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- PDB-8rpr: Crystal Structure of SgvM methyltransferase in complex with alpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rpr
タイトルCrystal Structure of SgvM methyltransferase in complex with alpha-ketoleucine and Zn2+ ion
要素Methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / complex / Methylransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseoviridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Saleem-Batcha, R. / Zou, Z. / Breiltgens, J. / Mueller, M. / Andexer, J.N.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)235777276/RTG1976 ドイツ
European Research Council (ERC)ERC project 716966European Union
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Structures and Protein Engineering of the alpha-Keto Acid C-Methyltransferases SgvM and MrsA for Rational Substrate Transfer.
著者: Sommer-Kamann, C. / Breiltgens, J. / Zou, Z. / Gerhardt, S. / Saleem-Batcha, R. / Kemper, F. / Einsle, O. / Andexer, J.N. / Muller, M.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2649
ポリマ－36,9111
非ポリマー3538
水1,964109
1
A: Methyltransferase
ヘテロ分子

A: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,52818
ポリマ－73,8232
非ポリマー70516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.031, 67.031, 182.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyltransferase


分子量: 36911.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoviridis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R9UTR3

-
非ポリマー , 5種, 117分子

#2: 化合物 ChemComp-COI / 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / alpha-ketoisocaproic acid / α-ケトイソカプロン酸


分子量: 130.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 250 mM Li2SO4, and 23% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2802 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→47.4 Å / Num. obs: 43575 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 24.2 % / Biso Wilson estimate: 47.74 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.14→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 23727 / CC1/2: 0.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→47.4 Å / SU ML: 0.2982 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0603
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 2212 5.08 %
Rwork0.1946 41363 -
obs0.1965 43575 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2587 0 16 109 2712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00352670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64713635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0093383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.180.38051030.36732324X-RAY DIFFRACTION88.74
2.18-2.230.32531480.3482552X-RAY DIFFRACTION96.84
2.23-2.290.33221500.29172534X-RAY DIFFRACTION98.24
2.29-2.350.36731280.25192610X-RAY DIFFRACTION99.38
2.35-2.420.25051320.22682625X-RAY DIFFRACTION99.46
2.42-2.50.25421460.22252608X-RAY DIFFRACTION99.42
2.5-2.590.26281470.22722574X-RAY DIFFRACTION99.6
2.59-2.690.27441520.22322612X-RAY DIFFRACTION99.75
2.69-2.810.33361030.22962640X-RAY DIFFRACTION99.82
2.81-2.960.26791170.21142614X-RAY DIFFRACTION99.82
2.96-3.150.20321400.21332641X-RAY DIFFRACTION99.86
3.15-3.390.22211470.23562589X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.730.26891710.18472603X-RAY DIFFRACTION99.96
3.73-4.270.21411500.16142594X-RAY DIFFRACTION100
4.27-5.380.20261320.15192630X-RAY DIFFRACTION100
5.38-47.40.16791460.16522613X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.395544805340.2344632533370.6154531720471.59586850008-0.3301356057353.052907679860.0145914005141-0.1076176828370.05361975969260.171132409417-0.0398254893861-0.136714216314-0.06462072522940.1368695944880.02428434076920.273465829237-0.0141358429984-0.01045862137580.282265514284-0.02004481860420.304987833121-7.97086219731-14.7014891996.95571298495
22.28993989631-0.502095554456-0.3387912984323.96689252509-0.2392954287691.85151502317-0.0459974997754-0.012914076887-0.2185595367130.1509854369540.0284267666836-1.042096754550.1658813295880.806186675830.02058952931870.4106591785590.0842109442645-0.01017822626310.657400766042-0.06914589085570.6121432809086.09628494143-30.1276211658-10.7450177102
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 148 )3 - 1482 - 147
22chain 'A' and (resid 149 through 339 )149 - 339148 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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