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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sno | ||||||
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タイトル | Structure of mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN/HYDROLASE / Membrane protein complex / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding / tumor necrosis factor binding ...ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding / tumor necrosis factor binding / protein transporter activity / positive regulation of T cell chemotaxis / TNF signaling / germinal center formation / Regulated proteolysis of p75NTR / Release of Hh-Np from the secreting cell / commissural neuron axon guidance / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / neutrophil mediated immunity / wound healing, spreading of epidermal cells / Notch binding / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of leukocyte chemotaxis / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion mediated by integrin / Signaling by EGFR / regulation of protein secretion / amyloid precursor protein catabolic process / growth factor binding / membrane protein ectodomain proteolysis / Collagen degradation / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein secretion / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of chemokine production / Nuclear signaling by ERBB4 / Notch signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / spleen development / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / B cell differentiation / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / cell motility / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein processing / metalloendopeptidase activity / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / SH3 domain binding / Golgi lumen / metallopeptidase activity / protein transport / actin cytoskeleton / integrin binding / peptidase activity / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cell growth / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / cell adhesion / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / proteolysis / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, H. / Dai, Y. / Wang, Y. / Lee, C.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 2 著者: Zhao, H. / Dai, Y. / Wang, Y. / Lee, C.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sno.cif.gz | 153.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sno.ent.gz | 109.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sno_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8sno_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8sno_validation.xml.gz | 35.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sno_validation.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8sno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8sno | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40631MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68302.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM17, CSVP, TACE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78536, ADAM 17 endopeptidase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 93503.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHBDF2, IRHOM2, RHBDL5, RHBDL6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJF5 |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 66.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 325764 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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