[日本語] English
万見
- PDB-8sef: Crystal structure of Cy137C02, a monoclonal antibody isolated fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sef
タイトルCrystal structure of Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with an Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) nanoparticle vaccine
要素
  • Cy137C02 Fab heavy chain
  • Cy137C02 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / antiviral / Epstein-Barr virus
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Kanekiyo, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-18-2-0040 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2025
タイトル: Structural basis for complement receptor engagement and virus neutralization through Epstein-Barr virus gp350.
著者: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, M. ...著者: Joyce, M.G. / Bu, W. / Chen, W.H. / Gillespie, R.A. / Andrews, S.F. / Wheatley, A.K. / Tsybovsky, Y. / Jensen, J.L. / Stephens, T. / Prabhakaran, M. / Fisher, B.E. / Narpala, S.R. / Bagchi, M. / McDermott, A.B. / Nabel, G.J. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Cohen, J.I. / Kanekiyo, M.
履歴
登録2023年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Cy137C02 Fab heavy chain
L: Cy137C02 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,45610
ポリマ－46,7152
非ポリマー7418
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.389, 67.125, 50.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-409-

HOH

21H-415-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Cy137C02 Fab heavy chain


分子量: 23908.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Cy137C02 Fab light chain


分子量: 22806.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1x PBS, Cryoprotectant: 3M ammonium sulfate, 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 16004 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.9 % / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / Num. unique obs: 1453 / CC1/2: 0.759

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8SIC

8sic


解像度: 2.47→38.27 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 29.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 1522 10 %
Rwork0.2224 --
obs0.2266 15222 90.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→38.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3288 0 47 23 3358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.624692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8321229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.47-2.550.35441090.2967956X-RAY DIFFRACTION71
2.55-2.640.35991340.29211140X-RAY DIFFRACTION84
2.64-2.740.33551330.29661205X-RAY DIFFRACTION88
2.75-2.870.32131340.26641224X-RAY DIFFRACTION89
2.87-3.020.31131360.24741264X-RAY DIFFRACTION93
3.02-3.210.28891510.25741312X-RAY DIFFRACTION95
3.21-3.460.27531450.23741297X-RAY DIFFRACTION94
3.46-3.810.25171400.23031345X-RAY DIFFRACTION96
3.81-4.350.26661450.18911312X-RAY DIFFRACTION96
4.36-5.480.22131440.18211324X-RAY DIFFRACTION95
5.49-38.270.24241510.22021321X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8127-0.398-0.91063.3539-0.47234.2990.01-0.24130.24540.19980.17690.30140.38-0.2867-0.23930.4327-0.032-0.00060.4087-0.00670.4238-22.534-8.08130.128
21.88970.24461.05331.38920.50072.9794-0.0552-0.1757-0.09360.19910.1067-0.04270.388-0.3186-0.08390.4766-0.01370.04760.38760.10010.4112-26.916-17.56920.03
35.44632.4567-0.79825.4835-0.01533.15610.0023-0.44520.0391-0.0462-0.18640.45650.3462-0.26410.150.3714-0.0109-0.01510.41650.02890.4417-39.04-20.8935.74
43.12140.4683-0.21142.74741.37852.49670.5349-0.5044-0.50340.5606-0.104-0.22120.64470.2023-0.3980.9403-0.0741-0.15610.60990.11050.578-17.714-32.99234.196
52.35780.60442.35321.97560.03763.84830.2139-0.3636-0.260.20660.0286-0.22260.3428-0.5302-0.1430.37720.08730.11440.4281-0.00990.432-23.122-27.20715.161
63.41540.31290.58546.5848-1.52013.6185-0.0021-0.0058-0.0478-0.4394-0.0147-0.27980.32060.0168-0.00020.41760.00880.02680.3785-0.04520.3702-28.352-31.863-4.382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 1:83 )H1 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 84:141 )H84 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 142:216 )H142 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN L AND RESID 1:86 )L1 - 86
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 87:135 )L87 - 135
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 136:210 )L136 - 210

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る