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- PDB-8s0c: H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s0c
タイトルH. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complex
要素
  • (DNA (26-mer)) x 2
  • (Origin recognition complex subunit ...) x 4
  • Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3
キーワードREPLICATION / AAA+ ATPase / DNA helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / neural precursor cell proliferation ...polar body extrusion after meiotic divisions / CDC6 association with the ORC:origin complex / origin recognition complex / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / neural precursor cell proliferation / G1/S-Specific Transcription / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / protein polymerization / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / glial cell proliferation / heterochromatin / Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / chromosome, telomeric region / DNA replication / nuclear body / nucleotide binding / centrosome / chromatin binding / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / CDC6, C terminal / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal ...Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / CDC6, C terminal / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Greiwe, J.F. / Weissmann, F. / Diffley, J.F.X. / Costa, A.
資金援助 英国, European Union, 4件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteCC2002, CC2009 英国
European Research Council (ERC)820102European Union
Wellcome Trust219527/Z/19/Z 英国
European Research Council (ERC)101020432-MeChroRepEuropean Union
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: MCM double hexamer loading visualized with human proteins.
著者: Florian Weissmann / Julia F Greiwe / Thomas Pühringer / Evelyn L Eastwood / Emma C Couves / Thomas C R Miller / John F X Diffley / Alessandro Costa /
要旨: Eukaryotic DNA replication begins with the loading of the MCM replicative DNA helicase as a head-to-head double hexamer at origins of DNA replication. Our current understanding of how the double ...Eukaryotic DNA replication begins with the loading of the MCM replicative DNA helicase as a head-to-head double hexamer at origins of DNA replication. Our current understanding of how the double hexamer is assembled by the origin recognition complex (ORC), CDC6 and CDT1 comes mostly from budding yeast. Here we characterize human double hexamer (hDH) loading using biochemical reconstitution and cryo-electron microscopy with purified proteins. We show that the human double hexamer engages DNA differently from the yeast double hexamer (yDH), and generates approximately five base pairs of underwound DNA at the interface between hexamers, as seen in hDH isolated from cells. We identify several differences from the yeast double hexamer in the order of factor recruitment and dependencies during hDH assembly. Unlike in yeast, the ORC6 subunit of the ORC is not essential for initial MCM recruitment or hDH loading, but contributes to an alternative hDH assembly pathway that requires an intrinsically disordered region in ORC1, which may work through a MCM-ORC intermediate. Our work presents a detailed view of how double hexamers are assembled in an organism that uses sequence-independent replication origins, provides further evidence for diversity in eukaryotic double hexamer assembly mechanisms, and represents a first step towards reconstitution of DNA replication initiation with purified human proteins.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: MCM Double Hexamer Loading Visualised with Human Proteins
著者: Weissmann, F. / Greiwe, J.F. / Puhringer, T. / Miller, T.C.R. / Diffley, J.F.X. / Costa, A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Origin recognition complex subunit 1
X: DNA (26-mer)
Y: DNA (26-mer)
B: Origin recognition complex subunit 2
C: Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3
D: Origin recognition complex subunit 4
E: Origin recognition complex subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,86011
ポリマ－362,7657
非ポリマー1,0954
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Origin recognition complex subunit ... , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / Replication control protein 1


分子量: 97499.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC1, ORC1L, PARC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13415
#4: タンパク質 Origin recognition complex subunit 2


分子量: 66063.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC2, ORC2L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13416
#6: タンパク質 Origin recognition complex subunit 4


分子量: 50443.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC4, ORC4L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43929
#7: タンパク質 Origin recognition complex subunit 5


分子量: 50349.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC5, ORC5L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43913

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#2: DNA鎖 DNA (26-mer)


分子量: 7928.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-mer)


分子量: 8044.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#5: タンパク質 Isoform 2 of Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit Latheo


分子量: 82436.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORC3, LATHEO, ORC3L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UBD5

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非ポリマー , 2種, 4分子

#8: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1H. sapiens ORC1-5 bound to double stranded DNA as part of the MCM-ORC complexCOMPLEX#1-#70MULTIPLE SOURCES
2Double stranded DNACOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
3H. sapiens ORC1-5COMPLEX#1, #4-#71RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22synthetic construct (人工物)32630
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22synthetic construct (人工物)32630
33Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The MCM recruitment reaction was reconstituted in vitro using purified H. sapiens proteins, a short DNA template and ATPgammaS. Four microlitres of the entire reaction was applied on a grid ...詳細: The MCM recruitment reaction was reconstituted in vitro using purified H. sapiens proteins, a short DNA template and ATPgammaS. Four microlitres of the entire reaction was applied on a grid and incubated for 1 min at room temperature before blotting with filter paper for 5 s and plunge-freezing in liquid ethane.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 9.4 sec. / 電子線照射量: 49.28 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 31569
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.4粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.10CTF補正
5RELION4.0b-GPUCTF補正
6cryoSPARC3.3.2CTF補正
9UCSF ChimeraX1.6.1モデルフィッティング
11cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
14cryoSPARC3.3.2３次元再構成
15PHENIX1.21_5207モデル精密化
16ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182341 / 詳細: Local refinement in cryoSPARC / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7JPS

7jps


Accession code: 7JPS
詳細: The PDB model was fit into the map and chains A to E were used as a starting model.
Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 120.12 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002614570
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.494819941
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03712282
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00332315
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.99462319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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