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- PDB-8t5b: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t5b
タイトルHIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor EKC-110
要素(Integrase) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Integrase
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / RNA-directed DNA polymerase activity / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / RNA-directed DNA polymerase activity / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QD6 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Dinh, T. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI143649 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: The structural and mechanistic bases for the viral resistance to allosteric HIV-1 integrase inhibitor pirmitegravir.
著者: Dinh, T. / Tber, Z. / Rey, J.S. / Mengshetti, S. / Annamalai, A.S. / Haney, R. / Briganti, L. / Amblard, F. / Fuchs, J.R. / Cherepanov, P. / Kim, K. / Schinazi, R.F. / Perilla, J.R. / Kim, B. / Kvaratskhelia, M.
履歴
登録2023年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1838
ポリマ－47,1724
非ポリマー1,0114
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.954, 69.984, 63.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 57 through 68 or (resid 69...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 57 through 86 or resid 88...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 221 through 223 or resid 225 through 268 or resid 270 through 276))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 221 through 223 or resid 225...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERSERALAALAAA57 - 861 - 30
d_12ens_1VALVALGLYGLYAA88 - 10632 - 50
d_13ens_1TRPTRPGLYGLYAA108 - 14052 - 84
d_14ens_1GLYGLYALAALAAA149 - 16993 - 113
d_15ens_1HISHISTHRTHRAA171 - 210115 - 154
d_16ens_1QD6QD6QD6QD6AE301
d_21ens_1SERSERALAALABB57 - 861 - 30
d_22ens_1VALVALGLYGLYBB88 - 10632 - 50
d_23ens_1TRPTRPGLYGLYBB108 - 14052 - 84
d_24ens_1GLYGLYALAALABB149 - 16993 - 113
d_25ens_1HISHISTHRTHRBB171 - 210115 - 154
d_26ens_1QD6QD6QD6QD6BG301
d_11ens_2GLNGLNPHEPHECC221 - 2231 - 3
d_12ens_2VALVALILEILECC225 - 2685 - 48
d_13ens_2ASPASPALAALACC270 - 27650 - 56
d_21ens_2GLNGLNPHEPHEDD221 - 2231 - 3
d_22ens_2VALVALILEILEDD225 - 2685 - 48
d_23ens_2ASPASPALAALADD270 - 27650 - 56

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.215191036733, 0.00523971019743, -0.97655791592), (-0.00687015924213, -0.999952738192, -0.00687912016233), (-0.976547806624, 0.00818943339108, -0.215144868772)21.5300101429, 9.42042970047, 26.7274012227
2given(0.196085353563, -0.00108179402297, -0.98058623478), (0.0324263923429, -0.999445330766, 0.00758682340071), (-0.980050541144, -0.033284538924, -0.195941512373)21.1136409915, 9.46168895408, 26.7849118389

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要素

#1: タンパク質 Integrase / IN


分子量: 17011.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P12497, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Integrase / IN


分子量: 6574.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P12497, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物 ChemComp-QD6 / (2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid


分子量: 480.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29ClN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (wt/vol) PEG 8,000, 20% ethylene glycol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, and 0.1 M imidazole-MES (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2022年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→46.72 Å / Num. obs: 31574 / % possible obs: 97.17 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 35.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06936 / Rpim(I) all: 0.06936 / Rrim(I) all: 0.09809 / Net I/σ(I): 6.22
反射 シェル解像度: 2.08→2.154 Å / Rmerge(I) obs: 0.9956 / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 2807 / CC1/2: 0.32 / CC star: 0.696 / Rpim(I) all: 0.9956 / Rrim(I) all: 1.408 / % possible all: 84.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8A1Q

8a1q


解像度: 2.08→46.72 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 1998 6.35 %
Rwork0.24 --
obs0.2416 31455 97.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3264 0 2 82 3348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6034579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5921240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.130.40441170.36891794X-RAY DIFFRACTION83
2.13-2.190.33981291981X-RAY DIFFRACTION92
2.19-2.250.42361340.39311993X-RAY DIFFRACTION93
2.25-2.330.3511500.30782090X-RAY DIFFRACTION98
2.33-2.410.32721420.27742130X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.510.29791460.26622144X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.620.29051460.24432165X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.760.26921470.25382152X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.930.28631510.2492157X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.160.24061380.22742163X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.480.23591460.2162172X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.980.25171490.20592139X-RAY DIFFRACTION99
3.98-5.010.20451540.19532177X-RAY DIFFRACTION100
5.01-46.720.26741490.24272200X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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