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万見
- PDB-8sor: Structure of human PI3KC3-C1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sor
タイトルStructure of human PI3KC3-C1 complex
要素
  • Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
  • Beclin-1
  • Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
  • Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Autophagy / Lipid kinase / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane ...extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / nucleus-vacuole junction / cellular response to aluminum ion / positive regulation of protein lipidation / postsynaptic endosome / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / host-mediated activation of viral genome replication / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / presynaptic endosome / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of protein complex stability / positive regulation of autophagosome assembly / response to L-leucine / early endosome to late endosome transport / negative regulation of autophagosome assembly / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / protein localization to phagophore assembly site / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / receptor catabolic process / phagophore assembly site membrane / protein targeting to vacuole / protein targeting to lysosome / endosome organization / SMAD protein signal transduction / late endosome to vacuole transport / pexophagy / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of programmed cell death / phosphatidylinositol 3-kinase / lysosome organization / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / response to iron(II) ion / mitotic metaphase chromosome alignment / post-transcriptional regulation of gene expression / response to vitamin E / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / autophagosome membrane docking / endosome to lysosome transport / Macroautophagy / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / phosphatidylinositol-mediated signaling / RSV-host interactions / p38MAPK cascade / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of protein phosphorylation / autolysosome / autophagosome membrane / synaptic vesicle endocytosis / PI3K Cascade / axoneme / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / autophagosome assembly / autophagosome maturation / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / neuron development / cellular defense response / intercellular bridge / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to copper ion / phagocytic vesicle / protein-membrane adaptor activity / JNK cascade / positive regulation of autophagy / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to starvation / regulation of cytokinesis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / trans-Golgi network / response to lead ion / GABA-ergic synapse / protein processing / ISG15 antiviral mechanism / autophagy / circadian rhythm
類似検索 - 分子機能
UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / : / VPS15-like, helical domain / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain ...UV radiation resistance protein/autophagy-related protein 14 / Vacuolar sorting 38 and autophagy-related subunit 14 / Serine/threonine-protein kinase Vps15-like / : / VPS15-like, helical domain / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Beclin-1 / Beclin 1-associated autophagy-related key regulator / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Chen, M. / Hurley, J.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
Michael J. Fox FoundationASAP-000350 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structure and activation of the human autophagy-initiating ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex
著者: Chen, M. / Ren, X. / Cook, A. / Hurley, J.H.
履歴
登録2023年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_related / Item: _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
C: Beclin 1-associated autophagy-related key regulator
D: Beclin-1
A: Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,7425
ポリマ－362,3144
非ポリマー4271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 ...PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / hVps34


分子量: 101680.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3, VPS34 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NEB9, phosphatidylinositol 3-kinase
#2: タンパク質 Beclin 1-associated autophagy-related key regulator


分子量: 55387.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG14 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZNE5
#3: タンパク質 Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 51953.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BECN1, GT197 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14457
#4: タンパク質 Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 4 / PI3-kinase regulatory subunit 4 / PI3-kinase p150 subunit / Phosphoinositide 3-kinase adaptor protein


分子量: 153293.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R4, VPS15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q99570, non-specific serine/threonine protein kinase
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human autophagy initiation PI3KC3-C1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.362 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK GnTi-
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2300 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMmagnesium chlorideMgCl21
425 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2243

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5a粒子像選択
2SerialEM3.8画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7ISOLDE1.5モデルフィッティング
8Coot0.9.8モデルフィッティング
10PHENIX1.20.1モデル精密化
11cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1分類
14cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1229932
3次元再構成解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 266147 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00416380
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56522136
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.7232155
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042455
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032826

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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