PDB-8rsk: Crystal structure of Methanobrevibacter oralis macrodomain in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rsk

タイトル

Crystal structure of Methanobrevibacter oralis macrodomain in complex with Asn-ADPr

要素

O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

キーワード

HYDROLASE / ADP-RIBOSYLATION / ADP-RIBOSE / ADP-RIBOSYLHYDROLASE / Lipoylation / Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanobrevibacter oralis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.359 Å

データ登録者

Ariza, A.

資金援助

英国, 4件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	210634	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R007195/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/W016613/1	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/X007472/1	英国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Evolutionary and molecular basis of ADP-ribosylation reversal by zinc-dependent macrodomains.
著者: Ariza, A. / Liu, Q. / Cowieson, N.P. / Ahel, I. / Filippov, D.V. / Rack, J.G.M.

履歴

登録	2024年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rsk.cif.gz	442.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rsk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rsiC 8rsjC 8rslC 8rsmC 8rsnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

C: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

92.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.146, 110.443, 104.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.559, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- ZN
2	1	B-304- ZN
3	1	C-302- ZN

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: -1 - 260 / Label seq-ID: 1 - 262

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	O-acetyl-ADP-ribose deacetylase / Methonobrevibacter oralis macrodomain 分子量: 29671.775 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanobrevibacter oralis (古細菌) 遺伝子: ymdB, MBORA_13990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A166ACJ5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

#1: タンパク質

O-acetyl-ADP-ribose deacetylase / Methonobrevibacter oralis macrodomain

分子量: 29671.775 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanobrevibacter oralis (古細菌)
遺伝子: ymdB, MBORA_13990 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A166ACJ5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 194分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-A1H20 / (2~{S})-4-[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]amino]-2-azanyl-4-oxidanylidene-butanoic acid 分子量: 673.418 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₉N₇O₁₆P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5 mM zinc acetate, 9% (w/v) PEG8000, 100 mM sodium cocadylate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.359→69.955 Å / Num. obs: 42263 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.36→2.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3109 / CC_1/2: 0.494

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.359→69.955 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 26.387 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.255 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2607	1951	4.64 %
R_work	0.2134	40100	-
all	0.216	-	-
obs	-	42051	99.151 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.761 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.475 Å²	-0 Å²	0.736 Å²
2-	-	-3.208 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.156 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.359→69.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6225	0	185	174	6584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	6609
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.211	1.678	8910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.683	1.592	14355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.431	5	807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.207	5	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.358	10	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	16.985	10	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.049	10	313
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	5264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.014	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.45	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.291	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.098	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.927	2.312	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.893	2.31	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.577	4.148	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.577	4.148	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.945	2.625	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.948	2.628	3434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.758	4.642	4935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.758	4.643	4936
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.483	22.308	6916
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.491	22.054	6903
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.091	0.05	7954
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.093	0.05	7928
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.095	0.05	7944

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09092	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09092	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09252	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09252	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09451	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09451	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.359-2.42	0.394	159	0.382	2839	0.383	3115	0.889	0.904	96.244	0.379
2.42-2.487	0.39	135	0.362	2862	0.363	3045	0.908	0.915	98.4236	0.363
2.487-2.559	0.386	129	0.344	2785	0.346	2944	0.907	0.932	98.981	0.339
2.559-2.637	0.353	144	0.317	2687	0.318	2863	0.932	0.944	98.8823	0.306
2.637-2.724	0.371	144	0.307	2635	0.31	2800	0.921	0.949	99.25	0.29
2.724-2.819	0.347	133	0.284	2573	0.287	2725	0.936	0.958	99.3027	0.255
2.819-2.925	0.323	129	0.262	2453	0.266	2593	0.935	0.962	99.5758	0.234
2.925-3.044	0.284	124	0.23	2386	0.233	2517	0.96	0.972	99.7219	0.203
3.044-3.18	0.36	105	0.231	2284	0.236	2399	0.923	0.972	99.5832	0.206
3.18-3.334	0.25	110	0.217	2158	0.219	2278	0.964	0.978	99.561	0.2
3.334-3.514	0.281	88	0.212	2089	0.215	2185	0.962	0.979	99.6339	0.198
3.514-3.727	0.304	81	0.221	2005	0.225	2089	0.956	0.978	99.8564	0.208
3.727-3.983	0.245	73	0.184	1871	0.186	1950	0.971	0.986	99.6923	0.172
3.983-4.301	0.188	71	0.159	1723	0.161	1800	0.98	0.986	99.6667	0.145
4.301-4.71	0.203	81	0.144	1606	0.147	1692	0.976	0.989	99.7045	0.132
4.71-5.263	0.157	55	0.139	1466	0.139	1522	0.987	0.992	99.9343	0.129
5.263-6.072	0.218	52	0.153	1272	0.156	1332	0.98	0.989	99.3994	0.142
6.072-7.422	0.196	48	0.145	1101	0.147	1152	0.982	0.99	99.7396	0.138
7.422-10.438	0.143	54	0.12	838	0.122	895	0.987	0.992	99.6648	0.114
10.438-69.955	0.171	36	0.209	467	0.207	513	0.982	0.968	98.0507	0.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5887	-0.0304	1.9927	1.3443	0.443	2.4748	-0.0673	-0.0535	0.604	-0.122	-0.1005	0.086	-0.0321	-0.1734	0.1678	0.0369	-0.0259	0.0231	0.4957	-0.0272	0.143	58.8244	-8.1579	35.2354
2	2.277	-0.3346	0.948	1.2406	0.2774	6.1278	-0.0895	0.0284	0.0969	-0.1939	-0.0614	-0.0207	-0.737	-0.4236	0.1509	0.1103	0.0437	-0.0139	0.4094	-0.0521	0.0119	24.9389	-8.8706	23.3593
3	3.5568	-0.1395	-0.1513	2.1656	0.1875	2.9231	-0.0591	-0.5255	-0.0557	0.1028	0.0916	0.1188	-0.2339	-0.1957	-0.0326	0.0525	0.0142	0.0492	0.5481	0.0175	0.068	86.3738	-9.2866	12.06

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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