PDB-8sgn: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sgn

タイトル

Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy651H02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine

要素

(Cy651H02 Fab ...) x 2
Envelope glycoprotein gp350

キーワード

VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Epstein-Barr virus / immune system / monoclonal antibody / macaques / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / receptor ligand activity / symbiont entry into host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Macaca fascicularis (カニクイザル)

Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy651H02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine
著者: Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M.

履歴

登録	2023年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sgn.cif.gz	350.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sgn.ent.gz	284.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgn	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Cy651H02 Fab light chain

H: Cy651H02 Fab heavy chain

G: Envelope glycoprotein gp350

ヘテロ分子

97.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.148, 139.148, 172.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-465- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 G

#3: タンパク質	Envelope glycoprotein gp350 / Membrane antigen / MA 分子量: 46895.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / 遺伝子: BLLF1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03200

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体	Cy651H02 Fab light chain 分子量: 22490.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル) 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Cy651H02 Fab heavy chain 分子量: 23765.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル) 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 10分子

#4: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 321分子

#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.72M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 55717 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.45
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 1165 / % possible all: 45.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→32.92 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2366	2951	5.3 %
R_work	0.1931	-	-
obs	0.1954	55717	87.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6466	0	124	294	6884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.644	9118
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.953	992
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1147

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3247	93	0.2735	1165	X-RAY DIFFRACTION	42
2.23-2.27	0.3406	66	0.2822	1411	X-RAY DIFFRACTION	49
2.27-2.31	0.3238	94	0.2761	1592	X-RAY DIFFRACTION	56
2.31-2.36	0.3128	93	0.2729	1908	X-RAY DIFFRACTION	66
2.36-2.41	0.3148	114	0.2763	2172	X-RAY DIFFRACTION	75
2.41-2.46	0.3329	143	0.2733	2306	X-RAY DIFFRACTION	82
2.46-2.52	0.3149	181	0.2642	2509	X-RAY DIFFRACTION	90
2.52-2.58	0.2954	195	0.2519	2669	X-RAY DIFFRACTION	95
2.58-2.65	0.3185	186	0.2503	2758	X-RAY DIFFRACTION	97
2.65-2.73	0.3261	136	0.2423	2847	X-RAY DIFFRACTION	99
2.73-2.81	0.2843	170	0.2315	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.91	0.2667	152	0.2284	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.03	0.2494	128	0.2109	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.17	0.2799	140	0.2208	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.34	0.2346	122	0.2067	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.54	0.2507	199	0.1893	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.82	0.2597	85	0.1735	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.2	0.2332	169	0.1679	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.81	0.1639	196	0.1387	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-6.05	0.1885	130	0.1602	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
6.05-32.92	0.207	159	0.187	2830	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2628	3.4426	-3.2122	8.288	0.5677	6.6936	-0.1511	0.2869	0.1118	-0.1708	0.1805	0.0247	0.0805	0.0067	0.0007	0.2003	-0.0001	-0.0319	0.3094	-0.007	0.1865	-43.9703	4.3591	40.2414
2	3.0969	0.6594	-0.9616	2.2756	-1.5582	2.8681	0.1754	-0.054	0.1886	-0.0418	-0.1301	0.2415	-0.0687	-0.343	-0.077	0.2545	0.0235	0.0064	0.32	-0.0362	0.264	-46.5358	4.7595	51.5586
3	3.6093	1.2843	-0.3412	1.1252	-0.009	0.5283	0.0511	0.0754	0.3136	0.089	-0.014	-0.0146	-0.1699	0.0362	-0.041	0.3688	0.0068	-0.0299	0.3566	-0.0334	0.2571	-27.2041	15.0012	42.2221
4	6.456	0.7216	0.0862	2.2368	0.1142	3.3854	-0.0992	0.7277	0.2834	-0.2321	0.065	-0.158	-0.3528	0.4412	0.0089	0.4137	-0.0844	-0.0148	0.4515	0.0493	0.2902	-13.2663	22.5693	30.937
5	4.5664	-0.2847	-1.3487	1.7006	0.1244	2.409	0.0284	-0.4246	-0.0425	0.2686	-0.0301	-0.1655	0.0595	0.1384	0.0266	0.2654	-0.0161	-0.0223	0.3332	-0.0081	0.2272	-27.5685	0.3891	61.2552
6	4.6251	-0.1004	-1.3587	5.4411	4.2051	5.7422	0.3517	0.1868	0.6034	-0.4204	-0.4085	0.5958	-0.9214	0.0412	0.0879	0.4442	-0.0717	-0.0123	0.438	0.0163	0.5322	-10.3873	26.4712	44.9999
7	6.5754	-1.2543	0.3541	7.5276	0.2697	6.6529	0.1488	-0.9672	0.4579	0.5792	-0.0651	-0.1153	-0.4477	-0.7039	-0.1418	0.2899	-0.0223	0.0649	0.5883	-0.0743	0.4051	-13.647	22.4217	50.5928
8	3.6823	-0.5053	-0.3931	1.4376	0.1485	1.7401	-0.2139	0.3714	-0.4296	-0.0971	-0.1129	0.4266	0.3407	-0.52	0.3268	0.4424	-0.1526	0.008	0.6312	-0.1701	0.519	-73.1961	-13.208	63.9963
9	6.8151	-1.6975	-2.2447	6.1271	2.0485	6.4465	-0.0949	0.3012	-0.2812	-0.2464	0.0625	-0.065	0.7434	-0.2905	-0.0347	0.4434	-0.1204	0.0319	0.4174	-0.1506	0.4227	-65.2131	-17.3307	64.3109
10	4.4813	-1.2545	-3.9907	3.7711	1.1989	4.0834	-0.2613	0.6082	-0.0791	-0.1562	0.089	-0.0017	0.2447	-0.2226	0.2747	0.5321	-0.1132	-0.0664	0.7742	-0.1892	0.4824	-68.7841	-11.4132	57.4139
11	7.8976	1.6271	2.0539	1.8614	0.1816	4.1357	0.1082	0.3844	-0.1129	-0.1762	-0.3566	-0.2492	0.7222	0.7061	0.1629	0.4858	0.0917	0.0931	0.4892	0.1044	0.3968	-49.1663	-8.9047	81.973
12	4.8663	0.3384	1.5801	6.0087	2.3034	8.5531	-0.1733	0.0972	0.4126	0.1924	-0.0502	0.1839	-0.7502	0.5439	0.151	0.3509	-0.0478	-0.0036	0.3578	0.0353	0.2524	-49.7051	3.7938	78.3508
13	3.2872	2.009	1.296	9.4725	4.3062	7.0375	-0.1187	-0.2328	0.0071	-0.0897	-0.1984	0.1313	-0.2204	0.4554	0.3359	0.2803	-0.0208	0.0526	0.3776	0.1166	0.1676	-50.1811	-4.3234	80.3511
14	1.5524	-1.2192	1.35	3.6077	-1.6306	3.3605	0.0468	-0.4971	-0.6298	-0.0301	0.0947	0.6516	0.3438	-0.3175	-0.102	0.4623	0.0057	0.0323	0.4485	-0.1231	0.3505	-63.274	-8.6865	81.6465
15	3.6671	-1.2883	-0.0325	4.6797	0.2845	4.3309	-0.2048	0.1685	0.0808	-0.1404	-0.0852	0.7209	0.1125	-0.8584	0.2159	0.4006	-0.0091	-0.055	0.9396	-0.1323	0.7102	-96.0378	1.754	73.1352

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 25 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 76 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 141 through 211 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 1 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 120 through 145 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 146 through 213 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 7 through 87 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 88 through 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 118 through 156 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 157 through 187 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 188 through 259 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'G' and (resid 260 through 296 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'G' and (resid 297 through 317 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'G' and (resid 318 through 424 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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