PDB-8rsm: Crystal structure of Streptococcus pyogenes macrodomain in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rsm

タイトル

Crystal structure of Streptococcus pyogenes macrodomain in complex with ADP-ribose

要素

Protein-ADP-ribose hydrolase

キーワード

HYDROLASE / ADP-RIBOSYLATION / ADP-RIBOSE / ADP-RIBOSYLHYDROLASE / Lipoylation / Metalloenzyme

機能・相同性

poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Chem-AR6 / Protein-ADP-ribose hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Ariza, A.

資金援助

英国, 4件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	210634	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R007195/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/W016613/1	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/X007472/1	英国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Evolutionary and molecular basis of ADP-ribosylation reversal by zinc-dependent macrodomains.
著者: Ariza, A. / Liu, Q. / Cowieson, N.P. / Ahel, I. / Filippov, D.V. / Rack, J.G.M.

履歴

登録	2024年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rsm.cif.gz	150 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rsm.ent.gz	89.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rsm_validation.pdf.gz	768.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rsm_full_validation.pdf.gz	769.9 KB	表示
XML形式データ	8rsm_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8rsm_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rsiC 8rsjC 8rskC 8rslC 8rsnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein-ADP-ribose hydrolase

ヘテロ分子

31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.704, 41.704, 137.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Protein-ADP-ribose hydrolase / SpyMacroD 分子量: 30424.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: SPy_1216, M5005_Spy0930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q99ZI6, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.59 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium cocadylate [pH 6.5], 27% (w/v) PEG2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.2822 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2822 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→68.95 Å / Num. obs: 19406 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.87→1.91 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1211 / CC_1/2: 0.536 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→41.704 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.818 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	1005	5.193 %
R_work	0.1529	18347	-
all	0.155	-	-
obs	-	19352	99.814 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.749 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.903 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.903 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.806 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→41.704 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1993	0	37	127	2157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.644	1.664	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.56	1.582	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.216	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.655	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.548	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.988	10	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	19.904	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.989	10	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.206	2.11	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.206	2.11	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.324	3.764	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.325	3.768	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.428	2.561	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.427	2.56	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.177	4.494	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.176	4.494	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.936	23.313	2374
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.911	22.869	2356

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.87-1.919	0.238	57	0.193	1312	0.195	1405	0.961	0.967	97.4377	0.175
1.919-1.971	0.22	71	0.189	1348	0.19	1419	0.967	0.972	100	0.17
1.971-2.028	0.241	75	0.166	1275	0.171	1350	0.964	0.979	100	0.148
2.028-2.09	0.213	80	0.159	1239	0.163	1319	0.972	0.981	100	0.143
2.09-2.159	0.187	66	0.153	1186	0.155	1252	0.977	0.984	100	0.139
2.159-2.234	0.203	78	0.15	1156	0.153	1234	0.975	0.985	100	0.136
2.234-2.318	0.209	51	0.136	1164	0.14	1215	0.976	0.988	100	0.125
2.318-2.413	0.147	61	0.13	1062	0.131	1123	0.983	0.989	100	0.122
2.413-2.519	0.207	55	0.148	1056	0.151	1111	0.974	0.987	100	0.142
2.519-2.642	0.176	72	0.145	986	0.148	1058	0.979	0.988	100	0.139
2.642-2.784	0.206	58	0.142	951	0.146	1009	0.973	0.988	100	0.141
2.784-2.952	0.191	48	0.14	895	0.142	943	0.976	0.988	100	0.138
2.952-3.155	0.198	41	0.148	831	0.15	872	0.976	0.987	100	0.151
3.155-3.406	0.186	47	0.154	789	0.156	836	0.976	0.985	100	0.162
3.406-3.729	0.195	33	0.149	746	0.151	779	0.977	0.988	100	0.161
3.729-4.165	0.215	24	0.148	679	0.15	703	0.973	0.988	100	0.162
4.165-4.801	0.176	34	0.144	555	0.146	589	0.987	0.988	100	0.161
4.801-5.861	0.25	18	0.177	511	0.179	529	0.981	0.986	100	0.197
5.861-8.208	0.222	26	0.168	384	0.172	410	0.972	0.982	100	0.186
8.208-41.704	0.277	10	0.17	221	0.174	231	0.974	0.982	100	0.197

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -28.5989 Å / Origin y: 86.9473 Å / Origin z: -11.577 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0036 Å²	-0.0041 Å²	-0.0034 Å²	-	0.0093 Å²	0.004 Å²	-	-	0.0033 Å²
L	0.7334 °²	-0.0222 °²	-0.1577 °²	-	0.5003 °²	-0.2033 °²	-	-	0.9606 °²
S	-0.0063 Å °	-0.0052 Å °	-0 Å °	-0.0165 Å °	0.0043 Å °	0.0165 Å °	-0.0054 Å °	0.0132 Å °	0.002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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