PDB-8rp7: Glutaminase subunit of aminodeoxychorismate synthase from Escheri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rp7

タイトル

Glutaminase subunit of aminodeoxychorismate synthase from Escherichia coli

要素

Aminodeoxychorismate synthase component 2

キーワード

TRANSFERASE / glutamine amidotransferase folate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

aminodeoxychorismate synthase complex / aminodeoxychorismate synthase / 4-amino-4-deoxychorismate synthase activity / 4-aminobenzoate biosynthetic process / L-tryptophan biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / protein heterodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Sung, S. / Franziska, J.F. / Schlee, S. / Sterner, R. / Wilmanns, M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Activity Regulation of a Glutamine Amidotransferase Bienzyme Complex by Substrate-Induced Subunit Interface Expansion.
著者: Funke, F.J. / Schlee, S. / Bento, I. / Bourenkov, G. / Sterner, R. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rp7.cif.gz	398.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rp7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rp7_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rp7_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
XML形式データ	8rp7_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	8rp7_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rp0C 8rp1C 8rp2C 8rp6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Aminodeoxychorismate synthase component 2

BBB: Aminodeoxychorismate synthase component 2

CCC: Aminodeoxychorismate synthase component 2

62.7 kDa, 3 ポリマー
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1

AAA: Aminodeoxychorismate synthase component 2

登録者が定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
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2

BBB: Aminodeoxychorismate synthase component 2

登録者が定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
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3

CCC: Aminodeoxychorismate synthase component 2

登録者が定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	36.784, 115.582, 63.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.062, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aminodeoxychorismate synthase component 2 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 2 / Aminodeoxychorismate ...ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 2 / Aminodeoxychorismate synthase / glutamine amidotransferase component 分子量: 20910.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 1. The 'Gly, residue 0 and -1' (before the Met) come from the Gly5-tag (N-terminal). 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabA, b3360, JW3323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00903, aminodeoxychorismate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium formate, PEG3350, L-glutamine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→42.423 Å / Num. obs: 12448 / % possible obs: 98.54 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.3132 / Net I/σ(I): 6.84
反射シェル	解像度: 2.82→2.921 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 1.486 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 1221 / CC_1/2: 0.513 / % possible all: 98.31

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.82→42.423 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 45.012 / SU ML: 0.394 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.473 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	638	5.132 %
R_work	0.2109	11793	-
all	0.214	-	-
obs	-	12431	98.698 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.505 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.186 Å²	-0 Å²	1.105 Å²
2-	-	-1.185 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.527 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.82→42.423 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4413	0	0	3	4416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.633	6166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.387	1.571	9692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.751	5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.6	21.787	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.864	15	730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.949	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	960
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	852
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.173	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.294	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.309	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.38	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.582	4.246	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.571	4.244	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.474	6.361	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.477	6.363	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.599	4.648	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.597	4.649	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.478	6.819	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.478	6.819	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.96	80.597	18556
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.96	80.596	18557
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.15	0.05	5557
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.17	0.05	5239
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.18	0.05	5268

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.82-2.893	0.319	38	0.297	868	X-RAY DIFFRACTION	98.8004
2.893-2.972	0.295	43	0.265	839	X-RAY DIFFRACTION	98.109
2.972-3.058	0.263	48	0.252	846	X-RAY DIFFRACTION	98.8938
3.058-3.152	0.282	37	0.221	781	X-RAY DIFFRACTION	98.5542
3.152-3.255	0.307	43	0.216	745	X-RAY DIFFRACTION	97.8882
3.255-3.369	0.32	42	0.223	785	X-RAY DIFFRACTION	98.8053
3.369-3.496	0.243	32	0.223	704	X-RAY DIFFRACTION	98.2644
3.496-3.638	0.287	40	0.216	692	X-RAY DIFFRACTION	98.1233
3.638-3.799	0.256	34	0.193	680	X-RAY DIFFRACTION	99.0291
3.799-3.984	0.221	33	0.211	648	X-RAY DIFFRACTION	98.5528
3.984-4.199	0.254	39	0.205	605	X-RAY DIFFRACTION	99.0769
4.199-4.452	0.262	40	0.185	563	X-RAY DIFFRACTION	98.5294
4.452-4.758	0.193	33	0.173	536	X-RAY DIFFRACTION	100
4.758-5.136	0.263	29	0.174	506	X-RAY DIFFRACTION	98.3456
5.136-5.623	0.299	26	0.203	470	X-RAY DIFFRACTION	100
5.623-6.28	0.253	23	0.236	438	X-RAY DIFFRACTION	99.3534
6.28-7.24	0.281	29	0.225	373	X-RAY DIFFRACTION	99.0148
7.24-8.837	0.348	13	0.19	318	X-RAY DIFFRACTION	99.3994
8.837-12.374	0.14	6	0.178	258	X-RAY DIFFRACTION	98.8764
12.374-42.423	0.555	10	0.278	138	X-RAY DIFFRACTION	95.4839

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1239	0.0131	-0.1285	2.1689	0.324	2.0558	-0.0523	-0.0399	-0.0965	0.0286	0.007	-0.0498	0.0711	0.0185	0.0454	0.0055	-0.0015	0.011	0.0697	0.0017	0.0674	-13.8209	14.691	-18.0941
2	1.3194	-0.3289	0.1618	3.3944	0.1908	1.8138	0.011	-0.1011	0.0535	0.1469	-0.0123	-0.051	-0.0615	-0.0401	0.0012	0.01	-0.0049	-0.0007	0.1509	-0.0235	0.0054	-25.4849	35.1443	6.1946
3	0.9184	-0.0059	0.2359	3.5733	0.09	1.6201	-0.0623	0.0882	0.146	-0.0876	-0.017	-0.1419	-0.0902	0.0421	0.0793	0.0099	-0.0038	-0.0067	0.0851	0.0602	0.0571	-37.6204	45.2409	-23.5136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	-1 - 187
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	-1 - 187
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	-1 - 187

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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