PDB-8rzg: ZgGH129 from Zobellia galactanivorans soaked with the product of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rzg

タイトル

ZgGH129 from Zobellia galactanivorans soaked with the product of the reaction ADG (3,6-anhydro-D-galactose).

要素

Conserved hypothetical periplasmic protein

キーワード

HYDROLASE / 3 / 6-anhydro-D-galactosidase Zobellia galactanivorans carrageenan oligosaccharide 3 / 6-anhydro-D-galactose

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5696 / Family of unknown function (DUF5696) / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / L(+)-TARTARIC ACID / Conserved hypothetical periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Zobellia galactanivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Roret, T. / Czjzek, M. / Ficko-Blean, E.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Constrained Catalytic Itinerary of a Retaining 3,6-Anhydro-D-Galactosidase, a Key Enzyme in Red Algal Cell Wall Degradation.
著者: Wallace, M.D. / Cuxart, I. / Roret, T. / Guee, L. / Debowski, A.W. / Czjzek, M. / Rovira, C. / Stubbs, K.A. / Ficko-Blean, E.

履歴

登録	2024年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rzg.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rzg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rzg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rzg_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rzg_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8rzg_validation.xml.gz	111.8 KB	表示
CIF形式データ	8rzg_validation.cif.gz	165.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rzg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rzhC 8rziC 8rzjC 8rzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved hypothetical periplasmic protein

B: Conserved hypothetical periplasmic protein

C: Conserved hypothetical periplasmic protein

D: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

308 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved hypothetical periplasmic protein

B: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Conserved hypothetical periplasmic protein

D: Conserved hypothetical periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	219.949, 106.825, 165.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.932, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Conserved hypothetical periplasmic protein 分子量: 76228.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア) 遺伝子: zobellia_3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0L004

-
非ポリマー , 8種, 2209分子

#2: 化合物	ChemComp-A1H39 / (1~{R},4~{S},5~{R},8~{S})-2,6-dioxabicyclo[3.2.1]octane-4,8-diol / ADG (3,6-anhydro-D-galactose) 分子量: 146.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2:1 ratio of 0.14M Na/K-tartrate, 14% PEG 3350 with 1.63 mg/ml of enzyme

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→48.48 Å / Num. obs: 272848 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 33.73 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.81→1.91 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 40731 / CC_1/2: 0.453 / R_rim(I) all: 1.229 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.16_3549	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.81→48 Å / SU ML: 0.2695 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.0837
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1939	13595	4.98 %
R_work	0.1656	259185	-
obs	0.167	272780	86.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20803	0	192	2167	23162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0053	21607
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7986	29241
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0516	3089
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3808
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1327	12800

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.83	0.3601	436	0.348	8119	X-RAY DIFFRACTION	81.65
1.83-1.86	0.3737	441	0.3415	9089	X-RAY DIFFRACTION	90.77
1.86-1.88	0.3518	452	0.3322	9051	X-RAY DIFFRACTION	90.25
1.88-1.9	0.3406	487	0.3222	9001	X-RAY DIFFRACTION	90.53
1.9-1.93	0.3257	441	0.2995	8995	X-RAY DIFFRACTION	90.37
1.93-1.95	0.3224	511	0.2918	8921	X-RAY DIFFRACTION	89.91
1.95-1.98	0.3158	448	0.2829	8947	X-RAY DIFFRACTION	89.31
1.98-2.01	0.2992	509	0.2684	8883	X-RAY DIFFRACTION	89.31
2.01-2.04	0.2824	513	0.2594	8832	X-RAY DIFFRACTION	89.27
2.04-2.08	0.2953	466	0.2439	8872	X-RAY DIFFRACTION	88.76
2.08-2.11	0.2705	452	0.2386	8795	X-RAY DIFFRACTION	88.23
2.11-2.15	0.2685	455	0.2222	8806	X-RAY DIFFRACTION	88.46
2.15-2.19	0.2436	463	0.2061	8778	X-RAY DIFFRACTION	87.86
2.19-2.24	0.2391	435	0.1996	8811	X-RAY DIFFRACTION	87.78
2.24-2.29	0.2398	473	0.1964	8691	X-RAY DIFFRACTION	87.49
2.29-2.34	0.2159	449	0.1782	8722	X-RAY DIFFRACTION	87
2.34-2.4	0.2118	482	0.1686	8468	X-RAY DIFFRACTION	85.22
2.4-2.46	0.2083	426	0.1638	8299	X-RAY DIFFRACTION	83
2.46-2.53	0.1986	481	0.1559	8664	X-RAY DIFFRACTION	87.08
2.53-2.62	0.1941	452	0.154	8753	X-RAY DIFFRACTION	87.52
2.62-2.71	0.1787	432	0.1555	8754	X-RAY DIFFRACTION	87.24
2.71-2.82	0.1953	434	0.1539	8708	X-RAY DIFFRACTION	86.59
2.82-2.95	0.1979	461	0.1586	8612	X-RAY DIFFRACTION	86.24
2.95-3.1	0.2052	431	0.1602	8540	X-RAY DIFFRACTION	85.32
3.1-3.3	0.1852	437	0.1575	8498	X-RAY DIFFRACTION	84.45
3.3-3.55	0.168	450	0.1477	8328	X-RAY DIFFRACTION	83.35
3.55-3.91	0.1516	442	0.1337	8206	X-RAY DIFFRACTION	81.75
3.91-4.47	0.1353	404	0.1159	8197	X-RAY DIFFRACTION	80.91
4.47-5.63	0.1312	417	0.1136	7880	X-RAY DIFFRACTION	77.96
5.63-48	0.1608	415	0.1506	7965	X-RAY DIFFRACTION	77.61

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.686137316872	-0.0242981533146	-0.038035364156	0.542912382319	0.0806052705859	0.499274946103	-0.00112018192668	-0.135808071993	0.0424589268904	0.0964340020014	-0.0262777029818	0.0494102612462	0.0488246261345	-0.00809363108474	-1.53442355054E-6	0.26462024473	-0.0108835382251	0.0380724635739	0.264155713554	-0.0266557352133	0.260584191696	-70.6882964343	51.1834925069	32.8384172657
2	0.697203428063	0.0117436369417	0.00389486619475	0.630763798727	-0.0773732618285	0.451595515931	-0.0282365930787	0.0486294653867	0.0325173340418	-0.00597216052136	0.0172790725137	-0.109874170241	-0.0352858508665	0.122386279409	-5.3230407812E-6	0.244848644765	0.00371493753726	0.016279977354	0.310230453282	-0.00375133780979	0.239939972727	-41.7130074784	55.1219590186	14.5560922803
3	0.627831647895	0.0121596081567	0.0247430946379	0.672459624178	-0.0545512467562	0.586770444414	0.0356715830345	-0.126550919984	-0.0729048832602	0.0821190127444	0.069774167201	-0.0569749959165	0.0804503783965	0.0089463464418	-1.12296968413E-5	0.305489931945	0.0260718390635	-0.0501547228204	0.308485248122	-0.0250176458464	0.266450004311	19.3822971714	42.2984332491	58.8633019708
4	0.773434115957	-0.038250779159	-0.0561055074808	0.545913196448	0.0119426177472	0.703036941378	-0.0118177534501	0.0156083333764	0.0899381574735	-0.078448078585	0.0588980766643	0.0621263239106	-0.113820198773	-0.0843576064234	-4.93467715374E-6	0.310966331708	0.00217199975275	-0.0103917676898	0.242703445593	-0.00644019182946	0.333678586029	3.98643010065	66.1378069229	39.1285832892

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 35 through 693)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 35 through 693)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 35 through 693)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 36 through 693)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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