ligase, known as the anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C), and its E2 co-enzymes (UBE2C/UBCH10 and UBE2S) during substrate polyubiquitination. Using cryoDRGN (Deep Reconstructing Generative Networks), a neural network-based approach, we reconstruct the conformational changes undergone by the human APC/C during polyubiquitination, directly visualize an active E3-E2 pair modifying its substrate, and identify unexpected interactions between multiple ubiquitins with parts of the APC/C machinery, including its coactivator CDH1. Together, we demonstrate how modification of substrates with nascent ubiquitin chains helps to potentiate processive substrate polyubiquitination, allowing us to model how a ubiquitin ligase builds a proteasomal degradation signal.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaphase-promoting complex subunit 1
B: G2/mitotic-specific cyclin-B1
C: Anaphase-promoting complex subunit 11
D: Anaphase-promoting complex subunit 15
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Anaphase-promoting complex subunit 16
I: Anaphase-promoting complex subunit 4
J: Cell division cycle protein 27 homolog
K: Cell division cycle protein 16 homolog
L: Anaphase-promoting complex subunit 10
M: Anaphase-promoting complex subunit 13
N: Anaphase-promoting complex subunit 2
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
P: Cell division cycle protein 27 homolog
Q: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C
R: Fizzy-related protein homolog
S: Cell division cycle protein 16 homolog
U: Cell division cycle protein 23 homolog
V: Cell division cycle protein 23 homolog
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
Y: Anaphase-promoting complex subunit 7
Z: Anaphase-promoting complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,228,92226
ポリマ－1,228,66022
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 ACDGWHILMNOYZ

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 1


分子量: 217566.141 Da / 分子数: 1
変異: S202E, S286E, T291E, S313E, T316E, S317E, S334E, S341E, S343E, S355E, S362E, S372E, S377E, T537E, S547E, S555E, S569E, S688E, S699E, S916E, S1347E
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9H1A4
#3: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYG5
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 15


分子量: 6556.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P60006
#5: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 12 / APC12 / Cell division cycle protein 26 homolog


分子量: 9920.108 Da / 分子数: 2 / 変異: S51E, S52E, S82E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NHZ8
#6: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 16 / APC16 / Cyclosome subunit 16


分子量: 6764.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96DE5
#7: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / APC4 / Cyclosome subunit 4


分子量: 92303.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX5
#10: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 10 / APC10 / Cyclosome subunit 10


分子量: 21310.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UM13
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 13 / APC13 / Cyclosome subunit 13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BS18
#12: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / APC2 / Cyclosome subunit 2


分子量: 94149.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX6
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / APC5 / Cyclosome subunit 5


分子量: 85445.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX4
#17: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 7 / APC7 / Cyclosome subunit 7


分子量: 63204.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX3

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Cell division cycle protein ... , 3種, 6分子 JPKSUV

#8: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC


分子量: 92519.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30260
#9: タンパク質 Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / CDC16 homolog / CDC16Hs / Cyclosome subunit 6


分子量: 71929.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13042
#16: タンパク質 Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 8 / APC8 / Cyclosome subunit 8


分子量: 69075.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UJX2

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タンパク質 , 2種, 2分子 QR

#14: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C


分子量: 16346.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00762
#15: タンパク質 Fizzy-related protein homolog


分子量: 55253.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UM11

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 5分子 B

#18: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#2: タンパク質・ペプチド G2/mitotic-specific cyclin-B1


分子量: 1284.467 Da / 分子数: 1 / Fragment: NTD (residues 39-50) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNB1, CCNB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14635

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Anaphase-promoting complex/cyclosome in complex with CHD1, UBE2C, and Cyclin-B
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影電子線照射量: 42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 661289 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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