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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sne | |||||||||
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タイトル | Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer and UDP | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE / hyaluronic acid / hyaluronan / HA / HAS / glycosyltransferase / GT / membrane protein / nanobody / n-acetylglucosamine / glucuronic acid | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hyaluronan synthase activity / extracellular matrix assembly / hyaluronan biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Stephens, Z. / Zimmer, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular insights into hyaluronan synthesis, secretion, and length control 著者: Gorniak, I. / Stephens, Z. / Erramilli, S.K. / Gawda, T. / Kossiakoff, A.A. / Zimmer, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40624MC ![]() 8sncC ![]() 8sndC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 14783.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 14737.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 65890.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CZ-2_118R / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: 多糖 | beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/3PE.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-UDP / |
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#6: 化合物 | ChemComp-Y01 / |
#7: 化合物 | ChemComp-3PE / |
#8: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of Chlorella virus hyaluronan synthase bound to nanobodies 872 and 886 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 95.3 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220556 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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