PDB-8sgg: Crystal structure of Cy137D09, a monoclonal antibody isolated fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sgg

タイトル

Crystal structure of Cy137D09, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with an Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) nanoparticle vaccine

要素

Cy137D09 Fab heavy chain
Cy137D09 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / macaques / Epstein-Barr virus / antiviral

生物種

Macaca fascicularis (カニクイザル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structural basis for complement receptor engagement and virus neutralization through Epstein-Barr virus gp350.
著者: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, M. ...

履歴

登録	2023年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.4	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sgg.cif.gz	354.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sgg.ent.gz	289.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sgg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8sefC 8sgaC 8sgnSC 8sicC 8sm0C 8sm1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cy137D09 Fab heavy chain

B: Cy137D09 Fab light chain

C: Cy137D09 Fab heavy chain

D: Cy137D09 Fab light chain

ヘテロ分子

96.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cy137D09 Fab heavy chain

B: Cy137D09 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cy137D09 Fab heavy chain

D: Cy137D09 Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.794, 71.463, 86.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Cy137D09 Fab heavy chain 分子量: 24604.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル) 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Cy137D09 Fab light chain 分子量: 23308.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル) 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 17.5% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 51917 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 2.7 % / R_rim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.03→2.12 Å / Num. unique obs: 2870 / CC_1/2: 0.642 / R_rim(I) all: 0.722

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8SGN

8sgn

解像度: 2.03→36.12 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 30.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2465	1825	3.86 %
R_work	0.1905	-	-
obs	0.1926	47334	78.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→36.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6658	0	48	393	7099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6881
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.876	9367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.179	958
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1059
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1183

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.08	0.3981	56	0.2957	1420	X-RAY DIFFRACTION	32
2.08-2.14	0.3232	75	0.2879	2193	X-RAY DIFFRACTION	49
2.14-2.21	0.3054	126	0.273	2934	X-RAY DIFFRACTION	66
2.21-2.29	0.3356	132	0.2568	3354	X-RAY DIFFRACTION	75
2.29-2.38	0.3305	152	0.2449	3565	X-RAY DIFFRACTION	80
2.38-2.49	0.315	150	0.2326	3703	X-RAY DIFFRACTION	83
2.49-2.62	0.2648	154	0.2352	3804	X-RAY DIFFRACTION	86
2.62-2.79	0.3138	167	0.2214	3939	X-RAY DIFFRACTION	89
2.79-3	0.2617	158	0.2069	4037	X-RAY DIFFRACTION	90
3-3.3	0.2491	160	0.1909	4108	X-RAY DIFFRACTION	91
3.3-3.78	0.2337	159	0.1732	4180	X-RAY DIFFRACTION	93
3.78-4.76	0.1987	168	0.1452	4163	X-RAY DIFFRACTION	92
4.76-36.12	0.1841	168	0.154	4109	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7297	1.4323	-0.2697	2.3336	-1.0027	6.8439	-0.4226	0.3157	-0.0421	-0.335	0.1873	-0.3549	0.5496	0.1419	0.1493	0.2904	-0.0066	0.0687	0.1653	0.0337	0.2709	12.515	31.411	22.405
2	0.7029	0.0378	0.9493	2.0538	-0.4946	3.747	-0.2176	0.4164	0.1486	-0.8664	0.0201	-0.0918	-0.3287	0.0446	0.1096	0.6129	0.0312	-0.0144	0.4138	0.1004	0.2359	6.316	28.977	12.305
3	0.6964	0.6621	0.9518	0.7128	0.8249	1.3022	-0.1903	0.7829	-0.035	-0.8223	0.0043	0.0225	-0.3845	-0.0948	-0.2856	0.6659	0.052	0.0302	0.4588	0.0548	0.214	6.729	29.657	11.88
4	2.9154	1.2003	0.746	1.7902	1.1655	2.8808	0.1057	0.3162	0.0231	-0.7793	0.1455	-0.4336	-0.3591	0.1831	0.1432	0.3894	0.0788	0.0453	0.1725	0.0497	0.2178	10.498	24.751	20.495
5	2.9044	-2.0321	0.0746	3.1809	0.7221	0.8989	-0.0586	0.1489	0.067	-0.0335	0.0208	-0.3907	0.1976	0.0794	0.0164	0.2825	0.0267	-0.0042	0.1832	0.0043	0.2437	28.747	17.876	36.913
6	2.2962	-0.1007	0.9641	3.2912	1.0901	3.6155	0.0749	0.4568	-0.0734	-0.7398	-0.0702	-0.066	0.1073	0.2159	0.0208	0.5765	0.0997	-0.0047	0.3963	-0.0391	0.1856	3.137	8.469	9.37
7	3.6176	1.3499	3.0546	3.9472	3.5733	5.8815	-0.1841	-0.0306	-0.1552	-0.5894	0.0333	0.0114	-0.4753	0.2558	0.1124	0.2771	0.0247	-0.0016	0.1311	0.0343	0.167	22.091	6.092	42.015
8	1.7386	-0.0164	-0.412	3.6142	-0.0555	7.1256	-0.0926	-0.0046	-0.106	-0.2207	-0.004	0.057	-0.2175	-0.0583	0.0622	0.194	0.0217	-0.0124	0.1816	0.0254	0.1879	20.023	5.372	46.101
9	4.501	-0.1202	-1.4961	3.8747	0.2243	6.4691	0.0352	-0.2387	0.1815	0.5509	0.2123	0.3675	0.0051	-0.1436	-0.094	0.2663	-0.0288	0.0406	0.2025	-0.0513	0.2485	1.188	30.159	67.314
10	3.8417	0.1893	-1.01	3.2836	-0.9042	3.9194	-0.0586	-0.2868	0.3247	0.3295	-0.0115	-0.0835	-0.5507	0.0728	0.0121	0.3271	-0.0198	-0.0215	0.3107	-0.0373	0.1645	11.466	27.33	69.335
11	5.546	2.7498	-3.3816	5.9636	-6.1788	6.605	0.0763	-0.2338	1.1542	1.1598	1.008	1.0035	-2.1497	-0.3971	-0.0734	0.7177	-0.1186	-0.0281	0.6808	-0.2552	0.1947	2.163	36.068	70.154
12	2.4043	-0.4911	0.5542	3.018	-0.2496	5.1151	0.0169	-0.6484	0.1698	0.6911	0.2259	0.2549	0.222	0.2627	0.1686	0.3098	0.0138	0.0353	0.3256	-0.0604	0.1257	6.274	23.092	68.489
13	4.0463	1.6546	-0.3606	2.2373	-1.8537	1.7902	-0.1116	0.4617	-0.3553	-0.0675	0.3679	0.2455	0.4402	-0.2994	-0.2028	0.2328	-0.0423	-0.0187	0.2146	-0.0257	0.2708	-16.598	13.826	40.367
14	4.3682	1.8275	-0.1056	4.4974	-0.0059	1.0392	-0.1298	-0.0593	0.1256	0.0474	0.0326	0.3407	0.0705	-0.0801	0.0713	0.2673	-0.0168	-0.0532	0.1926	0.0009	0.1735	-13.393	18.808	47.225
15	2.5849	-0.2611	1.0168	2.7925	-1.6633	3.9982	-0.1026	-0.5923	-0.3677	0.4556	0.0701	0.0949	0.0708	0.218	-0.0817	0.3291	-0.0269	-0.0293	0.3895	0.0768	0.1845	11.527	6.42	72.674
16	2.48	-0.694	2.4762	2.1857	-1.9005	5.4946	-0.0314	-0.1042	-0.1167	0.5025	0.0097	0.105	-0.2471	-0.4375	0.0282	0.2688	0.003	-0.0134	0.1459	-0.0023	0.1986	-7.386	6.08	40.026
17	2.9432	-0.0197	0.9113	5.0948	-1.0367	7.2142	-0.1659	0.0683	-0.1199	0.0985	0.1141	0.0336	-0.2764	-0.0285	0.0593	0.1799	0.0268	-0.0135	0.1979	-0.0354	0.216	-5.708	5.559	35.676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:17 )	A	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 18:65 )	A	18 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 66:113 )	A	66 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 114:132 )	A	114 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 133:214 )	A	133 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1:115 )	B	1 - 115
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 116:160 )	B	116 - 160
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 161:209 )	B	161 - 209
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 1:33 )	C	1 - 33
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 34:73 )	C	34 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 74:84 )	C	74 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 85:132 )	C	85 - 132
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 133:158 )	C	133 - 158
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 159:213 )	C	159 - 213
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 1:115 )	D	1 - 115
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 116:160 )	D	116 - 160
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 161:210 )	D	161 - 210

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)