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Structure paper

タイトルStructural insights into translocation and tailored synthesis of hyaluronan.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 1, Page 161-171, Year 2025
掲載日2024年9月25日
著者Ireneusz Górniak / Zachery Stephens / Satchal K Erramilli / Tomasz Gawda / Anthony A Kossiakoff / Jochen Zimmer /
PubMed 要旨Hyaluronan (HA) is an essential component of the vertebrate extracellular matrix. It is a heteropolysaccharide of N-acetylglucosamine (GlcNAc) and glucuronic acid (GlcA) reaching several megadaltons ...Hyaluronan (HA) is an essential component of the vertebrate extracellular matrix. It is a heteropolysaccharide of N-acetylglucosamine (GlcNAc) and glucuronic acid (GlcA) reaching several megadaltons in healthy tissues. HA is synthesized and translocated in a coupled reaction by HA synthase (HAS). Here, structural snapshots of HAS provide insights into HA biosynthesis, from substrate recognition to HA elongation and translocation. We monitor the extension of a GlcNAc primer with GlcA, reveal the coordination of the uridine diphosphate product by a conserved gating loop and capture the opening of a translocation channel to coordinate a translocating HA polymer. Furthermore, we identify channel-lining residues that modulate HA product lengths. Integrating structural and biochemical analyses suggests an avenue for polysaccharide engineering based on finely tuned enzymatic activity and HA coordination.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39322765 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.4 Å
構造データ

40591

8smm

EMDB-40591, PDB-8smm:
Xenopus laevis hyaluronan synthase 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

40594

8smn

EMDB-40594, PDB-8smn:
Xenopus laevis hyaluronan synthase 1, nascent HA polymer bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

40598

8smp

EMDB-40598, PDB-8smp:
Xenopus laevis hyaluronan synthase 1, UDP-bound, gating loop inserted state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

40622

8snc

EMDB-40622, PDB-8snc:
Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

40623

8snd

EMDB-40623, PDB-8snd:
Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcNAc primer and UDP-GlcA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

40624

8sne

EMDB-40624, PDB-8sne:
Chlorella virus Hyaluronan Synthase bound to GlcA extended GlcNAc primer and UDP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-UDP:
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / UDP*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-UGA:
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-グルクロン酸

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
  • paramecium bursaria chlorella virus cz-2 (ウイルス)
  • lama glama (ラマ)
キーワードTransferase/Immune System / hyaluronic acid / hyaluronan / HA / HAS / glycosyltransferase / GT / membrane protein / Fab / Transferase-Immune System complex / TRANSFERASE / nanobody / n-acetylglucosamine / glucuronic acid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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