PDB-8rsi: Crystal structure of Methanobrevibacter oralis macrodomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rsi

タイトル

Crystal structure of Methanobrevibacter oralis macrodomain

要素

O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

キーワード

HYDROLASE / ADP-RIBOSYLATION / ADP-RIBOSE / ADP-RIBOSYLHYDROLASE / Lipoylation / Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanobrevibacter oralis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.059 Å

データ登録者

Ariza, A.

資金援助

英国, 4件

組織	認可番号	国
Wellcome Trust	210634	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/R007195/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/W016613/1	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/X007472/1	英国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Evolutionary and molecular basis of ADP-ribosylation reversal by zinc-dependent macrodomains.
著者: Ariza, A. / Liu, Q. / Cowieson, N.P. / Ahel, I. / Filippov, D.V. / Rack, J.G.M.

履歴

登録	2024年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rsi.cif.gz	303.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rsi.ent.gz	191.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rsi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rsjC 8rskC 8rslC 8rsmC 8rsnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.320, 146.609, 58.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 0 - 259 / Label seq-ID: 2 - 261

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	O-acetyl-ADP-ribose deacetylase / Methonobrevibacter oralis macrodomain 分子量: 29671.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanobrevibacter oralis (古細菌) 遺伝子: ymdB, MBORA_13990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A166ACJ5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

#1: タンパク質

O-acetyl-ADP-ribose deacetylase / Methonobrevibacter oralis macrodomain

分子量: 29671.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanobrevibacter oralis (古細菌)
遺伝子: ymdB, MBORA_13990 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A166ACJ5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 182分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 46.8 mM MES monohydrate, 53.2 mM imidazole, 20% (v/v) ethylene glycol, 10% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.28229 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28229 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.059→146.39 Å / Num. obs: 38093 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.059→2.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2762 / CC_1/2: 0.457

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.059→73.412 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 13.071 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2437	1799	4.739 %
R_work	0.1927	36161	-
all	0.195	-	-
obs	-	37960	99.478 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.758 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.076 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.585 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.509 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.059→73.412 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4124	0	60	169	4353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	4559
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	1.652	6179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.58	1.574	10298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.413	5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.77	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.11	10	908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.447	10	227
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.006	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5387
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	908
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	2161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.101	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.329	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.271	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.008	2.965	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.007	2.966	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.373	5.311	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.372	5.312	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.227	3.444	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.167	3.444	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.243	6.132	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.243	6.133	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.276	29.206	5061
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.275	29.166	5041
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.091	0.05	8669

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09139	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09139	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.059-2.112	0.373	125	0.341	2528	0.342	2757	0.893	0.902	96.2278	0.344
2.112-2.17	0.306	123	0.296	2587	0.297	2711	0.924	0.93	99.9631	0.297
2.17-2.233	0.318	122	0.269	2538	0.271	2660	0.927	0.941	100	0.27
2.233-2.301	0.248	137	0.253	2379	0.252	2516	0.951	0.95	100	0.25
2.301-2.377	0.312	116	0.229	2370	0.232	2486	0.924	0.96	100	0.223
2.377-2.46	0.251	106	0.223	2316	0.225	2422	0.955	0.968	100	0.217
2.46-2.553	0.3	95	0.213	2223	0.217	2318	0.939	0.972	100	0.202
2.553-2.657	0.279	101	0.208	2151	0.212	2252	0.957	0.975	100	0.193
2.657-2.775	0.262	85	0.191	2090	0.194	2176	0.971	0.979	99.954	0.177
2.775-2.91	0.271	106	0.176	1936	0.18	2046	0.954	0.982	99.8045	0.161
2.91-3.067	0.252	102	0.161	1867	0.165	1972	0.967	0.984	99.8479	0.147
3.067-3.253	0.245	83	0.166	1788	0.169	1878	0.96	0.984	99.6273	0.158
3.253-3.477	0.201	75	0.164	1656	0.166	1741	0.975	0.986	99.4256	0.16
3.477-3.755	0.248	77	0.182	1562	0.185	1649	0.964	0.984	99.3936	0.184
3.755-4.113	0.23	56	0.176	1454	0.178	1532	0.97	0.984	98.564	0.182
4.113-4.596	0.16	81	0.134	1286	0.136	1380	0.986	0.99	99.058	0.148
4.596-5.304	0.173	75	0.14	1152	0.142	1243	0.985	0.99	98.7128	0.158
5.304-6.487	0.305	58	0.213	998	0.218	1062	0.959	0.977	99.435	0.234
6.487-9.139	0.211	55	0.18	787	0.182	844	0.976	0.982	99.763	0.212
9.139-73.412	0.303	21	0.219	493	0.222	514	0.959	0.967	100	0.272

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8899	0.326	-0.6425	0.7745	-0.4936	0.6737	-0.0863	0.0331	-0.6003	-0.0164	-0.0723	-0.082	0.0442	0.0622	0.1586	0.0089	-0.0162	0.028	0.0783	-0.0368	0.142	-11.982	19.949	-20.4122
2	0.6772	0.011	0.0177	1.6938	0.255	2.7077	-0.0429	-0.0174	-0.045	0.0553	0.1556	0.225	0.1606	-0.3377	-0.1127	0.0153	-0.0296	0.0066	0.1811	0.0056	0.052	-40.7428	22.4639	-11.9521
3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.0503	0	0	0.0503	0	0.0503	0	0	0

精密化 TLSグループ

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