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万見
- PDB-8snm: Structure of mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8snm
タイトルStructure of mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex in complex with ADAM17 prodomain
要素
  • Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17
  • Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17 propeptide
  • Inactive rhomboid protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN/HYDROLASE / Membrane protein complex / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / signal release / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding ...ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / signal release / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding / tumor necrosis factor binding / protein transporter activity / positive regulation of T cell chemotaxis / TNF signaling / positive regulation of leukocyte chemotaxis / Release of Hh-Np from the secreting cell / Regulated proteolysis of p75NTR / commissural neuron axon guidance / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / neutrophil mediated immunity / germinal center formation / Notch binding / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion mediated by integrin / regulation of protein secretion / Signaling by EGFR / growth factor binding / amyloid precursor protein catabolic process / cytokine binding / Collagen degradation / membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein secretion / Growth hormone receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of chemokine production / spleen development / Notch signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / B cell differentiation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / protein localization to plasma membrane / PDZ domain binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell motility / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein processing / metalloendopeptidase activity / SH3 domain binding / Golgi lumen / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / metallopeptidase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / integrin binding / protein transport / peptidase activity / actin cytoskeleton / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cell growth / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / cell adhesion / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / proteolysis / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhomboid serine protease / : / Inactive rhomboid proteins 1/2, N-terminal / ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / Metallo-peptidase family M12 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain ...Rhomboid serine protease / : / Inactive rhomboid proteins 1/2, N-terminal / ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / Metallo-peptidase family M12 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain / Rhomboid-like superfamily / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17 / Inactive rhomboid protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Zhao, H. / Dai, Y. / Wang, Y. / Lee, C.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143282 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM reveals that iRhom2 restrains ADAM17 protease activity to control the release of growth factor and inflammatory signals.
著者: Fangfang Lu / Hongtu Zhao / Yaxin Dai / Yingdi Wang / Chia-Hsueh Lee / Matthew Freeman /
要旨: A disintegrin and metalloprotease 17 (ADAM17) is a membrane-tethered protease that triggers multiple signaling pathways. It releases active forms of the primary inflammatory cytokine tumor necrosis ...A disintegrin and metalloprotease 17 (ADAM17) is a membrane-tethered protease that triggers multiple signaling pathways. It releases active forms of the primary inflammatory cytokine tumor necrosis factor (TNF) and cancer-implicated epidermal growth factor (EGF) family growth factors. iRhom2, a rhomboid-like, membrane-embedded pseudoprotease, is an essential cofactor of ADAM17. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the human ADAM17/iRhom2 complex in both inactive and active states. These reveal three regulatory mechanisms. First, exploiting the rhomboid-like hallmark of TMD recognition, iRhom2 interacts with the ADAM17 TMD to promote ADAM17 trafficking and enzyme maturation. Second, a unique iRhom2 extracellular domain unexpectedly retains the cleaved ADAM17 inhibitory prodomain, safeguarding against premature activation and dysregulated proteolysis. Finally, loss of the prodomain from the complex mobilizes the ADAM17 protease domain, contributing to its ability to engage substrates. Our results reveal how a rhomboid-like pseudoprotease has been repurposed during evolution to regulate a potent membrane-tethered enzyme, ADAM17, ensuring the fidelity of inflammatory and growth factor signaling.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Inactive rhomboid protein 2
A: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17 propeptide
B: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,7695
ポリマ－186,6633
非ポリマー1052
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Inactive rhomboid protein 2 / iRhom2 / Rhomboid 5 homolog 2 / Rhomboid family member 2 / Rhomboid veinlet-like protein 5 / ...iRhom2 / Rhomboid 5 homolog 2 / Rhomboid family member 2 / Rhomboid veinlet-like protein 5 / Rhomboid veinlet-like protein 6


分子量: 93503.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHBDF2, IRHOM2, RHBDL5, RHBDL6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJF5
#2: タンパク質 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17 propeptide / ADAM 17 / Snake venom-like protease / TNF-alpha convertase / TNF-alpha-converting enzyme


分子量: 24857.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM17, CSVP, TACE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78536, ADAM 17 endopeptidase
#3: タンパク質 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17 / ADAM 17 / Snake venom-like protease / TNF-alpha convertase / TNF-alpha-converting enzyme


分子量: 68302.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM17, CSVP, TACE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78536, ADAM 17 endopeptidase
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mature human ADAM17/iRhom2 sheddase complex in complex with ADAM17 prodomain
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 65.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152751 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049199
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75212463
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.0883344
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461366
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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