+
データを開く
-
基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rqj | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Histidine-containing phosphotransfer protein from Chaetomium termophilum mutant R158A | ||||||
要素 | HPt domain-containing protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Histidine-containing transferase / fungal / Phosphorelay | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報protein histidine kinase binding / histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Thermochaetoides thermophila (菌類) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Paredes-Martinez, F. / Casino, P. | ||||||
| 資金援助 | スペイン, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024タイトル: Structural and functional insights underlying recognition of histidine phosphotransfer protein in fungal phosphorelay systems. 著者: Paredes-Martinez, F. / Eixeres, L. / Zamora-Caballero, S. / Casino, P. | ||||||
| 履歴 |
|
-
構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 8rqj.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb8rqj.ent.gz | 42.7 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 8rqj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 8rqj_validation.pdf.gz | 449.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 8rqj_full_validation.pdf.gz | 453.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 8rqj_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 8rqj_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/8rqj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
| 登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| 単位格子 |
|
-
要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 18836.629 Da / 分子数: 2 / 変異: R158A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)遺伝子: CTHT_0013690 / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
|---|
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
|---|
-
試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M Ammonium Sulfate 1.0 M Lithium Sulfate |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97918 Å |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月23日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 3.4→72 Å / Num. obs: 6876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.269 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 8.8 |
| 反射 シェル | 解像度: 3.4→3.67 Å / Rmerge(I) obs: 1.971 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1389 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.559 / Rrim(I) all: 2.049 / Χ2: 0.87 |
-
解析
| ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 42.033 / SU ML: 0.593 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.553 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 118.945 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.4→72 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
|
ムービー
コントローラー
万見について




Thermochaetoides thermophila (菌類)
X線回折
スペイン, 1件
引用




PDBj



