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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8srg | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TRPM2 chanzyme in the presence of Magnesium, Adenosine monophosphate, and Ribose-5-phosphate | |||||||||||||||
要素 | TRPM2 chanzyme | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRPM2 Chanzyme / Channel-enzyme | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Salpingoeca rosetta (真核生物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Huang, Y. / Kumar, S. / Lu, W. / Du, J. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Coupling enzymatic activity and gating in an ancient TRPM chanzyme and its molecular evolution 著者: Huang, Y. / Lu, W. / Du, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8srg.cif.gz | 1021.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8srg.ent.gz | 809 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8srg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/8srg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/8srg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40730MC 8srdC 8sreC 8srfC 8srhC 8sriC 8srjC 8srkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 168252.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 遺伝子: PTSG_05449 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F2UB89 #2: 糖 | ChemComp-RP5 / #3: 化合物 | ChemComp-AMP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-CLR / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRPM2 chanzyme incubated with Magnesium and ADP-ribose for 4min, ADP-ribose completely hydrolyzed to Adenosine monophosphate, and Ribose-5-phosphate タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Salpingoeca rosetta (真核生物) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 8.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 平均露光時間: 0.02 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148230 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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