PDB-8rzk: The Michaelis complex of ZgGH129 D486N from Zobellia galactanivor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rzk

タイトル

The Michaelis complex of ZgGH129 D486N from Zobellia galactanivorans with neo-b/k-oligo-carrageenan tetrasaccharide (beta-kappa neo-oligo-carrageenan DP4).

要素

Conserved hypothetical periplasmic protein

キーワード

HYDROLASE / 3 / 6-anhydro-D-galactosidase Zobellia galactanivorans carrageenan oligosaccharide 3 / 6-anhydro-D-galactose

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5696 / Family of unknown function (DUF5696) / L(+)-TARTARIC ACID / Conserved hypothetical periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Zobellia galactanivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Roret, T. / Czjzek, M. / Ficko-Blean, E.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Constrained Catalytic Itinerary of a Retaining 3,6-Anhydro-D-Galactosidase, a Key Enzyme in Red Algal Cell Wall Degradation.
著者: Wallace, M.D. / Cuxart, I. / Roret, T. / Guee, L. / Debowski, A.W. / Czjzek, M. / Rovira, C. / Stubbs, K.A. / Ficko-Blean, E.

履歴

登録	2024年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rzk.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rzk.ent.gz	869.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rzk_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rzk_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8rzk_validation.xml.gz	101.6 KB	表示
CIF形式データ	8rzk_validation.cif.gz	144.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rzgC 8rzhC 8rziC 8rzjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved hypothetical periplasmic protein

B: Conserved hypothetical periplasmic protein

C: Conserved hypothetical periplasmic protein

D: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

309 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved hypothetical periplasmic protein

B: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
155 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Conserved hypothetical periplasmic protein

D: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.734, 105.943, 213.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.233, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

Conserved hypothetical periplasmic protein

分子量: 76227.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D486N variant
由来: (組換発現)

Zobellia galactanivorans (バクテリア)
遺伝子: zobellia_3152 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0L004

#2: 多糖

3,6-anhydro-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 710.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 5種, 1160分子

#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.63 mg/ml 2:1 ratio 0.14M Na/K-tartrate, 14% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→47.89 Å / Num. obs: 152074 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 42.15 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.161 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7468 / CC_1/2: 0.551 / R_rim(I) all: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.29→47.82 Å / SU ML: 0.2731 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.756
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2016	7610	5 %
R_work	0.1688	144454	-
obs	0.1705	152064	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20951	0	250	1146	22347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	21742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8103	29435
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0512	3138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	3790
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0044	12910

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.32	0.2999	247	0.2632	4825	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.32-2.34	0.2877	248	0.2576	4779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.37	0.2907	263	0.2506	4742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4	0.2846	236	0.2483	4833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.43	0.301	263	0.2458	4755	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.43-2.47	0.2653	247	0.2333	4867	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.47-2.5	0.2849	246	0.2272	4766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.54	0.2972	254	0.2268	4766	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.54-2.58	0.2643	272	0.2209	4813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.62	0.2533	254	0.2164	4812	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.62-2.67	0.2758	260	0.235	4740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.71	0.283	251	0.236	4826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2827	249	0.222	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.82	0.2438	261	0.211	4791	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.82-2.89	0.2512	268	0.1997	4784	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.89-2.95	0.2504	257	0.1986	4830	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.95-3.03	0.22	258	0.1859	4782	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.03-3.11	0.2237	227	0.1844	4858	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.2	0.2092	275	0.1888	4767	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.2-3.3	0.1969	250	0.1724	4814	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.42	0.1937	273	0.1603	4813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.56	0.1675	254	0.1498	4811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.72	0.1843	226	0.1447	4838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.92	0.1617	262	0.1453	4833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.16	0.1588	263	0.1275	4813	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.48	0.1493	266	0.1182	4822	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.48-4.93	0.1408	257	0.1179	4840	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-5.64	0.1652	224	0.1355	4888	X-RAY DIFFRACTION	100
5.64-7.11	0.1869	249	0.1588	4899	X-RAY DIFFRACTION	99.84
7.11-47.82	0.197	250	0.1711	4966	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.764289968011	-0.102025902751	-0.0503562122851	0.643112699568	0.0567783351668	0.747766812966	-0.00435631762386	0.00173090760455	0.0287779039665	0.0471931834213	-0.0133758842697	-0.0599200022062	-0.0427844991486	0.0641469683518	-4.65257261376E-6	0.365174083476	-0.00946831902864	-0.0415848000047	0.33838415905	0.0139325117444	0.396850925036	57.529138578	-2.49477894377	51.6336260139
2	0.570487570318	-0.212109599747	0.0799508672665	0.675832505135	0.0295959144459	0.558630427063	0.00323524830302	0.115686400938	0.0303807135332	-0.106897784472	0.0116815432669	0.0730751635396	-0.0183306611416	-0.109808653731	-4.87006342948E-7	0.35792149123	-0.000455581569818	-0.0173783984447	0.464182724366	0.00475114634017	0.401825460191	29.5451622317	1.08576575079	31.8360919925
3	0.907534591968	-0.0751330206128	0.0501467272739	0.563547142264	-0.0563911596725	0.858314382884	-0.032343116425	-0.129914067304	0.0663353073811	0.107373802085	0.0323323835383	-0.00253113961466	-0.0373495540908	0.0245565772462	5.87552942839E-6	0.460038306803	0.0215469251102	-0.00218348456181	0.362966458463	0.00482751530886	0.387003402426	33.9515028863	12.3766971138	-18.2861459911
4	0.844157511425	-0.10701967493	0.0938755777031	0.64961601691	-0.0472999425743	0.586157477325	-0.0231161479227	0.0844374194469	-0.0869234725278	-0.0394939936985	0.00126129145365	-0.0198329652929	0.133955442264	0.0977252500252	-6.21084165841E-6	0.448323266867	0.0124815325553	0.0503107488387	0.440786324587	-0.0213807920729	0.403054444203	45.8464721279	-11.0837548125	-40.7148772511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 35 through 693)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 35 through 693)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 35 through 693)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 35 through 693)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 1160分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 1160分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 1160分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)