PDB-8rp2: Aminodeoxychorismate synthase complex from Escherichia coli, with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rp2

タイトル

Aminodeoxychorismate synthase complex from Escherichia coli, with EDTA added

要素

(Aminodeoxychorismate synthase component ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / glutamine amidotransferase folate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

aminodeoxychorismate synthase complex / aminodeoxychorismate synthase / tryptophan binding / 4-amino-4-deoxychorismate synthase activity / 4-aminobenzoate biosynthetic process / L-tryptophan biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / protein heterodimerization activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Sung, S. / Funke, F.J. / Schlee, S. / Sterner, R. / Wilmanns, M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Activity Regulation of a Glutamine Amidotransferase Bienzyme Complex by Substrate-Induced Subunit Interface Expansion.
著者: Funke, F.J. / Schlee, S. / Bento, I. / Bourenkov, G. / Sterner, R. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rp2.cif.gz	508.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rp2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rp2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rp2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rp2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8rp2_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	8rp2_validation.cif.gz	72.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rp0C 8rp1C 8rp6C 8rp7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Aminodeoxychorismate synthase component 2

BBB: Aminodeoxychorismate synthase component 2

CCC: Aminodeoxychorismate synthase component 1

DDD: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Aminodeoxychorismate synthase component 2

ヘテロ分子

DDD: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Aminodeoxychorismate synthase component 2

CCC: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.965, 109.446, 178.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Aminodeoxychorismate synthase component ... , 2種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Aminodeoxychorismate synthase component 2 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 2 / Aminodeoxychorismate ...ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 2 / Aminodeoxychorismate synthase / glutamine amidotransferase component 分子量: 20910.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The 'Gly, residue 0 and -1' (before the Met) come from the Gly5-tag (N-terminal). 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabA, b3360, JW3323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00903, aminodeoxychorismate synthase
#2: タンパク質	Aminodeoxychorismate synthase component 1 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 1 分子量: 51160.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 1. The 'His, residue 0' (before the Met) comes from the TEV cleavge (N-terminal). 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabB, b1812, JW1801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05041, aminodeoxychorismate synthase

#1: タンパク質

Aminodeoxychorismate synthase component 2 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 2 / Aminodeoxychorismate ...

分子量: 20910.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The 'Gly, residue 0 and -1' (before the Met) come from the Gly5-tag (N-terminal).
由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabA, b3360, JW3323 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00903, aminodeoxychorismate synthase

#2: タンパク質

Aminodeoxychorismate synthase component 1 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 1

分子量: 51160.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1. The 'His, residue 0' (before the Met) comes from the TEV cleavge (N-terminal).
由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabB, b1812, JW1801 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05041, aminodeoxychorismate synthase

-
非ポリマー , 7種, 263分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, magnesium sulfate heptahydrate, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→45.019 Å / Num. obs: 108431 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1027 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.98→2.051 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 2.034 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 10703 / CC_1/2: 0.693 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→45.019 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.278 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2388	5381	4.963 %
R_work	0.1999	103050	-
all	0.202	-	-
obs	-	108431	99.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.112 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.75 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.332 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.582 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→45.019 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10121	0	99	240	10460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10475
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	1.638	14246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.292	1.57	22058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.443	5	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.058	22.192	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.954	15	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.337	15	75
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	8888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	4971
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.292	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.077	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.815	4.732	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.815	4.732	5157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.211	7.081	6444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.21	7.08	6445
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.833	5.376	5317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.821	5.372	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.258	7.826	7802
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.252	7.82	7797
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.08	55.099	11137
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.088	55.074	11111
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.111	0.05	5631
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.11	0.05	14546

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.031	0.347	433	0.325	7503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.031-2.087	0.309	374	0.296	7327	X-RAY DIFFRACTION	99.987
2.087-2.148	0.324	377	0.275	7165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.148-2.214	0.279	394	0.255	6905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.286	0.264	317	0.24	6777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.286-2.366	0.279	323	0.23	6546	X-RAY DIFFRACTION	99.9854
2.366-2.456	0.269	304	0.224	6327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.456-2.556	0.283	311	0.22	6097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.556-2.669	0.262	306	0.216	5826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.669-2.8	0.261	279	0.214	5610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.951	0.266	298	0.225	5287	X-RAY DIFFRACTION	99.9821
2.951-3.13	0.277	268	0.219	5037	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.345	0.251	277	0.204	4693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.345-3.613	0.205	238	0.179	4439	X-RAY DIFFRACTION	100
3.613-3.957	0.215	211	0.171	4116	X-RAY DIFFRACTION	100
3.957-4.423	0.195	202	0.162	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.423-5.106	0.161	148	0.149	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
5.106-6.249	0.261	143	0.188	2831	X-RAY DIFFRACTION	99.9328
6.249-8.817	0.202	119	0.167	2227	X-RAY DIFFRACTION	100
8.817-45.019	0.23	59	0.212	1308	X-RAY DIFFRACTION	98.6292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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