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万見
- PDB-8sga: Crystal structure of 770E11, a monoclonal antibody isolated from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sga
タイトルCrystal structure of 770E11, a monoclonal antibody isolated from a human Epstein-Barr virus seropositive donor
要素
  • 770E11 Fab heavy chain
  • 770E11 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / Epstein-Barr virus / human protein
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chen, W.H. / Jensen, J.L. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-07-2-0067 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structural basis for complement receptor engagement and virus neutralization through Epstein-Barr virus gp350.
著者: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, M. ...著者: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, M. / McDermott, A.B. / Nabel, G.J. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Cohen, J.I. / Kanekiyo, M.
履歴
登録2023年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 770E11 Fab light chain
H: 770E11 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6974
ポリマ－46,0182
非ポリマー6792
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.140, 73.080, 132.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 770E11 Fab light chain


分子量: 22199.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 770E11 Fab heavy chain


分子量: 23818.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2M ammonium sulfate, 2% w/v PEG 400, 0.1M sodium acetate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 28509 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.909 / Net I/σ(I): 6.14
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 2886 / CC1/2: 0.458

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→36.51 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 1422 5 %
Rwork0.2056 --
obs-28415 85.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3214 0 6 331 3551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0334473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.744464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.29371220.26212410X-RAY DIFFRACTION69
1.94-1.980.29941420.25612665X-RAY DIFFRACTION77
1.98-2.020.26131550.25132792X-RAY DIFFRACTION79
2.02-2.080.30331410.24262752X-RAY DIFFRACTION79
2.08-2.130.25661430.23422764X-RAY DIFFRACTION80
2.13-2.190.27881490.24092855X-RAY DIFFRACTION81
2.19-2.270.24521470.22122777X-RAY DIFFRACTION80
2.27-2.350.27991500.22562850X-RAY DIFFRACTION80
2.35-2.440.231380.21922761X-RAY DIFFRACTION79
2.44-2.550.27011450.21012779X-RAY DIFFRACTION80
2.55-2.690.28251470.20682737X-RAY DIFFRACTION79
2.69-2.850.24941420.20142778X-RAY DIFFRACTION78
2.85-3.070.24141400.18912702X-RAY DIFFRACTION78
3.07-3.380.22471410.17562725X-RAY DIFFRACTION78
3.38-3.870.22321370.17062695X-RAY DIFFRACTION77
3.87-4.880.17411450.15242635X-RAY DIFFRACTION76
4.88-36.510.25681310.21842614X-RAY DIFFRACTION75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0927-0.12060.1961.4330.16491.63040.0332-0.22410.37110.2809-0.0682-0.0785-0.76320.12810.03060.3701-0.0838-0.03220.148-0.04650.1392.0411.04-2.606
22.50720.29660.71352.61560.27882.8794-0.007-0.03240.00480.11520.05960.0622-0.2151-0.0489-0.04870.1190.01290.02710.03960.02320.0851-26.30516.101-29.152
31.4006-0.73650.69880.8290.24311.68170.03730.2569-0.0986-0.06350.0156-0.038-0.05170.1809-0.0650.064-0.00690.00120.12540.01660.1451-4.095-12.307-13.98
43.2835-0.5267-0.70432.46610.80442.16510.0016-0.04170.21370.11110.07680.2123-0.15140.0201-0.04050.0432-0.0196-0.00110.07930.04090.0884-3.39-4.682-5.407
51.67750.27260.37721.1615-0.67981.1950.0055-0.2003-0.27040.1252-0.0016-0.09910.11360.0703-0.00520.05360.01230.00410.12050.04780.1211-5.212-12.144-5.444
64.1104-0.54090.10873.0616-0.69342.59050.21180.0534-0.11760.09190.0633-0.2771-0.02960.5276-0.14360.0962-0.0421-0.02340.17950.01980.17455.534-2.68-5.545
70.89620.0110.47112.3296-0.73671.5547-0.0503-0.02760.0121-0.43590.0911-0.0551-0.0091-0.0878-0.1631-0.0246-0.00020.00980.07570.03130.0991-20.8220.752-28.585
81.38530.3304-0.30072.0208-0.7442.37940.05020.01680.09110.07050.1841-0.2628-0.26420.129-0.11390.0906-0.03720.02490.07070.00710.1483-15.7655.007-29.285
92.01490.6759-1.25823.6764-2.44154.83510.10380.2148-0.1398-0.494-0.0022-0.0460.25960.15560.07480.1691-0.0194-0.00880.0687-0.02850.1279-14.784-0.891-37.354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN L AND RESID 2:110 )L2 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN L AND RESID 111:208 )L111 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:33 )H1 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 34:54 )H34 - 54
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 55:101 )H55 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 102:116 )H102 - 116
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 117:155 )H117 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 156:198 )H156 - 198
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN H AND RESID 199:214 )H199 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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