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- PDB-8s73: Crystal structure of Fab-antiCD43 monoclonal antibody complexed t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s73
タイトルCrystal structure of Fab-antiCD43 monoclonal antibody complexed to a bis-Tn glycopeptide
要素
  • G2D11(VH-CH1)
  • antiCD43(VL-CL)
  • bis-Tn glycopeptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Monoclonal antibodies / Fab-antiCD43 / antigen Tn
機能・相同性2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hurtado-Guerrero, R. / Macias-Leon, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2022-136362NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Recognizing Tn and STn Epitopes in Protein Context: Structural Advances in Phage Display Libraries for Tumor-Specific Antibody Discovery
著者: Hurtado-Guerrero, R. / Gatos, S. / Gines-Alcober, I. / Macias-Leon, J. / Manuel Gonzalez-Ramirez, A. / Kasapoglu, I. / Veloz, B. / Companon, I. / Ghirardello, M. / Merino, P. / Corzana, F. / Blixt, O.
履歴
登録2024年2月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G2D11(VH-CH1)
B: antiCD43(VL-CL)
C: G2D11(VH-CH1)
D: antiCD43(VL-CL)
M: bis-Tn glycopeptide
N: bis-Tn glycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,99412
ポリマ－94,9256
非ポリマー1,0696
水2,576143
1
A: G2D11(VH-CH1)
B: antiCD43(VL-CL)
M: bis-Tn glycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9976
ポリマ－47,4633
非ポリマー5353
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: G2D11(VH-CH1)
D: antiCD43(VL-CL)
N: bis-Tn glycopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9976
ポリマ－47,4633
非ポリマー5353
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.525, 100.525, 194.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-440-

HOH

21D-429-

HOH

31D-440-

HOH

41D-442-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNPROPROAA1 - 2121 - 216
21GLNGLNPROPROCC1 - 2121 - 216
12METMETARGARGBB4 - 2117 - 214
22METMETARGARGDD4 - 2117 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 G2D11(VH-CH1)


分子量: 23188.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ...詳細: QVQLQQSDAELVKPGASVKISCKASGYIFADHAIHWVKRKPEQGLEWIGYISPGNDDIKYNEKFKGKATLTADKSSSTAYMQLNSLTSEDSAVYFCKRSLPGTFDYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVP
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 antiCD43(VL-CL)


分子量: 23699.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DYKDIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASENIYSYLAWYQQKQGKSPQLLVYNAKTLAEGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQPEDFGSYYCQHHYGTPYTFGGGTKLEIKR ...詳細: DYKDIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASENIYSYLAWYQQKQGKSPQLLVYNAKTLAEGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQPEDFGSYYCQHHYGTPYTFGGGTKLEIKR ADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNR
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 6分子 MN

#3: タンパク質・ペプチド bis-Tn glycopeptide


分子量: 575.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 145分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: sodium malonate dibasic monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 52037 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6226 / CC1/2: 0.547 / Rpim(I) all: 0.738 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 7.751 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 2093 4 %RANDOM
Rwork0.19544 ---
obs0.19715 49943 88.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.3 Å20 Å2
2--0.59 Å2-0 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6587 0 12 144 6743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0156155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.6739240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3151.61214319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2185835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61723.942274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.159151072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2871516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3065.2123364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3075.2123363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1337.8044191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1337.8044192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6045.8283416
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6035.8283417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.468.4795046
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.31460.3426981
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.31760.3366973
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A6210
12C6210
21B6414
22D6414
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 79 -
Rwork0.375 2364 -
obs--57.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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