PDB-8rp6: Aminodeoxychorismate synthase complex from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rp6

タイトル

Aminodeoxychorismate synthase complex from Escherichia coli

要素

(Aminodeoxychorismate synthase component ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / glutamine amidotransferase folate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

aminodeoxychorismate synthase complex / aminodeoxychorismate synthase / tryptophan binding / 4-amino-4-deoxychorismate synthase activity / 4-aminobenzoate biosynthetic process / L-tryptophan biosynthetic process / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / protein heterodimerization activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Sung, S. / Funke, F.J. / Schlee, S. / Sterner, R. / Wilmanns, M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Activity Regulation of a Glutamine Amidotransferase Bienzyme Complex by Substrate-Induced Subunit Interface Expansion.
著者: Funke, F.J. / Schlee, S. / Bento, I. / Bourenkov, G. / Sterner, R. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rp6.cif.gz	501.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rp6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rp6_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rp6_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8rp6_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	8rp6_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/8rp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rp0C 8rp1C 8rp2C 8rp7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Aminodeoxychorismate synthase component 2

BBB: Aminodeoxychorismate synthase component 2

CCC: Aminodeoxychorismate synthase component 1

DDD: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Aminodeoxychorismate synthase component 2

ヘテロ分子

DDD: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Aminodeoxychorismate synthase component 2

CCC: Aminodeoxychorismate synthase component 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.505, 108.326, 179.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Aminodeoxychorismate synthase component ... , 2種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Aminodeoxychorismate synthase component 2 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 2 / Aminodeoxychorismate ...ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 2 / Aminodeoxychorismate synthase / glutamine amidotransferase component 分子量: 20910.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 1. The 'Gly, residue 0 and -1' (before the Met) come from the Gly5-tag (N-terminal). 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabA, b3360, JW3323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00903, aminodeoxychorismate synthase
#2: タンパク質	Aminodeoxychorismate synthase component 1 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 1 分子量: 51160.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 1. The 'His, residue 0' (before the Met) comes from the TEV cleavge (N-terminal). 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabB, b1812, JW1801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05041, aminodeoxychorismate synthase

#1: タンパク質

Aminodeoxychorismate synthase component 2 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 2 / Aminodeoxychorismate ...

分子量: 20910.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1. The 'Gly, residue 0 and -1' (before the Met) come from the Gly5-tag (N-terminal).
由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabA, b3360, JW3323 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00903, aminodeoxychorismate synthase

#2: タンパク質

Aminodeoxychorismate synthase component 1 / ADC synthase / ADCS / 4-amino-4-deoxychorismate synthase component 1

分子量: 51160.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1. The 'His, residue 0' (before the Met) comes from the TEV cleavge (N-terminal).
由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pabB, b1812, JW1801 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05041, aminodeoxychorismate synthase

-
非ポリマー , 6種, 84分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, magnesium sulfate heptahydrate, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→46.434 Å / Num. obs: 57850 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1465 / Net I/σ(I): 11.91
反射シェル	解像度: 2.45→2.538 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.699 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 5716 / CC_1/2: 0.806 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→46.434 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 13.416 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.271 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2537	2342	4.048 %
R_work	0.2042	55507	-
all	0.206	-	-
obs	-	57849	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.595 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	6.145 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.551 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→46.434 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10128	0	55	67	10250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10411
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.639	14151
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.269	1.57	21998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.23	5	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.985	22.178	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.475	15	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.557	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	8704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4981
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.316	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.292	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.315	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.185	5.957	5147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.185	5.957	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.309	8.937	6425
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.308	8.936	6426
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.685	6.561	5264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.682	6.56	5264
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.386	9.605	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.385	9.604	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.603	114.874	43224
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.605	114.887	43202
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.126	0.05	5542
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.109	0.05	14412

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.514		0	0.352	4201	X-RAY DIFFRACTION	99.9524
2.514-2.582		0	0.336	4153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.657	0.367	114	0.313	3878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.657-2.739	0.357	201	0.28	3703	X-RAY DIFFRACTION	99.9744
2.739-2.829	0.295	194	0.254	3563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-2.928	0.328	169	0.241	3513	X-RAY DIFFRACTION	99.9186
2.928-3.038	0.262	162	0.223	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
3.038-3.162	0.307	155	0.229	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.303	0.258	159	0.223	3104	X-RAY DIFFRACTION	99.9694
3.303-3.464	0.27	148	0.21	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.464-3.651	0.248	136	0.194	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.651-3.872	0.24	139	0.188	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.872-4.139	0.25	154	0.181	2490	X-RAY DIFFRACTION	100
4.139-4.469	0.216	136	0.157	2382	X-RAY DIFFRACTION	99.9603
4.469-4.895	0.202	100	0.144	2194	X-RAY DIFFRACTION	100
4.895-5.471	0.246	109	0.171	1988	X-RAY DIFFRACTION	100
5.471-6.313	0.323	72	0.197	1787	X-RAY DIFFRACTION	100
6.313-7.723	0.271	74	0.189	1532	X-RAY DIFFRACTION	100
7.723-10.885	0.194	86	0.145	1178	X-RAY DIFFRACTION	100
10.885-46.434	0.253	34	0.249	712	X-RAY DIFFRACTION	98.2872

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