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万見
- EMDB-40630: Structure of mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conform... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40630
タイトルStructure of mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 1
マップデータ
試料
  • 複合体: mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 1
    • タンパク質・ペプチド: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17
    • タンパク質・ペプチド: Inactive rhomboid protein 2
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードMembrane protein complex / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / signal release / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding ...ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / signal release / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding / tumor necrosis factor binding / protein transporter activity / positive regulation of T cell chemotaxis / TNF signaling / positive regulation of leukocyte chemotaxis / Release of Hh-Np from the secreting cell / Regulated proteolysis of p75NTR / commissural neuron axon guidance / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / neutrophil mediated immunity / germinal center formation / Notch binding / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion mediated by integrin / regulation of protein secretion / Signaling by EGFR / growth factor binding / amyloid precursor protein catabolic process / cytokine binding / Collagen degradation / membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein secretion / Growth hormone receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of chemokine production / spleen development / Notch signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / B cell differentiation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell motility / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein processing / metalloendopeptidase activity / SH3 domain binding / Golgi lumen / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / metallopeptidase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / integrin binding / protein transport / peptidase activity / actin cytoskeleton / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cell growth / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / cell adhesion / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / proteolysis / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhomboid serine protease / : / Inactive rhomboid proteins 1/2, N-terminal / ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / Metallo-peptidase family M12 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain ...Rhomboid serine protease / : / Inactive rhomboid proteins 1/2, N-terminal / ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / Metallo-peptidase family M12 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain / Rhomboid-like superfamily / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17 / Inactive rhomboid protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Zhao H / Dai Y / Wang Y / Lee CH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143282 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM reveals that iRhom2 restrains ADAM17 protease activity to control the release of growth factor and inflammatory signals.
著者: Fangfang Lu / Hongtu Zhao / Yaxin Dai / Yingdi Wang / Chia-Hsueh Lee / Matthew Freeman /
要旨: A disintegrin and metalloprotease 17 (ADAM17) is a membrane-tethered protease that triggers multiple signaling pathways. It releases active forms of the primary inflammatory cytokine tumor necrosis ...A disintegrin and metalloprotease 17 (ADAM17) is a membrane-tethered protease that triggers multiple signaling pathways. It releases active forms of the primary inflammatory cytokine tumor necrosis factor (TNF) and cancer-implicated epidermal growth factor (EGF) family growth factors. iRhom2, a rhomboid-like, membrane-embedded pseudoprotease, is an essential cofactor of ADAM17. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the human ADAM17/iRhom2 complex in both inactive and active states. These reveal three regulatory mechanisms. First, exploiting the rhomboid-like hallmark of TMD recognition, iRhom2 interacts with the ADAM17 TMD to promote ADAM17 trafficking and enzyme maturation. Second, a unique iRhom2 extracellular domain unexpectedly retains the cleaved ADAM17 inhibitory prodomain, safeguarding against premature activation and dysregulated proteolysis. Finally, loss of the prodomain from the complex mobilizes the ADAM17 protease domain, contributing to its ability to engage substrates. Our results reveal how a rhomboid-like pseudoprotease has been repurposed during evolution to regulate a potent membrane-tethered enzyme, ADAM17, ensuring the fidelity of inflammatory and growth factor signaling.
履歴
登録2023年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40630.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40630.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 317.184 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-2.3485186 - 4.3221607
平均 (標準偏差)-0.00033116314 (±0.053956468)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 317.184 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40630_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40630_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 1

全体名称: mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 1
要素
  • 複合体: mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 1
    • タンパク質・ペプチド: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17
    • タンパク質・ペプチド: Inactive rhomboid protein 2
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 1

超分子名称: mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex, conformation 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17

分子名称: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADAM 17 endopeptidase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.302641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RADPDPMKNT CKLLVVADHR FYRYMGRGEE STTTNYLIEL IDRVDDIYRN TSWDNAGFKG YGIQIEQIRI LKSPQEVKPG EKHYNMAKS YPNEEKDAWD VKMLLEQFSF DIAEEASKVC LAHLFTYQDF DMGTLGLAYV GSPRANSHGG VCPKAYYSPV G KKNIYLNS ...文字列:
RADPDPMKNT CKLLVVADHR FYRYMGRGEE STTTNYLIEL IDRVDDIYRN TSWDNAGFKG YGIQIEQIRI LKSPQEVKPG EKHYNMAKS YPNEEKDAWD VKMLLEQFSF DIAEEASKVC LAHLFTYQDF DMGTLGLAYV GSPRANSHGG VCPKAYYSPV G KKNIYLNS GLTSTKNYGK TILTKEADLV TTHELGHNFG AEHDPDGLAE CAPNEDQGGK YVMYPIAVSG DHENNKMFSN CS KQSIYKT IESKAQECFQ ERSNKVCGNS RVDEGEECDP GIMYLNNDTC CNSDCTLKEG VQCSDRNSPC CKNCQFETAQ KKC QEAINA TCKGVSYCTG NSSECPPPGN AEDDTVCLDL GKCKDGKCIP FCEREQQLES CACNETDNSC KVCCRDLSGR CVPY VDAEQ KNLFLRKGKP CTVGFCDMNG KCEKRVQDVI ERFWDFIDQL SINTFGKFLA DNIVGSVLVF SLIFWIPFSI LVHCV DKKL DKQYESLSLF HPSNVEMLSS MDSASVRIIK PFPAPQTPGR LQPAPVIPSA PAAPKLDHQR MDTIQEDPST DSHMDE DGF EKDPFPNSST AAKSFEDLTD HPVTRSEKAA SFKLQRQNRV DSKETEC

UniProtKB: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17

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分子 #2: Inactive rhomboid protein 2

分子名称: Inactive rhomboid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.503258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASADKNGGS VSSVSSSRLQ SRKPPNLSIT IPPPEKETQA PGEQDSMLPE RKNPAYLKSV SLQEPRSRWQ ESSEKRPGFR RQASLSQSI RKGAAQWFGV SGDWEGQRQQ WQRRSLHHCS MRYGRLKASC QRDLELPSQE APSFQGTESP KPCKMPKIVD P LARGRAFR ...文字列:
MASADKNGGS VSSVSSSRLQ SRKPPNLSIT IPPPEKETQA PGEQDSMLPE RKNPAYLKSV SLQEPRSRWQ ESSEKRPGFR RQASLSQSI RKGAAQWFGV SGDWEGQRQQ WQRRSLHHCS MRYGRLKASC QRDLELPSQE APSFQGTESP KPCKMPKIVD P LARGRAFR HPEEMDRPHA PHPPLTPGVL SLTSFTSVRS GYSHLPRRKR MSVAHMSLQA AAALLKGRSV LDATGQRCRV VK RSFAFPS FLEEDVVDGA DTFDSSFFSK EEMSSMPDDV FESPPLSASY FRGIPHSASP VSPDGVQIPL KEYGRAPVPG PRR GKRIAS KVKHFAFDRK KRHYGLGVVG NWLNRSYRRS ISSTVQRQLE SFDSHRPYFT YWLTFVHVII TLLVICTYGI APVG FAQHV TTQLVLRNKG VYESVKYIQQ ENFWVGPSSI DLIHLGAKFS PCIRKDGQIE QLVLRERDLE RDSGCCVQND HSGCI QTQR KDCSETLATF VKWQDDTGPP MDKSDLGQKR TSGAVCHQDP RTCEEPASSG AHIWPDDITK WPICTEQARS NHTGFL HMD CEIKGRPCCI GTKGSCEITT REYCEFMHGY FHEEATLCSQ VHCLDKVCGL LPFLNPEVPD QFYRLWLSLF LHAGVVH CL VSVVFQMTIL RDLEKLAGWH RIAIIFILSG ITGNLASAIF LPYRAEVGPA GSQFGLLACL FVELFQSWPL LERPWKAF L NLSAIVLFLF ICGLLPWIDN IAHIFGFLSG LLLAFAFLPY ITFGTSDKYR KRALILVSLL AFAGLFAALV LWLYIYPIN WPWIEHLTCF PFTSRFCEKY ELDQVLH

UniProtKB: Inactive rhomboid protein 2

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 67.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 774221
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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